More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_6726 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_6525  AMP-dependent synthetase and ligase  80.69 
 
 
487 aa  703    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6726  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
473 aa  911    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.149024  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0995  AMP-dependent synthetase and ligase  58.37 
 
 
460 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.537701  normal  0.314251 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5076  AMP-dependent synthetase and ligase  57.6 
 
 
459 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.273302  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1098  AMP-dependent synthetase and ligase  57.08 
 
 
460 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5054  AMP-dependent synthetase and ligase  54.94 
 
 
453 aa  384  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.606706 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4593  AMP-dependent synthetase and ligase  54.22 
 
 
453 aa  382  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.158973 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0576  AMP-dependent synthetase and ligase  37.18 
 
 
441 aa  215  9.999999999999999e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3072  hypothetical protein  32.85 
 
 
448 aa  204  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1373  AMP-dependent synthetase and ligase  34.81 
 
 
383 aa  177  5e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.826102 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1323  acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II-like protein  33.95 
 
 
380 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3107  Acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II-like protein  32.4 
 
 
379 aa  144  3e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1127  AMP-dependent synthetase and ligase  32.71 
 
 
447 aa  124  5e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3791  AMP-dependent synthetase and ligase  33.44 
 
 
446 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.712407  normal  0.636512 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3967  AMP-dependent synthetase and ligase  31.68 
 
 
447 aa  122  9.999999999999999e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.923272  normal  0.0394514 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0813  AMP-dependent synthetase and ligase  30.16 
 
 
449 aa  121  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3063  AMP-dependent synthetase and ligase  32.81 
 
 
446 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.214783  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1426  AMP-dependent synthetase and ligase  26.59 
 
 
449 aa  111  3e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.745476  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3895  hypothetical protein  30.67 
 
 
446 aa  109  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.859841 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4047  AMP-dependent synthetase and ligase  31.02 
 
 
447 aa  103  6e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3403  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  28.15 
 
 
579 aa  93.6  6e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1249  AMP-dependent synthetase and ligase  30.97 
 
 
530 aa  93.6  7e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0993  AMP-dependent synthetase and ligase  26.8 
 
 
551 aa  92.8  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.058663  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0310  AMP-dependent synthetase and ligase  28.14 
 
 
533 aa  90.5  5e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.280778  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0805  AMP-dependent synthetase and ligase  31.84 
 
 
469 aa  90.1  8e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197617  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0952  AMP-dependent synthetase and ligase  26.68 
 
 
478 aa  89.4  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2785  AMP-dependent synthetase and ligase  29.36 
 
 
534 aa  89.4  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634484  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3898  AMP-dependent synthetase and ligase  29.07 
 
 
553 aa  89.4  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3031  amino acid adenylation domain protein  26.02 
 
 
1466 aa  87  7e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2250  AMP-dependent synthetase and ligase  27.3 
 
 
538 aa  86.7  8e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5720  AMP-dependent synthetase and ligase  31.91 
 
 
490 aa  85.1  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.788062  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18400  non-ribosomal peptide synthase/amino acid adenylation enzyme  30.08 
 
 
5750 aa  85.5  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0495  putative methyltransferase  34.15 
 
 
798 aa  85.5  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.722631  normal  0.300307 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00067  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  27.07 
 
 
560 aa  84.7  0.000000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3252  AMP-dependent synthetase and ligase  24.65 
 
 
474 aa  85.1  0.000000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2440  AMP-binding domain protein  26.3 
 
 
544 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  30.18 
 
 
584 aa  84  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.128568  normal  0.0101093 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0003  AMP-dependent synthetase and ligase  27.64 
 
 
557 aa  84  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0974739 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3653  AMP-dependent synthetase and ligase  27.81 
 
 
578 aa  84.3  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3351  AMP-dependent synthetase and ligase  30.87 
 
 
472 aa  83.6  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.156488 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1874  amino acid adenylation domain-containing protein  25.81 
 
 
1553 aa  83.6  0.000000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  29.93 
 
 
517 aa  83.6  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3995  AMP-dependent synthetase and ligase  34.01 
 
 
537 aa  83.6  0.000000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000737641  normal  0.189989 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  24.88 
 
 
662 aa  82.8  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1570  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.69 
 
 
566 aa  82.8  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000352834  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2317  AMP-binding protein  27.04 
 
 
549 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0975464  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  30.98 
 
 
565 aa  83.2  0.00000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0940  AMP-dependent synthetase and ligase  26.71 
 
 
478 aa  83.2  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3090  amino acid adenylation domain protein  25.75 
 
 
1466 aa  81.6  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29237  predicted protein  27.38 
 
 
356 aa  82  0.00000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0182094  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2822  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 
430 aa  82  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0229  acyl-CoA synthetase  27.38 
 
 
571 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1256  hypothetical protein  26.93 
 
 
563 aa  82  0.00000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.956309  normal  0.567013 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3695  AMP-dependent synthetase and ligase  37.9 
 
 
534 aa  82  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0610  AMP-binding domain protein  27.25 
 
 
570 aa  82  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.920315  normal  0.508617 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3939  AMP-dependent synthetase and ligase  27.95 
 
 
585 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0606256 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  31.25 
 
 
505 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2866  acyl-CoA synthetase  26.3 
 
 
569 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3946  AMP-dependent synthetase and ligase  27.53 
 
 
578 aa  81.6  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0770506  normal  0.73273 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2866  AMP-dependent synthetase and ligase  29.18 
 
 
523 aa  81.6  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0802  malonyl-CoA synthase  29.26 
 
 
510 aa  80.9  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.756606  normal  0.0286315 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2405  AMP-dependent synthetase and ligase  27.54 
 
 
382 aa  81.3  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000618801  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0279  O-succinylbenzoate-CoA ligase  26.49 
 
 
515 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.384875  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2684  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.07 
 
 
567 aa  80.9  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.503393 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  25.07 
 
 
518 aa  80.9  0.00000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2523  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.85 
 
 
557 aa  80.5  0.00000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00313327  normal  0.944689 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1742  AMP-dependent synthetase and ligase  28.42 
 
 
497 aa  80.5  0.00000000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.441923  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1635  acyl-CoA synthetase  35.81 
 
 
571 aa  80.5  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1467  AMP-binding domain protein  26.86 
 
 
578 aa  80.1  0.00000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1956  AMP-dependent synthetase and ligase  27.97 
 
 
538 aa  80.1  0.00000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.536259  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3496  AMP-dependent synthetase and ligase  27.37 
 
 
544 aa  80.5  0.00000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.38244  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3917  AMP-dependent synthetase and ligase  27.38 
 
 
521 aa  80.1  0.00000000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.287192  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0952  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.11 
 
 
563 aa  80.1  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.412461  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  38.67 
 
 
539 aa  80.1  0.00000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5284  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 
503 aa  80.1  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  28.61 
 
 
521 aa  80.1  0.00000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2905  AMP-dependent synthetase and ligase  27.01 
 
 
502 aa  80.1  0.00000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.587257 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1365  AMP-dependent synthetase and ligase  27.54 
 
 
477 aa  80.1  0.00000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0333  AMP-binding domain protein  26.67 
 
 
571 aa  79.7  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0800  AMP-dependent synthetase and ligase  27.83 
 
 
539 aa  79.7  0.00000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2110  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.77 
 
 
557 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148173  normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2448  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.73 
 
 
555 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000160034  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4074  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.15 
 
 
561 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2958  AMP-dependent synthetase and ligase  29.33 
 
 
523 aa  79.7  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2428  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.48 
 
 
557 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0268357  normal  0.181613 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3025  AMP-binding domain protein  26.5 
 
 
576 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1891  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.48 
 
 
557 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0198205  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4160  O-succinylbenzoate-CoA ligase  30.6 
 
 
475 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0896552  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  35.4 
 
 
577 aa  79.7  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1898  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.48 
 
 
557 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0400392  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3231  AMP-dependent synthetase and ligase  25.42 
 
 
534 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000448213  normal  0.730696 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.01 
 
 
514 aa  79  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3958  AMP-dependent synthetase and ligase  31.22 
 
 
707 aa  79  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1472  hypothetical protein  25.9 
 
 
569 aa  78.6  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2172  AMP-binding protein  23.88 
 
 
559 aa  78.6  0.0000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.69843 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2910  AMP-dependent synthetase and ligase  27.25 
 
 
477 aa  78.6  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1025  AMP-dependent synthetase and ligase  27.75 
 
 
528 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3139  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 
534 aa  79  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000126557  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0728  AMP-dependent synthetase and ligase  28.33 
 
 
507 aa  78.6  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1864  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.48 
 
 
557 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00374532  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>