More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_3939 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  68.01 
 
 
584 aa  780    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.128568  normal  0.0101093 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0200  AMP-dependent synthetase and ligase  65.26 
 
 
566 aa  743    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.366303  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3946  AMP-dependent synthetase and ligase  93.61 
 
 
578 aa  1069    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0770506  normal  0.73273 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5833  AMP-dependent synthetase and ligase  63.22 
 
 
569 aa  737    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3653  AMP-dependent synthetase and ligase  93.26 
 
 
578 aa  1066    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3939  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
585 aa  1182    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0606256 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4746  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.69 
 
 
563 aa  598  1e-169  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2684  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.9 
 
 
567 aa  587  1e-166  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.503393 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00067  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  52.11 
 
 
560 aa  586  1e-166  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1344  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.56 
 
 
572 aa  587  1e-166  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.77905 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0952  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.01 
 
 
563 aa  587  1e-166  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.412461  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1323  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.48 
 
 
561 aa  585  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3734  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.17 
 
 
560 aa  585  1e-166  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.862355  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  52.37 
 
 
553 aa  580  1e-164  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1831  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  51.84 
 
 
558 aa  578  1e-164  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.149833  normal  0.317759 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2857  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.05 
 
 
569 aa  574  1.0000000000000001e-162  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4074  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.79 
 
 
561 aa  570  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0289  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.87 
 
 
554 aa  564  1.0000000000000001e-159  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.883702  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0110  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.3 
 
 
566 aa  563  1.0000000000000001e-159  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.963067 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0303  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.52 
 
 
581 aa  561  1e-158  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.993767  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2685  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.52 
 
 
557 aa  560  1e-158  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0867888  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0476  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.83 
 
 
557 aa  555  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2994  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.13 
 
 
560 aa  556  1e-157  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.562113  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3148  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.13 
 
 
560 aa  558  1e-157  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2739  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.34 
 
 
569 aa  556  1e-157  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0451  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50 
 
 
557 aa  557  1e-157  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.321292  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0413  AMP-dependent synthetase and ligase  51.03 
 
 
579 aa  554  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00496898 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2848  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.35 
 
 
557 aa  554  1e-156  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3104  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50 
 
 
569 aa  553  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.219632  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0518  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.65 
 
 
557 aa  553  1e-156  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0064  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.83 
 
 
557 aa  554  1e-156  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0546  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.83 
 
 
557 aa  554  1e-156  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3482  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.78 
 
 
557 aa  551  1e-155  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0194948  hitchhiker  0.00229302 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0373  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.78 
 
 
581 aa  549  1e-155  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.826783  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0959  AMP-dependent synthetase and ligase  48.43 
 
 
558 aa  551  1e-155  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.336851  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3633  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.65 
 
 
557 aa  551  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.956552  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1106  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.91 
 
 
557 aa  549  1e-155  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.422125  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0428  AMP-dependent synthetase and ligase  51.03 
 
 
579 aa  551  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0627658  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0474  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.04 
 
 
557 aa  548  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3556  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.56 
 
 
557 aa  545  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207193  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3563  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.56 
 
 
557 aa  545  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3537  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.56 
 
 
557 aa  545  1e-154  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0353  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  49.91 
 
 
565 aa  544  1e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.333466  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  48.6 
 
 
553 aa  544  1e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0143852  hitchhiker  0.00793845 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01775  acyl-CoA synthase  49.04 
 
 
561 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1838  AMP-dependent synthetase and ligase  49.04 
 
 
583 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025116  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01763  hypothetical protein  49.04 
 
 
561 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1570  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.31 
 
 
566 aa  539  9.999999999999999e-153  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000352834  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0144  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.04 
 
 
566 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2760  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.83 
 
 
573 aa  540  9.999999999999999e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000411499  hitchhiker  0.00194378 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.04 
 
 
561 aa  538  9.999999999999999e-153  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2031  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.04 
 
 
561 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004090  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.61 
 
 
563 aa  540  9.999999999999999e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0450361  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1828  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.04 
 
 
583 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.325094 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1383  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.04 
 
 
561 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0924473  normal  0.838722 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2386  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.34 
 
 
557 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0150062  normal  0.524068 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0424  AMP-dependent synthetase and ligase  49.74 
 
 
561 aa  539  9.999999999999999e-153  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1893  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.04 
 
 
561 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2532  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.86 
 
 
561 aa  536  1e-151  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0895322  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2778  putative long chain fatty-acid CoA ligase(long- chain acyl-CoA synthetase)  48.89 
 
 
604 aa  535  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.422591  normal  0.203216 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2125  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.13 
 
 
562 aa  538  1e-151  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.16 
 
 
557 aa  536  1e-151  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000145714  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2254  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.16 
 
 
557 aa  536  1e-151  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00142452  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.13 
 
 
562 aa  538  1e-151  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277435  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1761  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.51 
 
 
557 aa  537  1e-151  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0066805  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.96 
 
 
577 aa  538  1e-151  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  48.19 
 
 
584 aa  534  1e-150  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.877669  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.21 
 
 
572 aa  534  1e-150  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4674  AMP-dependent synthetase and ligase  48.36 
 
 
584 aa  534  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0112629 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0535  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.99 
 
 
566 aa  532  1e-150  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1891  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.9 
 
 
557 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0198205  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0946  AMP-dependent synthetase and ligase  49.05 
 
 
559 aa  531  1e-150  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01379  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.92 
 
 
563 aa  532  1e-150  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2523  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.64 
 
 
557 aa  532  1e-150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00313327  normal  0.944689 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  49.04 
 
 
559 aa  535  1e-150  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0138  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.34 
 
 
566 aa  533  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.938727  normal  0.187232 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2188  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.56 
 
 
557 aa  531  1e-149  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109405  hitchhiker  0.000240143 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1672  AMP-dependent synthetase and ligase  48.2 
 
 
601 aa  530  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.455088 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3950  AMP-dependent synthetase and ligase  47.83 
 
 
559 aa  529  1e-149  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0302713  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1314  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.69 
 
 
561 aa  529  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000394382  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1958  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.87 
 
 
561 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0509331  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1898  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.73 
 
 
557 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0400392  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1510  AMP-dependent synthetase and ligase  47.84 
 
 
584 aa  528  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.79948  hitchhiker  0.00072846 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1864  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.55 
 
 
557 aa  529  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00374532  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1498  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.87 
 
 
561 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0422042  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1625  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.99 
 
 
557 aa  531  1e-149  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000265085  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1054  AMP-dependent synthetase and ligase  47.84 
 
 
584 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.63665  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3299  AMP-dependent synthetase and ligase  47.83 
 
 
559 aa  528  1e-149  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2018  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.87 
 
 
561 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.456222  normal  0.253755 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2428  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.73 
 
 
557 aa  531  1e-149  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0268357  normal  0.181613 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1416  AMP-dependent synthetase and ligase  47.84 
 
 
584 aa  530  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.498039  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1534  AMP-dependent synthetase and ligase  47.84 
 
 
584 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1961  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.87 
 
 
561 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0286809  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1472  hypothetical protein  44.95 
 
 
569 aa  525  1e-148  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  49.48 
 
 
561 aa  526  1e-148  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3797  AMP-dependent synthetase and ligase  48.26 
 
 
566 aa  526  1e-148  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.589487 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2551  AMP-dependent synthetase and ligase  48.7 
 
 
559 aa  523  1e-147  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.083055  normal  0.0774583 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1511  hypothetical protein  45.01 
 
 
569 aa  524  1e-147  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2448  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.41 
 
 
555 aa  525  1e-147  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000160034  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1733  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.76 
 
 
557 aa  523  1e-147  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.667013  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>