180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_0155 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_0155  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
476 aa  976    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3762  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  59.35 
 
 
462 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12101  normal  0.44256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2754  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  58.32 
 
 
467 aa  529  1e-149  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6363  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  62.09 
 
 
465 aa  520  1e-146  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.111638 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2531  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  58.75 
 
 
467 aa  520  1e-146  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.695435  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2459  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  57.67 
 
 
467 aa  499  1e-140  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0663  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  51.21 
 
 
464 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3129  DNA photolyase, FAD-binding  49.78 
 
 
468 aa  413  1e-114  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04990  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.44 
 
 
466 aa  399  9.999999999999999e-111  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0725  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.44 
 
 
455 aa  371  1e-101  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3221  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.05 
 
 
448 aa  361  2e-98  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.147791  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2139  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.04 
 
 
456 aa  360  2e-98  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3500  DNA photolyase FAD-binding protein  38.19 
 
 
453 aa  351  2e-95  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1961  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  42 
 
 
468 aa  332  8e-90  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.351083  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_45715  predicted protein  42.04 
 
 
467 aa  325  1e-87  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.380145  normal  0.059566 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0876  DNA photolyase, class 2  41.59 
 
 
459 aa  325  2e-87  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1775  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.37 
 
 
447 aa  323  4e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00154316  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4497  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  38.78 
 
 
446 aa  314  1.9999999999999998e-84  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.112755  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1321  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.91 
 
 
469 aa  309  5.9999999999999995e-83  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.533615  normal  0.0703748 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0767  deoxyribodipyrimidine photolyase  39 
 
 
451 aa  308  2.0000000000000002e-82  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.268516 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1936  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.05 
 
 
494 aa  301  1e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0179  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  42.66 
 
 
487 aa  301  2e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0522  DNA photolyase, class 2  37.47 
 
 
495 aa  299  7e-80  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.372488 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2851  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.2 
 
 
473 aa  291  1e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0527  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  37.25 
 
 
462 aa  291  2e-77  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2012  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.96 
 
 
450 aa  288  2e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0415  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.36 
 
 
452 aa  286  7e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2829  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  36.55 
 
 
461 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242896  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2693  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.56 
 
 
449 aa  260  4e-68  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3007  DNA photolyase FAD-binding  37.82 
 
 
493 aa  256  5e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.742505 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1430  DNA photolyase FAD-binding protein  34.56 
 
 
493 aa  254  3e-66  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30886  predicted protein  36.1 
 
 
506 aa  242  1e-62  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.25268 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2716  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.1 
 
 
490 aa  238  1e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41733  predicted protein  36.91 
 
 
477 aa  238  3e-61  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.908244  normal  0.188048 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_36787  predicted protein  36.91 
 
 
477 aa  238  3e-61  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00684152  hitchhiker  0.00249943 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_51952  class II CPD photolyase  34.95 
 
 
511 aa  234  3e-60  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3226  DNA photolyase FAD-binding  36.82 
 
 
486 aa  233  7.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575372  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4973  DNA photolyase FAD-binding protein  32.78 
 
 
496 aa  230  5e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3028  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  36.42 
 
 
490 aa  226  8e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3125  DNA photolyase FAD-binding  36.19 
 
 
486 aa  225  1e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.848481  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0288  DNA photolyase FAD-binding protein  32.82 
 
 
843 aa  207  3e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.59 
 
 
483 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.47 
 
 
479 aa  80.9  0.00000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.07 
 
 
477 aa  69.7  0.0000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.14 
 
 
483 aa  68.9  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.75 
 
 
479 aa  68.6  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  24.66 
 
 
472 aa  68.2  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.07 
 
 
471 aa  68.2  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.25 
 
 
454 aa  67.4  0.0000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.42 
 
 
500 aa  67  0.0000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49165  predicted protein  26.55 
 
 
495 aa  66.6  0.000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.69324  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.28 
 
 
477 aa  66.2  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1907  DNA photolyase, class 2  37.86 
 
 
104 aa  64.3  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.79 
 
 
487 aa  63.5  0.000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.85 
 
 
486 aa  63.5  0.000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.59 
 
 
478 aa  62.8  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.92 
 
 
519 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.92 
 
 
519 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.74 
 
 
481 aa  63.2  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  23.27 
 
 
452 aa  62.4  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.87 
 
 
487 aa  61.6  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.47 
 
 
491 aa  61.6  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.55 
 
 
475 aa  60.8  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  27.86 
 
 
471 aa  60.5  0.00000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  27.86 
 
 
471 aa  60.5  0.00000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.35 
 
 
486 aa  60.1  0.00000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.19 
 
 
484 aa  60.1  0.00000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.12 
 
 
486 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1386  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.41 
 
 
435 aa  58.5  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0285292 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.76 
 
 
471 aa  57  0.0000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.98 
 
 
477 aa  56.6  0.0000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1302  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.43 
 
 
456 aa  56.6  0.0000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.674491  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.87 
 
 
478 aa  56.6  0.0000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  25.27 
 
 
474 aa  56.2  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.67 
 
 
481 aa  55.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.67 
 
 
481 aa  55.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2318  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.73 
 
 
476 aa  55.1  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.73 
 
 
471 aa  54.7  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  23.81 
 
 
474 aa  54.3  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.2 
 
 
525 aa  54.3  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.14 
 
 
470 aa  54.3  0.000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.3 
 
 
475 aa  54.3  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0866  deoxyribodipyrimidine photo-lyase (photoreactivating enzyme)  25.12 
 
 
479 aa  54.3  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.84 
 
 
469 aa  53.9  0.000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2179  deoxyribodipyrimidine photolyase  21.11 
 
 
481 aa  53.5  0.000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.92 
 
 
474 aa  53.5  0.000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.19 
 
 
434 aa  53.5  0.000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.3 
 
 
475 aa  53.5  0.000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.67 
 
 
518 aa  52.8  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0815  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.44 
 
 
470 aa  52.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.752894  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.75 
 
 
476 aa  53.1  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.3 
 
 
497 aa  52.4  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.45 
 
 
486 aa  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2244  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.89 
 
 
433 aa  52.8  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.590626 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0998  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.47 
 
 
457 aa  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50142  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.39 
 
 
476 aa  52  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.3 
 
 
486 aa  52.4  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.45 
 
 
486 aa  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.3 
 
 
486 aa  52.4  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4086  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30 
 
 
449 aa  52.8  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.703366  normal  0.759953 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>