73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_1198 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_1198  PAS fold-3 domain protein  100 
 
 		 187 aa  377  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.306365  normal  0.767323 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5109  PAS fold-3 domain protein  65.41 
 
 		 197 aa  241  5e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.924849 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4878  PAS domain-containing protein  63.23 
 
 		 155 aa  207  9e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3718  PAS domain-containing protein  33.89 
 
 		 211 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.243172 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4253  PAS domain-containing protein  35.8 
 
 		 202 aa  81.6  0.000000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.486718  normal  0.280959 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0132  PAS domain-containing protein  28.89 
 
 		 206 aa  79.7  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.433683  normal  0.272922 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5882  PAS domain-containing protein  31.79 
 
 		 202 aa  76.6  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.683919 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  42.48 
 
 		 582 aa  75.5  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1761  PAS domain-containing protein  29.31 
 
 		 199 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  38.39 
 
 		 759 aa  72  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2215  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.39 
 
 		 810 aa  66.2  0.0000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4390  PAS domain-containing protein  30.26 
 
 		 200 aa  65.9  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.000850983  normal  0.838012 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0323  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.46 
 
 		 789 aa  64.3  0.000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.179581  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1503  PAS domain-containing protein  28.02 
 
 		 186 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.355958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.53 
 
 		 998 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6284  PAS domain-containing protein  27.87 
 
 		 223 aa  62  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.3 
 
 		 674 aa  61.6  0.000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.11 
 
 		 845 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 		 883 aa  60.1  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.16 
 
 		 1532 aa  60.1  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2325  PAS domain-containing protein  30.26 
 
 		 204 aa  59.3  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.347641  normal  0.764067 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  29.01 
 
 		 956 aa  58.5  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  25.75 
 
 		 847 aa  56.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.09 
 
 		 767 aa  56.6  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0942  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.05 
 
 		 1009 aa  56.2  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.808539  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.23 
 
 		 1224 aa  55.5  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1400  PAS sensor signal transduction histidine kinase  32.74 
 
 		 938 aa  53.9  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.23 
 
 		 1215 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.95 
 
 		 686 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1213  signal transduction histidine kinase  30.28 
 
 		 603 aa  53.5  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.69 
 
 		 977 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  26.72 
 
 		 827 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1160  hypothetical protein  32.48 
 
 		 2303 aa  52.4  0.000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.21 
 
 		 689 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  33.94 
 
 		 1225 aa  52  0.000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.94 
 
 		 1225 aa  51.2  0.000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0386  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.27 
 
 		 674 aa  50.4  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.963585  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1795  PAS fold-3 domain protein  29.73 
 
 		 162 aa  49.7  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.591789  normal  0.0452866 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1982  PAS fold-3 domain protein  29.25 
 
 		 174 aa  49.3  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.282752  normal  0.0152652 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.83 
 
 		 793 aa  48.9  0.00004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.84 
 
 		 922 aa  48.5  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2371  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.05 
 
 		 1171 aa  47.8  0.00009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.516834  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1018  PAS domain-containing protein  27.17 
 
 		 195 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.011057  normal  0.147153 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.87 
 
 		 858 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  27.07 
 
 		 1092 aa  47  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.07 
 
 		 1103 aa  47  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.44 
 
 		 943 aa  46.2  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  28.85 
 
 		 691 aa  45.1  0.0006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1771  PAS:GGDEF  29.41 
 
 		 449 aa  45.1  0.0006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3578  hypothetical protein  29.36 
 
 		 188 aa  45.1  0.0007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.21296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.1 
 
 		 1273 aa  44.7  0.0007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.82 
 
 		 830 aa  43.9  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1629  hypothetical protein  29.66 
 
 		 2279 aa  44.3  0.001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00385433 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3467  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.35 
 
 		 865 aa  43.9  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3043  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.83 
 
 		 1122 aa  43.1  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000641159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.7 
 
 		 987 aa  43.5  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  27.59 
 
 		 691 aa  43.5  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.8 
 
 		 817 aa  42.7  0.003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.194507 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4307  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.74 
 
 		 806 aa  42.7  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.767019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0999  hypothetical protein  27.97 
 
 		 2272 aa  42.7  0.003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.715869 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.7 
 
 		 721 aa  42.4  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.814379  normal  0.333041 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  29.09 
 
 		 512 aa  42.4  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.5 
 
 		 1177 aa  42.4  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  21.05 
 
 		 1148 aa  42  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3141  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.96 
 
 		 1406 aa  41.6  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.367834  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.36 
 
 		 519 aa  42  0.006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  29.41 
 
 		 514 aa  41.6  0.006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.09 
 
 		 515 aa  41.6  0.007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0815  hypothetical protein  27.97 
 
 		 918 aa  41.6  0.007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2084  sensor for ctr capsule biosynthesis; sensor histidine kinase  26.09 
 
 		 660 aa  41.2  0.008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.06 
 
 		 766 aa  41.2  0.009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0225  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.02 
 
 		 1418 aa  41.2  0.009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.180068  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.58 
 
 		 761 aa  41.2  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>