More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG1954 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PG1954  NAD dependent epimerase/reductase-related protein  100 
 
 
339 aa  705    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.14 
 
 
330 aa  211  2e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.608202  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.47 
 
 
327 aa  196  6e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131768  normal  0.0846691 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.04 
 
 
336 aa  187  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.86 
 
 
331 aa  156  5.0000000000000005e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.633416 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.27 
 
 
336 aa  156  5.0000000000000005e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.111318  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.25 
 
 
333 aa  145  1e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2305  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.7 
 
 
331 aa  143  5e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  29.79 
 
 
330 aa  136  5e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0225  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  29.46 
 
 
330 aa  134  3e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1966  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.59 
 
 
331 aa  126  5e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  29.17 
 
 
318 aa  117  3e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2558  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.77 
 
 
335 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.12 
 
 
411 aa  109  5e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.7 
 
 
321 aa  108  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  27.98 
 
 
318 aa  107  2e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.55 
 
 
321 aa  105  8e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  30.38 
 
 
332 aa  103  4e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  28.02 
 
 
318 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  27.79 
 
 
324 aa  103  6e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.33 
 
 
338 aa  98.2  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2769  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.22 
 
 
318 aa  97.4  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1215  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.69 
 
 
329 aa  97.8  3e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.190053  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44260  NAD dependent epimerase/dehydratase  28.44 
 
 
303 aa  96.7  6e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  29.63 
 
 
318 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.57 
 
 
320 aa  94  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.28 
 
 
321 aa  94  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.28 
 
 
321 aa  93.6  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.57 
 
 
321 aa  92.4  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  28.57 
 
 
321 aa  92.4  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.57 
 
 
321 aa  92.4  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.57 
 
 
321 aa  92.4  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.57 
 
 
321 aa  92.4  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.19 
 
 
321 aa  88.6  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.72 
 
 
323 aa  87.8  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0114  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.72 
 
 
323 aa  87.8  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2821  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.57 
 
 
328 aa  88.2  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0273473  normal  0.296393 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.45 
 
 
321 aa  87.4  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.53 
 
 
320 aa  87  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.93 
 
 
349 aa  86.3  7e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.44 
 
 
313 aa  86.3  7e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.47 
 
 
305 aa  85.9  8e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.99 
 
 
318 aa  85.9  9e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.32 
 
 
323 aa  85.9  9e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.23 
 
 
293 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2220  Male sterility-like protein  28.36 
 
 
306 aa  84.7  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.589015  normal  0.345847 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.14 
 
 
355 aa  84.7  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.407115  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.98 
 
 
304 aa  84.3  0.000000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1227  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.56 
 
 
320 aa  84  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.7 
 
 
321 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.24 
 
 
320 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.4 
 
 
327 aa  84.3  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
324 aa  84  0.000000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.552356  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1831  hopanoid-associated sugar epimerase  26.86 
 
 
341 aa  84  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7142  hopanoid-associated sugar epimerase  26.86 
 
 
347 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.516154  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  27.46 
 
 
306 aa  83.2  0.000000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3443  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  25.99 
 
 
304 aa  82.8  0.000000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3152  hopanoid-associated sugar epimerase  24.72 
 
 
340 aa  82  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.71 
 
 
301 aa  82  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.2 
 
 
307 aa  82  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.43 
 
 
319 aa  82  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02852  conserved hypothetical protein  25.61 
 
 
304 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000137618  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3261  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  25.91 
 
 
304 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.96 
 
 
322 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.6 
 
 
321 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  28.74 
 
 
317 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.6 
 
 
321 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1895  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.15 
 
 
311 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.61 
 
 
304 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02802  hypothetical protein  25.61 
 
 
304 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000121739  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.7 
 
 
315 aa  81.6  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.15 
 
 
319 aa  80.9  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.78 
 
 
328 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.07 
 
 
337 aa  80.5  0.00000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.537903 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3156  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  26.14 
 
 
304 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0122  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.14 
 
 
314 aa  80.1  0.00000000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000000000109546 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.78 
 
 
310 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1940  hopanoid-associated sugar epimerase  26.29 
 
 
341 aa  79.7  0.00000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20730  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, RmlD  25.74 
 
 
340 aa  80.1  0.00000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.989981  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  27.56 
 
 
323 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0230  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.15 
 
 
304 aa  79.3  0.00000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0624037  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  26.07 
 
 
326 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2216  hopanoid-associated sugar epimerase  26.72 
 
 
341 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.313238  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4170  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.01 
 
 
358 aa  78.6  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117289  normal  0.322206 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.38 
 
 
309 aa  79  0.0000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3021  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.74 
 
 
349 aa  79  0.0000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26 
 
 
329 aa  79  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.463092  decreased coverage  0.00350753 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.73 
 
 
320 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.07 
 
 
333 aa  78.6  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.04 
 
 
324 aa  78.2  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3638  UDP-glucose 4-epimerase, putative  27.92 
 
 
326 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.407013 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.32 
 
 
322 aa  77.8  0.0000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000335133  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.18 
 
 
318 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.35 
 
 
315 aa  77.4  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1844  UDP-glucose 4-epimerase  25.74 
 
 
309 aa  77  0.0000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.62 
 
 
296 aa  77  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3031  O-antigen biosynthetic gene WbjF  27.43 
 
 
320 aa  77  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.04 
 
 
352 aa  76.3  0.0000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0884  hopanoid-associated sugar epimerase  24.43 
 
 
329 aa  76.3  0.0000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000222195 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.34 
 
 
321 aa  76.3  0.0000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>