More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3037 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3037  transcriptional regulator, putative  100 
 
 		 468 aa  956    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00850156  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2910  regulatory protein, GntR  71.15 
 
 		 468 aa  665    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.779971  normal  0.0177788 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2669  GntR family transcriptional regulator  47.94 
 
 		 476 aa  387  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1831  transcriptional regulator  42.95 
 
 		 482 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2975  GntR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 448 aa  249  7e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.23319  normal  0.0575809 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2953  GntR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 450 aa  240  4e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0756027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2860  GntR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 451 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2829  GntR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 452 aa  232  9e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.354148  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1337  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  26.61 
 
 		 487 aa  151  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4810  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  24.84 
 
 		 474 aa  143  6e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0244404  hitchhiker  0.0000000000137556 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4479  GntR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 477 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2454  transcriptional regulator  28.76 
 
 		 481 aa  136  7.000000000000001e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.201497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0803  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  26.48 
 
 		 480 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.284256  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3052  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  25.79 
 
 		 477 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.383361  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0494  GntR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 471 aa  132  9e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.416299 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2611  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.8 
 
 		 479 aa  132  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.892437  normal  0.704953 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06858  transcriptional regulator  26.97 
 
 		 478 aa  131  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4886  GntR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 470 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.344602  normal  0.838171 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4612  aminotransferase  22.06 
 
 		 480 aa  130  5.0000000000000004e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3656  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  26.35 
 
 		 470 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5854  transcriptional regulator, GntR family/aminotransferase, classes I and II  26.35 
 
 		 470 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.491083 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0850  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  26 
 
 		 492 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1471  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  24.95 
 
 		 472 aa  127  3e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.352994  normal  0.0159158 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4568  GntR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 470 aa  127  6e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0766  GntR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 473 aa  126  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.124102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3723  transcriptional regulator  25.93 
 
 		 470 aa  126  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4761  aminotransferase, classes I and II superfamily  26.11 
 
 		 471 aa  125  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01894  hypothetical protein  25.12 
 
 		 463 aa  125  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3396  GntR family transcriptional regulator  21.74 
 
 		 473 aa  124  4e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.644089  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2093  GntR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 473 aa  123  8e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.132381  normal  0.73636 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1940  transcriptional regulator  25.77 
 
 		 469 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00494484 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4094  GntR family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 479 aa  121  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.541503  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6695  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  24.68 
 
 		 461 aa  121  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.780061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0336  GntR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 478 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2379  transcriptional regulator  25.68 
 
 		 469 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.228366  normal  0.534962 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2230  GntR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 469 aa  120  7e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.630416 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2122  GntR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 473 aa  119  7.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000881  transcriptional regulator  24.52 
 
 		 478 aa  119  9e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.458944  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3544  GntR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 469 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.384624  normal  0.66471 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3927  GntR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 477 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.510298  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3726  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  26.71 
 
 		 479 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3059  GntR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 473 aa  117  5e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0865812  hitchhiker  0.000973023 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3581  transcriptional regulator  25.11 
 
 		 473 aa  117  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634992  normal  0.954313 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1939  transcriptional regulator  23.01 
 
 		 476 aa  117  6e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0234327  normal  0.0215976 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003147  GntR-family regulatory protein  23.45 
 
 		 468 aa  117  6e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00323958  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0910  GntR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 474 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1421  GntR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 532 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.694482  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3876  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  26.09 
 
 		 476 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0157  GntR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 477 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00565529  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4517  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  25.37 
 
 		 471 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3949  GntR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 473 aa  114  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.905833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0924  GntR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 471 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.279711 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2921  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  22.06 
 
 		 475 aa  114  5e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.542365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4391  transcriptional regulator  25.55 
 
 		 477 aa  113  9e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.046272 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2257  putative transcriptional regulator  25.27 
 
 		 479 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4152  transcriptional regulator  26.51 
 
 		 483 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.322922  normal  0.450861 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26590  GntR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 479 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.079349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1582  transcriptional regulator  23.79 
 
 		 483 aa  111  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121263 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3795  regulatory protein GntR HTH  23.22 
 
 		 471 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0965  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 470 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1487  GntR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 477 aa  111  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.539495  normal  0.767107 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0515  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  27.59 
 
 		 487 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.663704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0466  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  25.84 
 
 		 480 aa  110  4.0000000000000004e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000195201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4066  transcriptional regulator  24.78 
 
 		 478 aa  110  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.974396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1184  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  22.25 
 
 		 479 aa  110  6e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.823264 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0145  GntR family transcriptional regulator  23.13 
 
 		 472 aa  110  6e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.434271  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2529  GntR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 487 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2231  GntR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 433 aa  110  7.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1356  GntR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 477 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.130979 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6904  transcriptional regulator  23.63 
 
 		 483 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2521  aminotransferase  23.79 
 
 		 433 aa  109  9.000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4467  transcriptional regulator  24.34 
 
 		 473 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.652401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1437  GntR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 494 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3050  GntR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 491 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0626  GntR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 493 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1468  GntR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 493 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1243  GntR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 493 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.396682  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0527  GntR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 493 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2520  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  24.73 
 
 		 473 aa  108  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0126986  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0528  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.35 
 
 		 487 aa  109  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1569  GntR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 491 aa  109  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.180299  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1924  GntR family transcriptional regulator  21.83 
 
 		 468 aa  108  1e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0226  GntR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 472 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1253  GntR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 472 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.413574  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0929  GntR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 470 aa  108  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.892808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0498  GntR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 472 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.645809  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4651  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  25.76 
 
 		 484 aa  108  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1073  GntR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 472 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4005  GntR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 473 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.723654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2580  GntR family regulatory protein  23.82 
 
 		 493 aa  108  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.882118  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1266  GntR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 473 aa  108  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0592211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1725  GntR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 483 aa  107  3e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.809338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1338  GntR family transcriptional regulator  23.61 
 
 		 472 aa  108  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1173  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  24.56 
 
 		 486 aa  107  4e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.914694  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1420  GntR family transcriptional regulator  23.61 
 
 		 472 aa  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.242297  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3902  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  24.63 
 
 		 467 aa  107  5e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.178429  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2175  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  24.18 
 
 		 498 aa  107  5e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3448  GntR family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 470 aa  107  5e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0599  putative transcription regulator protein  27.35 
 
 		 504 aa  107  6e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0558391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0959  hypothetical protein  25.05 
 
 		 500 aa  107  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>