225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1730 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1730  formate transporter  100 
 
 		 286 aa  578  1e-164  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.373125  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1998  formate transporter  96.85 
 
 		 286 aa  565  1e-160  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2344  formate/nitrite transporter  88.07 
 
 		 285 aa  516  1.0000000000000001e-145  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2242  formate/nitrite transporter  87.02 
 
 		 285 aa  507  1e-143  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.57128  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1703  formate transporter  85.66 
 
 		 286 aa  504  9.999999999999999e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2588  formate transporter  84.91 
 
 		 285 aa  500  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.864414  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1947  formate transporter  84.91 
 
 		 285 aa  500  1e-140  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00022093  normal  0.102506 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2676  formate transporter  84.91 
 
 		 285 aa  500  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00908  formate transporter  82.11 
 
 		 285 aa  482  1e-135  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.839413  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2739  formate/nitrite transporter  82.11 
 
 		 285 aa  482  1e-135  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.851182  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1010  formate transporter  82.11 
 
 		 285 aa  482  1e-135  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00439262  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1065  formate transporter  82.11 
 
 		 285 aa  482  1e-135  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.187921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2217  formate transporter  82.11 
 
 		 285 aa  482  1e-135  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.594776 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2692  formate transporter  82.11 
 
 		 285 aa  482  1e-135  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.514456 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2424  formate transporter  82.11 
 
 		 285 aa  482  1e-135  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.307423  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1001  formate transporter  82.11 
 
 		 285 aa  482  1e-135  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.304412  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1424  formate/nitrite transporter  82.52 
 
 		 285 aa  481  1e-135  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00915  hypothetical protein  82.11 
 
 		 285 aa  482  1e-135  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.656334  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1072  putative formate transporter FocA  81.18 
 
 		 271 aa  453  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.4998  normal  0.491294 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1038  putative formate transporter FocA  81.18 
 
 		 271 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.263222 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1007  putative formate transporter FocA  81.18 
 
 		 271 aa  453  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.693785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1087  putative formate transporter FocA  81.18 
 
 		 271 aa  453  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0979  putative formate transporter FocA  81.18 
 
 		 271 aa  453  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.377209  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1956  putative formate transporter 1  61.27 
 
 		 286 aa  366  1e-100  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1135  formate transporter  58.33 
 
 		 275 aa  331  8e-90  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.258908  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01852  hypothetical protein  55.52 
 
 		 286 aa  317  2e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3306  formate/nitrite transporter  60.21 
 
 		 289 aa  315  4e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0326166  normal  0.791558 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003830  formate efflux transporter  55.16 
 
 		 286 aa  311  5.999999999999999e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1299  putative formate transporter 1  53.99 
 
 		 303 aa  301  1e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05923  methionine gamma-lyase  53.53 
 
 		 483 aa  288  8e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000193  formate efflux transporter  51.67 
 
 		 483 aa  285  5.999999999999999e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000746052  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0474  putative formate transporter 1  50.54 
 
 		 483 aa  282  4.0000000000000003e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000188118  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2470  formate/nitrite transporter  52.01 
 
 		 558 aa  280  3e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0519177  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1184  putative formate transporter  50.36 
 
 		 282 aa  275  9e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0550252 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2626  putative formate transporter  50.36 
 
 		 282 aa  275  9e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02384  predicted formate transporter  50.36 
 
 		 282 aa  274  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.330245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1177  formate/nitrite transporter  50.36 
 
 		 282 aa  274  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02346  hypothetical protein  50.36 
 
 		 282 aa  274  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.378468  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2774  putative formate transporter  50 
 
 		 282 aa  272  6e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0138397  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3714  putative formate transporter  50 
 
 		 282 aa  271  8.000000000000001e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.854705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2639  putative formate transporter  50 
 
 		 282 aa  271  8.000000000000001e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.501611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1710  formate/nitrite transporter  51.52 
 
 		 491 aa  268  7e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.402769  hitchhiker  0.00135887 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2376  formate/nitrite transporter  52.14 
 
 		 537 aa  265  8e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2880  formate/nitrite transporter  52.71 
 
 		 494 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.910131  hitchhiker  0.000564584 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1562  formate/nitrite transporter  53.28 
 
 		 324 aa  258  1e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.141715 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1556  methionine gamma-lyase  53.28 
 
 		 324 aa  258  1e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.331691  normal  0.232428 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1495  formate/nitrite transporter  53.28 
 
 		 324 aa  257  2e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.299399  normal  0.115317 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2911  formate transporter, putative  53.67 
 
 		 324 aa  255  6e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1695  formate/nitrite transporter  51.85 
 
 		 330 aa  255  6e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.472094  hitchhiker  0.00102766 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2670  formate/nitrite transporter  53.28 
 
 		 330 aa  255  7e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2689  formate/nitrite transporter  53.28 
 
 		 330 aa  254  8e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2768  formate/nitrite transporter  53.28 
 
 		 330 aa  254  8e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.213068 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0933  formate/nitrite transporter  48.29 
 
 		 296 aa  251  1e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.91346  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1674  formate/nitrite transporter  50.54 
 
 		 493 aa  242  6e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2388  formate/nitrite transporter  49.24 
 
 		 508 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0694768 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2864  formate/nitrite transporter  48.9 
 
 		 234 aa  217  1e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.666076  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2100  formate/nitrite transporter  41.91 
 
 		 316 aa  207  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2707  formate/nitrite transporter  37.97 
 
 		 313 aa  192  5e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.221664 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0554  formate/nitrite transporter  41.24 
 
 		 301 aa  186  5e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25150  formate/nitrite transporter family protein  39.11 
 
 		 287 aa  184  2.0000000000000003e-45  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.796989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4565  formate/nitrite transporter  41.7 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51110  formate,nitrite transporter  40.36 
 
 		 269 aa  181  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.269845  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1691  formate/nitrite transporter  40.22 
 
 		 318 aa  181  2e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.516822 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0999  formate/nitrite transporter  38.38 
 
 		 278 aa  179  4e-44  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1500  formate transporter  44.22 
 
 		 547 aa  176  4e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01040  formate/nitrite transporter family protein  39.86 
 
 		 279 aa  175  9e-43  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.281121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0917  formate/nitrite transporter  40 
 
 		 282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45982e-32 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1906  formate/nitrite transporter  38.21 
 
 		 269 aa  167  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0937381  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0018  formate/nitrate transporter  38.32 
 
 		 265 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.135457  normal  0.535359 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0234  FNT family protein  37.81 
 
 		 270 aa  166  5e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.316359  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0311  formate/nitrite transporter  42.2 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0091  formate/nitrate transporter  37.54 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0884  response regulator receiver protein  39.48 
 
 		 425 aa  144  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0151  formate/nitrite transporter  35.46 
 
 		 280 aa  142  8e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4660  formate/nitrite transporter  36.3 
 
 		 271 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0209  formate/nitrite transporter  38.17 
 
 		 261 aa  138  8.999999999999999e-32  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2194  formate/nitrite transporter  33.45 
 
 		 301 aa  135  6.0000000000000005e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0306752  normal  0.415669 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1838  putative formate transporter FdhC  36.56 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.17934e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0842  formate/nitrite transporter  33.09 
 
 		 263 aa  132  6.999999999999999e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_46427  predicted protein  36.55 
 
 		 315 aa  125  1e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.215207  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_25116  FNT family transporter: formate/nitrite  31.75 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.413468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1640  formate/nitrite transporter  33.94 
 
 		 288 aa  125  1e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00257653  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1325  formate/nitrite transporter  33.21 
 
 		 285 aa  118  9e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0716  formate/nitrite transporter  32.72 
 
 		 286 aa  117  3e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0141555  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1621  formate/nitrite transporter  31.27 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08647  formate/nitrate family transporter (Eurofung)  29.41 
 
 		 310 aa  112  6e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0191  formate/nitrite transporter  30.63 
 
 		 382 aa  110  3e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1450  formate/nitrite transporter  33.21 
 
 		 276 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1504  hypothetical protein  34.93 
 
 		 251 aa  109  5e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.870795  normal  0.369594 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3362  formate transporter  29.86 
 
 		 259 aa  107  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.495857  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3326  formate/nitrite transporter  29.86 
 
 		 259 aa  107  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.669254  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3676  putative formate transporter  30.22 
 
 		 273 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3276  formate/nitrite transporter  29.86 
 
 		 259 aa  107  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.55771  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3625  formate transporter  29.86 
 
 		 259 aa  107  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1641  putative formate transporter  30.22 
 
 		 273 aa  107  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1811  formate/nitrite transporter  28.03 
 
 		 290 aa  107  3e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1605  formate/nitrite transporter  32.48 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0135158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3576  putative formate transporter  29.86 
 
 		 259 aa  107  3e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3583  formate transporter, putative  29.86 
 
 		 273 aa  106  4e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3593  putative formate transporter  29.86 
 
 		 273 aa  106  4e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>