More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0995 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_5076  AMP-dependent synthetase and ligase  80.87 
 
 		 459 aa  754    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.273302  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0995  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 460 aa  917    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.537701  normal  0.314251 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1098  AMP-dependent synthetase and ligase  85.87 
 
 		 460 aa  788    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6726  AMP-dependent synthetase and ligase  58.37 
 
 		 473 aa  477  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.149024  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6525  AMP-dependent synthetase and ligase  57.68 
 
 		 487 aa  474  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5054  AMP-dependent synthetase and ligase  51.09 
 
 		 453 aa  405  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.606706 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4593  AMP-dependent synthetase and ligase  50.33 
 
 		 453 aa  395  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.158973 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0576  AMP-dependent synthetase and ligase  42.33 
 
 		 441 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3072  hypothetical protein  37.54 
 
 		 448 aa  209  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1373  AMP-dependent synthetase and ligase  33.24 
 
 		 383 aa  174  1.9999999999999998e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.826102 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3107  Acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II-like protein  32.38 
 
 		 379 aa  169  1e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1323  acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II-like protein  34.89 
 
 		 380 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3063  AMP-dependent synthetase and ligase  30.96 
 
 		 446 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.214783  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3967  AMP-dependent synthetase and ligase  26.89 
 
 		 447 aa  114  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.923272  normal  0.0394514 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1127  AMP-dependent synthetase and ligase  27.49 
 
 		 447 aa  113  8.000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3791  AMP-dependent synthetase and ligase  30.65 
 
 		 446 aa  109  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.712407  normal  0.636512 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0813  AMP-dependent synthetase and ligase  25.23 
 
 		 449 aa  108  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1426  AMP-dependent synthetase and ligase  25.5 
 
 		 449 aa  107  4e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.745476  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3895  hypothetical protein  28.96 
 
 		 446 aa  99  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.859841 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0993  AMP-dependent synthetase and ligase  26.44 
 
 		 551 aa  95.9  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.058663  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0494  AMP-dependent synthetase and ligase  28.85 
 
 		 552 aa  95.5  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4047  AMP-dependent synthetase and ligase  25.9 
 
 		 447 aa  94.7  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0495  putative methyltransferase  30.08 
 
 		 798 aa  90.9  4e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.722631  normal  0.300307 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0551  AMP-dependent synthetase and ligase  25.88 
 
 		 554 aa  89.4  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0114354  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2172  AMP-binding protein  26.21 
 
 		 559 aa  88.2  3e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.69843 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4096  AMP-dependent synthetase and ligase  27.47 
 
 		 508 aa  87  6e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0377217  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  27.7 
 
 		 583 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0608  AMP-dependent synthetase and ligase  27.41 
 
 		 534 aa  85.9  0.000000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00970947  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  28.74 
 
 		 512 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1249  AMP-dependent synthetase and ligase  28.53 
 
 		 530 aa  85.1  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1242  acetyl-CoA synthetase  27.14 
 
 		 557 aa  84.7  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0520  AMP-dependent synthetase and ligase  24.2 
 
 		 559 aa  84.3  0.000000000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  30.03 
 
 		 565 aa  84.3  0.000000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29237  predicted protein  29.65 
 
 		 356 aa  84.3  0.000000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0182094  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2172  acetyl-CoA synthetase, putative  26.05 
 
 		 531 aa  84  0.000000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  25.4 
 
 		 520 aa  84  0.000000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0592  AMP-dependent synthetase and ligase  25.31 
 
 		 555 aa  83.6  0.000000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.132883 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3873  amino acid adenylation domain protein  29.61 
 
 		 5698 aa  84  0.000000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.166545 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0415  AMP-dependent synthetase and ligase  29.62 
 
 		 515 aa  82.4  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.866195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2020  AMP-dependent synthetase and ligase  25.14 
 
 		 523 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.256098 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3252  AMP-dependent synthetase and ligase  29.56 
 
 		 474 aa  82.8  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5284  AMP-dependent synthetase and ligase  28 
 
 		 503 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0155  AMP-dependent synthetase and ligase  27.07 
 
 		 627 aa  82.4  0.00000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2702  AMP-dependent synthetase and ligase  30.27 
 
 		 521 aa  81.3  0.00000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0520634  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3469  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.67 
 
 		 559 aa  81.3  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33280  peptide synthase  29.69 
 
 		 4342 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.46218 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1256  hypothetical protein  27.27 
 
 		 563 aa  81.3  0.00000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.956309  normal  0.567013 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1742  AMP-dependent synthetase and ligase  28.33 
 
 		 497 aa  81.3  0.00000000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.441923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2631  AMP-dependent synthetase and ligase  25.95 
 
 		 539 aa  80.9  0.00000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5079  AMP-dependent synthetase and ligase  28.74 
 
 		 511 aa  81.3  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.11462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2685  AMP-dependent synthetase and ligase  25.95 
 
 		 539 aa  80.9  0.00000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1874  amino acid adenylation domain-containing protein  27.15 
 
 		 1553 aa  80.9  0.00000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  26.67 
 
 		 506 aa  80.5  0.00000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1399  AMP-dependent synthetase and ligase  23.52 
 
 		 559 aa  80.9  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.561071  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3299  feruloyl-CoA synthetase  28.37 
 
 		 564 aa  80.5  0.00000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3063  amino acid adenylation domain-containing protein  26.16 
 
 		 5620 aa  80.5  0.00000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.384616 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1956  non-ribosomal peptide synthetase, putative  25.82 
 
 		 2967 aa  80.1  0.00000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2317  AMP-binding protein  27.35 
 
 		 549 aa  79.7  0.00000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0975464  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3051  amino acid adenylation domain-containing protein  26.62 
 
 		 1457 aa  79.7  0.00000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.690626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1675  amino acid adenylation domain-containing protein  26.67 
 
 		 1129 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2967  feruloyl-CoA synthetase  27.93 
 
 		 515 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4030  feruloyl-CoA synthetase  27.93 
 
 		 515 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0163  long-chain fatty-acid-CoA ligase  27.93 
 
 		 515 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1574  feruloyl-CoA synthetase  27.93 
 
 		 515 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2048  AMP-dependent synthetase and ligase  27.01 
 
 		 516 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2635  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.65 
 
 		 566 aa  79.7  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000204928  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2287  AMP-dependent synthetase and ligase  27.59 
 
 		 517 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3028  feruloyl-CoA synthetase  27.93 
 
 		 515 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3956  feruloyl-CoA synthetase  27.93 
 
 		 515 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3343  feruloyl-CoA synthetase  27.93 
 
 		 515 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2283  AMP-dependent synthetase and ligase  25.63 
 
 		 513 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 		 577 aa  78.6  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2677  AMP-dependent synthetase and ligase  36.29 
 
 		 544 aa  78.6  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4763  putative acetyl-CoA synthetase  27.4 
 
 		 528 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0317  AMP-dependent synthetase and ligase  25.57 
 
 		 559 aa  78.2  0.0000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3917  AMP-dependent synthetase and ligase  27.09 
 
 		 521 aa  78.2  0.0000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.287192  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0823  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.73 
 
 		 571 aa  78.2  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0594953  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4219  O-succinylbenzoate-CoA ligase  31.27 
 
 		 491 aa  78.2  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.121755 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  26.25 
 
 		 508 aa  77.8  0.0000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0837  AMP-dependent synthetase and ligase  27.3 
 
 		 562 aa  77.8  0.0000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0324  putative AMP-dependent synthetase and ligase  28.25 
 
 		 581 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.235527 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0109  AMP-dependent synthetase and ligase  25.9 
 
 		 546 aa  77.4  0.0000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.822792  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  28.29 
 
 		 548 aa  77.8  0.0000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  37.7 
 
 		 549 aa  77.8  0.0000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0279  O-succinylbenzoate-CoA ligase  25.23 
 
 		 515 aa  77.8  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.384875  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4838  Beta-ketoacyl synthase  27.5 
 
 		 4930 aa  77.4  0.0000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.15888 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4072  amino acid adenylation domain protein  28.25 
 
 		 3230 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.753138 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  26.32 
 
 		 544 aa  77.4  0.0000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4545  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.3 
 
 		 564 aa  77  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.18473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.12 
 
 		 514 aa  77.4  0.0000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.4 
 
 		 572 aa  77  0.0000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3111  AMP-dependent synthetase and ligase  26.8 
 
 		 418 aa  76.6  0.0000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0188419 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0003  AMP-dependent synthetase and ligase  26.13 
 
 		 557 aa  77  0.0000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0974739 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  26.12 
 
 		 567 aa  76.6  0.0000000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  29.64 
 
 		 510 aa  76.6  0.0000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0406  AMP-dependent synthetase and ligase  26.74 
 
 		 564 aa  76.6  0.0000000000009  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3345  non-ribosomal peptide synthetase  29.13 
 
 		 1059 aa  76.6  0.0000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0251 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  23.8 
 
 		 518 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4896  acetyl-CoA synthetase  26.63 
 
 		 522 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.154512  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2785  AMP-dependent synthetase and ligase  27.17 
 
 		 534 aa  75.9  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634484  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>