182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2829 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2829  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  100 
 
 
461 aa  952    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242896  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2012  deoxyribodipyrimidine photolyase  58.29 
 
 
450 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0527  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  53.07 
 
 
462 aa  508  1e-143  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1775  deoxyribodipyrimidine photolyase  59.07 
 
 
447 aa  499  1e-140  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00154316  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1321  deoxyribodipyrimidine photolyase  54.88 
 
 
469 aa  491  1e-137  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.533615  normal  0.0703748 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0876  DNA photolyase, class 2  53.95 
 
 
459 aa  479  1e-134  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1961  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  52.36 
 
 
468 aa  478  1e-133  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.351083  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0767  deoxyribodipyrimidine photolyase  51.48 
 
 
451 aa  464  1e-129  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.268516 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0179  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  53.41 
 
 
487 aa  458  9.999999999999999e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2851  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.89 
 
 
473 aa  431  1e-119  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0415  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.89 
 
 
452 aa  428  1e-119  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0522  DNA photolyase, class 2  46.84 
 
 
495 aa  422  1e-117  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.372488 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1936  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.22 
 
 
494 aa  403  1e-111  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30886  predicted protein  45.05 
 
 
506 aa  387  1e-106  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.25268 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2693  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.36 
 
 
449 aa  358  9e-98  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41733  predicted protein  45.66 
 
 
477 aa  356  3.9999999999999996e-97  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.908244  normal  0.188048 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_36787  predicted protein  45.66 
 
 
477 aa  356  3.9999999999999996e-97  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00684152  hitchhiker  0.00249943 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_51952  class II CPD photolyase  39.96 
 
 
511 aa  346  6e-94  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3221  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.72 
 
 
448 aa  329  6e-89  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.147791  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0725  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.41 
 
 
455 aa  326  6e-88  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0663  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  41.48 
 
 
464 aa  316  5e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04990  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.12 
 
 
466 aa  315  8e-85  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3500  DNA photolyase FAD-binding protein  36.22 
 
 
453 aa  308  1.0000000000000001e-82  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4497  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  40.05 
 
 
446 aa  301  2e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.112755  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3762  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.99 
 
 
462 aa  290  3e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12101  normal  0.44256 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2139  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.47 
 
 
456 aa  281  2e-74  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2754  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40 
 
 
467 aa  280  3e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6363  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.7 
 
 
465 aa  277  3e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.111638 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3129  DNA photolyase, FAD-binding  37.95 
 
 
468 aa  273  7e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_45715  predicted protein  39.86 
 
 
467 aa  271  1e-71  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.380145  normal  0.059566 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2531  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.69 
 
 
467 aa  268  1e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.695435  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2459  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.68 
 
 
467 aa  266  5e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0155  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.57 
 
 
476 aa  256  8e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2716  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.13 
 
 
490 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3226  DNA photolyase FAD-binding  36.19 
 
 
486 aa  243  7e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575372  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3125  DNA photolyase FAD-binding  36.19 
 
 
486 aa  242  1e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.848481  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1430  DNA photolyase FAD-binding protein  33.82 
 
 
493 aa  239  1e-61  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4973  DNA photolyase FAD-binding protein  35.56 
 
 
496 aa  231  2e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3028  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  35.12 
 
 
490 aa  227  3e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3007  DNA photolyase FAD-binding  34.26 
 
 
493 aa  213  5.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.742505 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0288  DNA photolyase FAD-binding protein  31.21 
 
 
843 aa  189  7e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1907  DNA photolyase, class 2  56.52 
 
 
104 aa  94.4  4e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.52 
 
 
479 aa  78.2  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.83 
 
 
475 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.47 
 
 
477 aa  75.1  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1989  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27 
 
 
468 aa  75.1  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.382914  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.89 
 
 
475 aa  73.6  0.000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.58 
 
 
482 aa  72.8  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.03 
 
 
469 aa  71.2  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.57 
 
 
452 aa  66.6  0.0000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0237  deoxyribodipyrimidine photolyase-like  42.67 
 
 
114 aa  66.6  0.000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.969227  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.81 
 
 
484 aa  63.9  0.000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.92 
 
 
473 aa  63.9  0.000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  25.32 
 
 
483 aa  63.5  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.82 
 
 
481 aa  63.2  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  21.11 
 
 
476 aa  62.8  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.87 
 
 
473 aa  62.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.41 
 
 
468 aa  62.4  0.00000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.94 
 
 
479 aa  61.2  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.21 
 
 
471 aa  60.8  0.00000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.81 
 
 
483 aa  59.7  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.95 
 
 
486 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.49 
 
 
463 aa  58.9  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.36 
 
 
473 aa  59.3  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.14 
 
 
483 aa  58.5  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.21 
 
 
483 aa  58.2  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  23.58 
 
 
471 aa  57.4  0.0000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.58 
 
 
473 aa  57.4  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.8 
 
 
518 aa  57  0.0000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.25 
 
 
505 aa  57  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  22.1 
 
 
493 aa  57  0.0000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00387  DNA photolyase (Eurofung)  25.32 
 
 
567 aa  56.6  0.0000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.892479  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  20.83 
 
 
476 aa  56.2  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4086  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.26 
 
 
449 aa  56.6  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.703366  normal  0.759953 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.14 
 
 
484 aa  56.2  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.63 
 
 
479 aa  55.1  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.06 
 
 
481 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.1 
 
 
473 aa  55.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.32 
 
 
500 aa  54.7  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.57 
 
 
483 aa  54.3  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49165  predicted protein  26.29 
 
 
495 aa  54.3  0.000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.69324  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.32 
 
 
499 aa  54.7  0.000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2318  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.5 
 
 
476 aa  54.7  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  23.31 
 
 
471 aa  54.3  0.000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.91 
 
 
486 aa  54.3  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.94 
 
 
513 aa  53.5  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.88 
 
 
475 aa  53.9  0.000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.64 
 
 
475 aa  52.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.58 
 
 
473 aa  53.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  20.61 
 
 
476 aa  53.1  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2777  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.75 
 
 
469 aa  53.1  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.74 
 
 
497 aa  52.4  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.27 
 
 
518 aa  52.4  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.13 
 
 
481 aa  52.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0776  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  22.94 
 
 
479 aa  52  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0436296  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03091  putative DNA photolyase  21.18 
 
 
478 aa  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  24.68 
 
 
472 aa  50.8  0.00004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  23.64 
 
 
474 aa  50.8  0.00005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.1 
 
 
453 aa  50.8  0.00005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.52 
 
 
478 aa  50.8  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>