151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_2438 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_2438  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  100 
 
 		 182 aa  371  1e-102  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0247  Cold-shock protein DNA-binding  58.76 
 
 		 192 aa  217  7.999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4090  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.11 
 
 		 188 aa  213  9.999999999999999e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.25862 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.56 
 
 		 189 aa  212  1.9999999999999998e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.282479  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1214  hypothetical protein  54.1 
 
 		 190 aa  199  1.9999999999999998e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49880  Cold-shock domain-containing protein  52.78 
 
 		 189 aa  197  6e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.335771  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1208  hypothetical protein  53.55 
 
 		 190 aa  196  2.0000000000000003e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0905  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  52.25 
 
 		 195 aa  187  1e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.489949  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2991  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.16 
 
 		 186 aa  179  2e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0458  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.78 
 
 		 197 aa  177  8e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4049  cold-shock protein, DNA-binding  47.22 
 
 		 176 aa  171  5e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000700497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0142  cold shock protein  46.96 
 
 		 183 aa  167  1e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2184  ribosomal subunit interface protein domain/'cold-shock' DNA-binding domain-containing protein  46.41 
 
 		 178 aa  165  2.9999999999999998e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0149492  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2405  cold-shock DNA-binding domain protein  44.2 
 
 		 195 aa  163  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0142448  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1447  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  47.51 
 
 		 189 aa  163  1.0000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.12501  normal  0.434118 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2492  Cold-shock protein DNA-binding  43.09 
 
 		 195 aa  160  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1457  DNA-binding cold-shock protein  44.13 
 
 		 194 aa  159  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.616969  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1031  ribosomal subunit interface protein, putative  63.56 
 
 		 119 aa  152  2e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248083  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0545  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.3 
 
 		 187 aa  147  1.0000000000000001e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0821  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  43.33 
 
 		 181 aa  144  5e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3849  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  41.11 
 
 		 196 aa  129  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2770  cold-shock protein, DNA-binding  38.3 
 
 		 194 aa  122  4e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4848  cold-shock DNA-binding domain protein  38.04 
 
 		 207 aa  121  5e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00619999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1221  cold-shock protein DNA-binding  36.81 
 
 		 188 aa  109  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.34226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1677  cold-shock protein DNA-binding  32.61 
 
 		 209 aa  99  3e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.220197 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0073  ribosomal subunit interface protein, putative  46.67 
 
 		 126 aa  95.9  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1460  ribosomal subunit interface protein YfiA, putative  42.34 
 
 		 109 aa  91.3  8e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.105702  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1952  ribosomal subunit interface protein  42.34 
 
 		 109 aa  91.3  8e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3352  putative ribosomal subunit interface protein YfiA  42.34 
 
 		 109 aa  91.3  8e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0772066  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2358  ribosomal subunit interface protein  42.34 
 
 		 109 aa  91.3  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2475  RedA  42.34 
 
 		 160 aa  90.5  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2124  sigma 54 modulation protein, putative  42.34 
 
 		 212 aa  90.5  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2317  ribosomal subunit interface protein  42.34 
 
 		 160 aa  89.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127274  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2828  cold shock domain-contain protein  51.19 
 
 		 90 aa  87.8  8e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2274  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  35.78 
 
 		 109 aa  80.5  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1599  sigma 54 modulation protein, putative  34.58 
 
 		 105 aa  69.7  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4544  ribosomal subunit interface protein  32.32 
 
 		 105 aa  54.7  0.0000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00451099 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4411  ribosomal subunit interface protein  32.32 
 
 		 105 aa  54.7  0.0000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.895647 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2944  cold shock protein CspA  40.98 
 
 		 67 aa  51.6  0.000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000190383  hitchhiker  0.00000000328218 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2387  cold shock protein CspA  40.98 
 
 		 67 aa  51.6  0.000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000343372  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1384  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  30.36 
 
 		 186 aa  51.6  0.000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.0000667858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2236  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.34 
 
 		 67 aa  50.4  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000182228  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.33 
 
 		 65 aa  50.1  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.98 
 
 		 67 aa  50.1  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  40.98 
 
 		 67 aa  47.8  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 		 66 aa  47.8  0.00009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1523  cold shock protein  38.71 
 
 		 69 aa  46.2  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00439829  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  37.5 
 
 		 66 aa  47  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  37.5 
 
 		 66 aa  47  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  37.5 
 
 		 66 aa  47  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  37.5 
 
 		 66 aa  47  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  37.5 
 
 		 66 aa  47  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  37.5 
 
 		 66 aa  47  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0733  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.32 
 
 		 67 aa  47  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000585148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3567  putative sigma(54) modulation protein  30.84 
 
 		 95 aa  46.6  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  37.5 
 
 		 66 aa  47  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  37.5 
 
 		 66 aa  47  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  37.5 
 
 		 66 aa  47  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3973  cold-shock DNA-binding domain protein  41.67 
 
 		 65 aa  47  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  unclonable  0.0000000000681945 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2454  cold shock protein CspA  37.7 
 
 		 67 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020427  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2257  cold shock protein CspA  37.7 
 
 		 67 aa  46.2  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000681816  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2216  cold shock protein  37.7 
 
 		 67 aa  46.2  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  9.62754e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2177  cold shock protein  37.7 
 
 		 67 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000147175  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2422  cold shock protein CspA  37.7 
 
 		 67 aa  46.2  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271714  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2521  cold shock protein CspA  37.7 
 
 		 67 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000175758  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 65 aa  46.2  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.7 
 
 		 66 aa  45.8  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2440  cold shock protein CspA  37.7 
 
 		 67 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.11145 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  39.34 
 
 		 67 aa  45.8  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.463030000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0951  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.36 
 
 		 102 aa  45.1  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.115791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.07 
 
 		 66 aa  45.4  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000494956  unclonable  0.00000584596 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.33 
 
 		 66 aa  45.1  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000689795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0990  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.36 
 
 		 102 aa  45.1  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0958  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.36 
 
 		 102 aa  45.1  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0659414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.06 
 
 		 67 aa  44.7  0.0007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  38.33 
 
 		 67 aa  44.3  0.0009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  38.33 
 
 		 67 aa  44.3  0.0009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  37.7 
 
 		 66 aa  43.9  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  37.7 
 
 		 66 aa  43.9  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4529  hypothetical protein  31.9 
 
 		 113 aa  44.3  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.469544  normal  0.0452511 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  37.7 
 
 		 66 aa  43.9  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  37.7 
 
 		 66 aa  43.9  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  37.7 
 
 		 66 aa  43.9  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4319  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  24.3 
 
 		 184 aa  43.9  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.556487  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  37.7 
 
 		 66 aa  43.9  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  37.7 
 
 		 66 aa  43.9  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.33 
 
 		 66 aa  43.9  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 65 aa  43.5  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  37.7 
 
 		 66 aa  43.9  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4297  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  24.3 
 
 		 184 aa  43.9  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0960141  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.7 
 
 		 66 aa  43.9  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4311  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  23.77 
 
 		 185 aa  43.9  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.370077 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  37.7 
 
 		 66 aa  43.9  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4396  hypothetical protein  31.9 
 
 		 113 aa  44.3  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.505361  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4264  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  27.36 
 
 		 102 aa  43.9  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0928  cold-shock DNA-binding domain protein  36.67 
 
 		 65 aa  44.3  0.001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.33 
 
 		 66 aa  43.5  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1457  hypothetical protein  33.77 
 
 		 78 aa  43.1  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.897377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0756  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.43 
 
 		 66 aa  43.5  0.002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000688666  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.33 
 
 		 67 aa  43.1  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0979697  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>