116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_4973 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_4973  DNA photolyase FAD-binding protein  100 
 
 
496 aa  1005    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1430  DNA photolyase FAD-binding protein  53.28 
 
 
493 aa  558  1e-158  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2716  deoxyribodipyrimidine photolyase  51.73 
 
 
490 aa  505  9.999999999999999e-143  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3007  DNA photolyase FAD-binding  55.85 
 
 
493 aa  505  9.999999999999999e-143  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.742505 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3125  DNA photolyase FAD-binding  52.14 
 
 
486 aa  460  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.848481  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3226  DNA photolyase FAD-binding  51.73 
 
 
486 aa  459  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575372  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3028  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  52.25 
 
 
490 aa  436  1e-121  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0725  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.8 
 
 
455 aa  289  9e-77  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3221  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.42 
 
 
448 aa  263  4.999999999999999e-69  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.147791  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0663  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  37.35 
 
 
464 aa  261  2e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1961  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  36.67 
 
 
468 aa  252  1e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.351083  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04990  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.99 
 
 
466 aa  250  4e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2139  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.4 
 
 
456 aa  249  6e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2012  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.7 
 
 
450 aa  241  2e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0288  DNA photolyase FAD-binding protein  34.41 
 
 
843 aa  241  2e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1321  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.41 
 
 
469 aa  238  1e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.533615  normal  0.0703748 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0876  DNA photolyase, class 2  34.76 
 
 
459 aa  233  8.000000000000001e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2851  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.03 
 
 
473 aa  231  2e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2829  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  35.62 
 
 
461 aa  230  5e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242896  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4497  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  34.27 
 
 
446 aa  229  9e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.112755  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0767  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.48 
 
 
451 aa  227  4e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.268516 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0179  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  34.8 
 
 
487 aa  226  6e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1775  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.27 
 
 
447 aa  226  7e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00154316  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0522  DNA photolyase, class 2  35.5 
 
 
495 aa  225  1e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.372488 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_45715  predicted protein  36.02 
 
 
467 aa  225  1e-57  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.380145  normal  0.059566 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0527  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  32.06 
 
 
462 aa  224  4e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0415  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.82 
 
 
452 aa  224  4e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3500  DNA photolyase FAD-binding protein  27.87 
 
 
453 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0155  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.78 
 
 
476 aa  218  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3762  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.86 
 
 
462 aa  211  3e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12101  normal  0.44256 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3129  DNA photolyase, FAD-binding  41.38 
 
 
468 aa  209  1e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2459  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.88 
 
 
467 aa  208  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2754  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.23 
 
 
467 aa  207  3e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2693  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.99 
 
 
449 aa  206  8e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2531  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.23 
 
 
467 aa  205  1e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.695435  normal 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30886  predicted protein  31.65 
 
 
506 aa  203  6e-51  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.25268 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1936  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.44 
 
 
494 aa  194  3e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6363  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.59 
 
 
465 aa  184  3e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.111638 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_51952  class II CPD photolyase  29.58 
 
 
511 aa  183  6e-45  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41733  predicted protein  31.73 
 
 
477 aa  169  9e-41  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.908244  normal  0.188048 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_36787  predicted protein  31.73 
 
 
477 aa  169  9e-41  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00684152  hitchhiker  0.00249943 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49165  predicted protein  31.06 
 
 
495 aa  87.8  4e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.69324  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.22 
 
 
477 aa  67.8  0.0000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.23 
 
 
476 aa  67  0.0000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.28 
 
 
497 aa  64.3  0.000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  31.02 
 
 
479 aa  63.5  0.000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.94 
 
 
492 aa  60.8  0.00000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.05 
 
 
487 aa  60.8  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.74 
 
 
486 aa  60.8  0.00000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.05 
 
 
487 aa  60.8  0.00000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.05 
 
 
487 aa  60.8  0.00000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.51 
 
 
473 aa  59.3  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  29.53 
 
 
468 aa  58.9  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.98 
 
 
480 aa  58.5  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0465  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.14 
 
 
473 aa  57.4  0.0000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.99 
 
 
475 aa  56.6  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  29.48 
 
 
472 aa  55.8  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.9 
 
 
477 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.98 
 
 
475 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.23 
 
 
484 aa  55.5  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  24.62 
 
 
474 aa  55.8  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.94 
 
 
454 aa  55.1  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.25 
 
 
469 aa  55.1  0.000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.17 
 
 
477 aa  53.9  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.32 
 
 
480 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.12 
 
 
477 aa  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28 
 
 
475 aa  52.8  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.98 
 
 
476 aa  51.6  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.75 
 
 
477 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28 
 
 
486 aa  51.2  0.00004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.95 
 
 
476 aa  51.2  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.75 
 
 
481 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.59 
 
 
475 aa  50.8  0.00006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.65 
 
 
519 aa  50.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.65 
 
 
519 aa  50.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.82 
 
 
471 aa  50.1  0.00009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.59 
 
 
471 aa  49.7  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.46 
 
 
525 aa  49.7  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4270  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.78 
 
 
473 aa  49.7  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.397965  normal  0.444789 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.3 
 
 
475 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.29 
 
 
497 aa  48.5  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.14 
 
 
474 aa  48.5  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.44 
 
 
501 aa  48.5  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.14 
 
 
482 aa  48.5  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.46 
 
 
483 aa  47.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.32 
 
 
452 aa  47.8  0.0005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.91 
 
 
483 aa  47.4  0.0006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.14 
 
 
470 aa  47.4  0.0007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  26.54 
 
 
469 aa  47.4  0.0007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1989  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.82 
 
 
468 aa  47  0.0008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.382914  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0753  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.47 
 
 
550 aa  47  0.0008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0765877  normal  0.622658 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.01 
 
 
471 aa  47  0.0008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0151  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.38 
 
 
497 aa  46.2  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0953516  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.14 
 
 
462 aa  46.2  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.09 
 
 
519 aa  46.2  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0998  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.62 
 
 
457 aa  45.4  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50142  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.57 
 
 
505 aa  45.8  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.35 
 
 
463 aa  45.8  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.17 
 
 
483 aa  45.8  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  26.59 
 
 
483 aa  45.4  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>