More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4576 on replicon NC_007961
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007961  Nham_4576  phage integrase  100 
 
 		 357 aa  721    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4358  phage integrase  79.05 
 
 		 408 aa  569  1e-161  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.245213  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4195  phage integrase  82.23 
 
 		 408 aa  565  1e-160  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0564405  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4792  integrase family protein  84.66 
 
 		 363 aa  564  1.0000000000000001e-159  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00356022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4548  phage integrase  81.16 
 
 		 421 aa  556  1e-157  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.832393  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4579  phage integrase  76.12 
 
 		 406 aa  553  1e-156  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.18624  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8006  integrase protein  78.13 
 
 		 378 aa  514  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4820  phage integrase family protein  78.17 
 
 		 356 aa  514  1.0000000000000001e-145  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9008  phage integrase family protein  77.71 
 
 		 377 aa  513  1e-144  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7008  phage integrase family protein  77.71 
 
 		 387 aa  502  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2480  integrase family protein  68.57 
 
 		 354 aa  443  1e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.608661 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4027  integrase family protein  63.39 
 
 		 372 aa  392  1e-108  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.461361  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3751  integrase family protein  60.91 
 
 		 369 aa  378  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.542126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4511  phage integrase  64.05 
 
 		 369 aa  378  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.694348  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4239  hypothetical protein  61.43 
 
 		 365 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0653636  normal  0.519885 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3404  putative integrase  40.56 
 
 		 291 aa  207  2e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.25041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2995  integrase family protein  41.47 
 
 		 323 aa  202  7e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.941848  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1908  phage integrase family protein  37.46 
 
 		 338 aa  142  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.454202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6972  integrase family protein  31.21 
 
 		 329 aa  134  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0164563  normal  0.0336098 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0918  integrase family protein  33.82 
 
 		 329 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.512331  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2304  phage integrase  37.14 
 
 		 362 aa  131  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0327568  normal  0.0181167 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2870  integrase family protein  37.2 
 
 		 322 aa  127  3e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00943332  normal  0.0896073 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6146  integrase family protein  34.44 
 
 		 311 aa  122  8e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4157  integrase domain-containing protein  35.69 
 
 		 366 aa  122  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.118927  normal  0.593362 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6851  integrase family protein  30.06 
 
 		 323 aa  115  8.999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.100628  normal  0.271303 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3359  integrase family protein  34 
 
 		 307 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1382  Phage integrase  32.12 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0008  DNA integration/recombination/inversion protein  32.64 
 
 		 314 aa  105  1e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.856285  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1698  Phage integrase  32.17 
 
 		 328 aa  103  4e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.265406  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3968  phage integrase family protein  30.37 
 
 		 347 aa  103  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1962  AP endonuclease  31.65 
 
 		 326 aa  102  8e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7902  integrase family protein  34.38 
 
 		 353 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.356547  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8481  integrase family protein  34.38 
 
 		 353 aa  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383754  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4680  integrase family protein  32.21 
 
 		 346 aa  100  6e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4316  phage integrase family protein  28.94 
 
 		 340 aa  99  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2511  phage integrase  27.95 
 
 		 448 aa  98.2  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3277  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  30.25 
 
 		 375 aa  97.4  3e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2466  integrase family protein  32.43 
 
 		 342 aa  97.1  4e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0580014  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2276  integrase family protein  30.21 
 
 		 311 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00370914  hitchhiker  0.000967634 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3434  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  30.25 
 
 		 375 aa  97.1  5e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4367  phage integrase family protein  29.46 
 
 		 335 aa  96.7  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2535  phage integrase family protein  28.57 
 
 		 326 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3181  phage integrase family site specific recombinase  28.57 
 
 		 316 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2680  integrase family protein  28.57 
 
 		 316 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6280  integrase family protein  36.05 
 
 		 335 aa  94  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.737923 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2669  integrase family protein  28.57 
 
 		 316 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.261954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1553  putative integrase/recombinase  30.1 
 
 		 343 aa  92.8  7e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02951  Phage integrase  28.44 
 
 		 336 aa  90.9  3e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203842  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5281  integrase family protein  27.55 
 
 		 320 aa  87.4  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1640  integrase family protein  27.55 
 
 		 320 aa  87.4  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1987  phage integrase family protein  28.12 
 
 		 319 aa  87.4  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2752  integrase domain protein SAM domain protein  28.16 
 
 		 362 aa  86.3  8e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00014768  normal  0.023237 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2249  phage integrase family protein  28.35 
 
 		 319 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.020372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2380  phage integrase family protein  24.18 
 
 		 371 aa  82.8  0.000000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.503709  normal  0.032696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2976  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  30.41 
 
 		 319 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0607408  normal  0.0219571 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5342  putative cointegrate resolution protein S / recombinase  26.99 
 
 		 277 aa  82.8  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2384  phage integrase family site specific recombinase  22.73 
 
 		 369 aa  82  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  30.35 
 
 		 302 aa  82.4  0.00000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6128  integrase family protein  29.56 
 
 		 353 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2033  phage integrase family protein  23.34 
 
 		 369 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.294731 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2263  phage integrase family protein  23.88 
 
 		 371 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00650578  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1674  phage integrase family protein  27.56 
 
 		 330 aa  80.9  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198845 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25710  cointegrate resolution protein S  28.26 
 
 		 325 aa  81.3  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2185  integrase family protein  30.43 
 
 		 413 aa  80.5  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0291516  hitchhiker  0.00000847111 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0046  putative integrase  32.49 
 
 		 189 aa  80.1  0.00000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1943  phage integrase family protein  23.86 
 
 		 369 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.171548  normal  0.0940691 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2082  integrase family protein  23.88 
 
 		 371 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.024543  hitchhiker  0.000210845 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3109  cointegrate resolution protein S  30.27 
 
 		 319 aa  79.7  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00637573  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2926  Phage integrase  28.91 
 
 		 312 aa  79.3  0.00000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0537176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1996  phage integrase family protein  23.3 
 
 		 369 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0736379 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3104  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.27 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494742 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2382  integrase family protein  23.78 
 
 		 354 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0941885  normal  0.501513 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2094  integrase family protein  22.98 
 
 		 400 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000349759  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0031  DNA integration/recombination/inversion protein  33.75 
 
 		 163 aa  76.6  0.0000000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.976428  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2473  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.49 
 
 		 306 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3087  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.49 
 
 		 306 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2244  phage integrase family protein  21.6 
 
 		 380 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.111867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0074  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.27 
 
 		 307 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.82 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.71 
 
 		 306 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3133  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.71 
 
 		 306 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35820  cointegrate resolution protein S  27.52 
 
 		 323 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000225241  decreased coverage  6.17783e-20 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3058  cointegrate resolution protein S  27.52 
 
 		 323 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3258  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.85 
 
 		 310 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.706598  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0195  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.85 
 
 		 310 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0392  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.85 
 
 		 310 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3773  integrase family protein  29.71 
 
 		 390 aa  74.3  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0170  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.82 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.85 
 
 		 310 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3428  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.85 
 
 		 310 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2169  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.85 
 
 		 310 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126979  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2920  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.85 
 
 		 310 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.510567  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1972  integrase family protein  30.42 
 
 		 359 aa  73.9  0.000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.713568  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2105  integrase family protein  28.09 
 
 		 313 aa  73.2  0.000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2392  integrase family protein  28.09 
 
 		 313 aa  73.2  0.000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0530338  normal  0.472164 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0347  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.21 
 
 		 307 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.693124 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2092  phage integrase family protein  24.33 
 
 		 406 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4297  integrase family protein  26.26 
 
 		 394 aa  71.6  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6437  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.37 
 
 		 306 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.798094 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3780  integrase family protein  28.32 
 
 		 383 aa  71.2  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.325182  normal  0.557184 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>