More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1098 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_5076  AMP-dependent synthetase and ligase  78.04 
 
 
459 aa  724    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.273302  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0995  AMP-dependent synthetase and ligase  85.87 
 
 
460 aa  810    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.537701  normal  0.314251 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1098  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
460 aa  919    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6726  AMP-dependent synthetase and ligase  57.08 
 
 
473 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.149024  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6525  AMP-dependent synthetase and ligase  56.14 
 
 
487 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5054  AMP-dependent synthetase and ligase  52.28 
 
 
453 aa  394  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.606706 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4593  AMP-dependent synthetase and ligase  52.28 
 
 
453 aa  389  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.158973 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0576  AMP-dependent synthetase and ligase  38.13 
 
 
441 aa  212  1e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3072  hypothetical protein  37.13 
 
 
448 aa  209  6e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1373  AMP-dependent synthetase and ligase  34.32 
 
 
383 aa  177  3e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.826102 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1323  acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II-like protein  35.51 
 
 
380 aa  164  3e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3107  Acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II-like protein  33.44 
 
 
379 aa  162  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3063  AMP-dependent synthetase and ligase  32.51 
 
 
446 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.214783  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3791  AMP-dependent synthetase and ligase  31.94 
 
 
446 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.712407  normal  0.636512 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1127  AMP-dependent synthetase and ligase  28.35 
 
 
447 aa  117  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3967  AMP-dependent synthetase and ligase  27.74 
 
 
447 aa  115  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.923272  normal  0.0394514 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0813  AMP-dependent synthetase and ligase  26.77 
 
 
449 aa  113  6e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1426  AMP-dependent synthetase and ligase  25.45 
 
 
449 aa  107  3e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.745476  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4047  AMP-dependent synthetase and ligase  27.66 
 
 
447 aa  100  6e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1249  AMP-dependent synthetase and ligase  29.51 
 
 
530 aa  98.2  3e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3895  hypothetical protein  29.75 
 
 
446 aa  97.4  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.859841 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4096  AMP-dependent synthetase and ligase  28.84 
 
 
508 aa  97.1  7e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0377217  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0494  AMP-dependent synthetase and ligase  26.89 
 
 
552 aa  92  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  25.26 
 
 
520 aa  91.3  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  28.37 
 
 
583 aa  90.5  5e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5284  AMP-dependent synthetase and ligase  29.57 
 
 
503 aa  90.5  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1159  O-succinylbenzoate-CoA ligase  29.78 
 
 
486 aa  89.7  9e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498459  hitchhiker  0.000208098 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  27.43 
 
 
512 aa  89.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120575  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3197  Acyl transferase  28.65 
 
 
4575 aa  89  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0155  AMP-dependent synthetase and ligase  27.84 
 
 
627 aa  88.2  3e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0551  AMP-dependent synthetase and ligase  27.09 
 
 
554 aa  87.8  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0114354  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2172  AMP-binding protein  26.57 
 
 
559 aa  87.4  5e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.69843 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0495  putative methyltransferase  28.97 
 
 
798 aa  87  6e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.722631  normal  0.300307 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29237  predicted protein  30.52 
 
 
356 aa  87  6e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0182094  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.07 
 
 
514 aa  87  6e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0324  putative AMP-dependent synthetase and ligase  28.2 
 
 
581 aa  87  7e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.235527 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2317  AMP-binding protein  26.45 
 
 
549 aa  86.7  9e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0975464  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1742  AMP-dependent synthetase and ligase  28.85 
 
 
497 aa  86.3  0.000000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.441923  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3469  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.82 
 
 
559 aa  85.9  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3252  AMP-dependent synthetase and ligase  24.93 
 
 
474 aa  86.3  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1874  amino acid adenylation domain-containing protein  27.01 
 
 
1553 aa  85.1  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0520  AMP-dependent synthetase and ligase  27.14 
 
 
559 aa  84.7  0.000000000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0608  AMP-dependent synthetase and ligase  27.33 
 
 
534 aa  84.3  0.000000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00970947  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  28.85 
 
 
548 aa  84.3  0.000000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33280  peptide synthase  29.49 
 
 
4342 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.46218 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0317  AMP-dependent synthetase and ligase  26.15 
 
 
559 aa  84  0.000000000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  27.45 
 
 
578 aa  84  0.000000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0592  AMP-dependent synthetase and ligase  25.79 
 
 
555 aa  84  0.000000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.132883 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3873  amino acid adenylation domain protein  28.88 
 
 
5698 aa  84  0.000000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.166545 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2685  AMP-dependent synthetase and ligase  26.63 
 
 
539 aa  83.6  0.000000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2631  AMP-dependent synthetase and ligase  26.63 
 
 
539 aa  83.6  0.000000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  26.8 
 
 
506 aa  83.6  0.000000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1256  hypothetical protein  26.54 
 
 
563 aa  83.2  0.000000000000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.956309  normal  0.567013 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  26.75 
 
 
544 aa  83.6  0.000000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1242  acetyl-CoA synthetase  27.91 
 
 
557 aa  83.2  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  25.8 
 
 
549 aa  82.4  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0993  AMP-dependent synthetase and ligase  26.18 
 
 
551 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.058663  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2172  acetyl-CoA synthetase, putative  26.55 
 
 
531 aa  82  0.00000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5079  AMP-dependent synthetase and ligase  28.45 
 
 
511 aa  81.6  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.11462  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3536  AMP-dependent synthetase and ligase  27.65 
 
 
530 aa  82.4  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2785  AMP-dependent synthetase and ligase  27.14 
 
 
534 aa  82.4  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634484  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1399  AMP-dependent synthetase and ligase  26.29 
 
 
559 aa  82  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.561071  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4309  amino acid adenylation domain protein  28.98 
 
 
2577 aa  81.6  0.00000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.867052 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3111  AMP-dependent synthetase and ligase  27.56 
 
 
418 aa  81.3  0.00000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0188419 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0109  AMP-dependent synthetase and ligase  26.3 
 
 
546 aa  80.9  0.00000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.822792  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0818  AMP-dependent synthetase and ligase  26.8 
 
 
549 aa  81.3  0.00000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2048  AMP-dependent synthetase and ligase  26.24 
 
 
516 aa  81.3  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2699  AMP-binding enzyme, putative long chain fatty acid Co-A ligase, acetyl-CoA synthetase  26.99 
 
 
514 aa  80.5  0.00000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2396  AMP-dependent synthetase and ligase  26.22 
 
 
552 aa  80.5  0.00000000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2677  AMP-dependent synthetase and ligase  29.19 
 
 
544 aa  80.5  0.00000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0823  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.43 
 
 
571 aa  80.5  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0594953  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1835  AMP-dependent synthetase and ligase  27.04 
 
 
571 aa  80.5  0.00000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0537163 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4763  putative acetyl-CoA synthetase  27.38 
 
 
528 aa  80.1  0.00000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3555  AMP-dependent synthetase and ligase  28.77 
 
 
561 aa  80.1  0.00000000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.779432  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2635  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.96 
 
 
566 aa  80.1  0.00000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000204928  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  30.64 
 
 
516 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5720  AMP-dependent synthetase and ligase  29.93 
 
 
490 aa  79.7  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.788062  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4781  acetyl-CoA synthetase, putative  28.24 
 
 
522 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  26.22 
 
 
577 aa  79.3  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2905  AMP-dependent synthetase and ligase  27.65 
 
 
502 aa  79.7  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.587257 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4219  O-succinylbenzoate-CoA ligase  30.97 
 
 
491 aa  79.3  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.121755 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1025  AMP-dependent synthetase and ligase  26.99 
 
 
528 aa  79.7  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3299  feruloyl-CoA synthetase  27.65 
 
 
564 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  28.29 
 
 
510 aa  79.7  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.371172  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  26.61 
 
 
567 aa  79  0.0000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4838  Beta-ketoacyl synthase  27.27 
 
 
4930 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.15888 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  27.41 
 
 
495 aa  79  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3397  putative acyl-CoA synthetase  28.28 
 
 
487 aa  79  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000328884 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  27.59 
 
 
512 aa  78.6  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4030  feruloyl-CoA synthetase  26.96 
 
 
515 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4379  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  27.09 
 
 
528 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3028  feruloyl-CoA synthetase  26.96 
 
 
515 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2967  feruloyl-CoA synthetase  26.96 
 
 
515 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0415  AMP-dependent synthetase and ligase  28.18 
 
 
515 aa  78.2  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.866195  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0844  hypothetical protein  27.7 
 
 
586 aa  78.2  0.0000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.765159  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5819  AMP-dependent synthetase and ligase  30.54 
 
 
507 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.28201  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3956  feruloyl-CoA synthetase  26.96 
 
 
515 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2879  AMP-dependent synthetase and ligase  24.93 
 
 
862 aa  78.2  0.0000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2283  AMP-dependent synthetase and ligase  23.74 
 
 
513 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3343  feruloyl-CoA synthetase  26.96 
 
 
515 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>