More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3798 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 510 aa  1027    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.371172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3536  AMP-dependent synthetase and ligase  56 
 
 		 530 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1316  AMP-dependent synthetase and ligase  49.9 
 
 		 504 aa  454  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.376385  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3211  AMP-dependent synthetase and ligase  48.21 
 
 		 520 aa  448  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0751  AMP-dependent synthetase and ligase  48.78 
 
 		 520 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7294  AMP-dependent synthetase and ligase  47.28 
 
 		 498 aa  442  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555041  normal  0.661427 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5890  AMP-dependent synthetase and ligase  47.91 
 
 		 520 aa  437  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.188723 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0524  AMP-dependent synthetase and ligase  46.05 
 
 		 525 aa  437  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.319633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0144  AMP-dependent synthetase and ligase  47.61 
 
 		 504 aa  433  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.846465  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3802  AMP-dependent synthetase and ligase  48.13 
 
 		 545 aa  433  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0738  AMP-dependent synthetase and ligase  48.8 
 
 		 519 aa  434  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0670  AMP-binding domain-containing protein  46.71 
 
 		 521 aa  425  1e-118  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2505  AMP-binding domain-containing protein  46.71 
 
 		 521 aa  425  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0370  AMP-binding domain-containing protein  46.71 
 
 		 521 aa  425  1e-118  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0119  AMP-binding domain-containing protein  46.71 
 
 		 521 aa  425  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0916  AMP-binding protein  46.71 
 
 		 521 aa  425  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0991636  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0186  AMP-dependent synthetase and ligase  46.89 
 
 		 503 aa  426  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1068  AMP-binding domain-containing protein  46.71 
 
 		 731 aa  424  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0126  AMP-dependent synthetase and ligase  47.41 
 
 		 504 aa  422  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0912  AMP-binding protein  46.51 
 
 		 570 aa  424  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0727  AMP-binding domain-containing protein  47.2 
 
 		 520 aa  419  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  46.69 
 
 		 520 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5284  AMP-dependent synthetase and ligase  45.07 
 
 		 503 aa  404  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1947  AMP-dependent synthetase and ligase  46.6 
 
 		 520 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2582  AMP-dependent synthetase and ligase  46.8 
 
 		 520 aa  404  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2558  AMP-dependent synthetase and ligase  46.8 
 
 		 520 aa  404  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2477  AMP-dependent synthetase and ligase  45.29 
 
 		 520 aa  405  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0651033 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1894  putative AMP-binding protein  41.87 
 
 		 502 aa  383  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1585  AMP-dependent synthetase and ligase  40.36 
 
 		 520 aa  368  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.459173  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  34.84 
 
 		 506 aa  263  4e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.14 
 
 		 514 aa  258  1e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2283  AMP-dependent synthetase and ligase  32.03 
 
 		 513 aa  258  2e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  35.76 
 
 		 492 aa  258  2e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  31.8 
 
 		 527 aa  250  5e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  31.02 
 
 		 518 aa  249  7e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  33.66 
 
 		 515 aa  249  9e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  32.87 
 
 		 508 aa  248  2e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2905  AMP-dependent synthetase and ligase  34.48 
 
 		 502 aa  247  3e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.587257 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  31.57 
 
 		 490 aa  246  6e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  33.88 
 
 		 510 aa  246  8e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3969  AMP-dependent synthetase and ligase  32.49 
 
 		 500 aa  246  9e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.130763  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  33.85 
 
 		 518 aa  246  9.999999999999999e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.94 
 
 		 513 aa  244  1.9999999999999999e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3839  AMP-dependent synthetase and ligase  33.93 
 
 		 506 aa  244  1.9999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.223442  normal  0.234006 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  34.53 
 
 		 499 aa  243  6e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.64 
 
 		 512 aa  243  7e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  34.06 
 
 		 508 aa  242  1e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.64 
 
 		 510 aa  241  2e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  31.31 
 
 		 553 aa  241  2e-62  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.109867  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0315  AMP-dependent synthetase and ligase  30.84 
 
 		 510 aa  241  2e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22810  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  33.81 
 
 		 500 aa  241  2e-62  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.44 
 
 		 510 aa  241  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.64 
 
 		 510 aa  240  4e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.42 
 
 		 524 aa  240  5e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.05 
 
 		 510 aa  240  5.999999999999999e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.44 
 
 		 510 aa  239  6.999999999999999e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.44 
 
 		 510 aa  239  1e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.44 
 
 		 510 aa  239  1e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.44 
 
 		 510 aa  239  1e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01070  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  32.69 
 
 		 516 aa  238  1e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.44 
 
 		 510 aa  238  2e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.44 
 
 		 510 aa  238  2e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  37.07 
 
 		 506 aa  238  2e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5079  AMP-dependent synthetase and ligase  32.3 
 
 		 511 aa  237  3e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.11462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  34.02 
 
 		 502 aa  237  3e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.597037  normal  0.34641 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1867  AMP-dependent synthetase and ligase  33 
 
 		 507 aa  237  4e-61  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2699  AMP-binding enzyme, putative long chain fatty acid Co-A ligase, acetyl-CoA synthetase  29.17 
 
 		 514 aa  234  2.0000000000000002e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  35.15 
 
 		 508 aa  235  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0286  AMP-dependent synthetase and ligase  34.14 
 
 		 511 aa  234  2.0000000000000002e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3506  AMP-dependent synthetase and ligase  35.09 
 
 		 505 aa  234  3e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0661851  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0136  AMP-dependent synthetase and ligase  30.08 
 
 		 520 aa  234  3e-60  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 525 aa  234  3e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  31.89 
 
 		 521 aa  234  3e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  32.94 
 
 		 517 aa  233  5e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 508 aa  233  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  32.66 
 
 		 561 aa  232  1e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  33.46 
 
 		 503 aa  232  1e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  29.87 
 
 		 583 aa  231  2e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2675  AMP-dependent synthetase and ligase  33.26 
 
 		 501 aa  231  2e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.493637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.45 
 
 		 510 aa  231  3e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.45 
 
 		 519 aa  230  4e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0571  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  34.43 
 
 		 490 aa  230  5e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1998  putative acyl-CoA synthetase, long-chain fatty acid:CoA ligase  34.13 
 
 		 508 aa  229  8e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222529  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  33.13 
 
 		 499 aa  229  1e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4848  AMP-dependent synthetase and ligase  31.38 
 
 		 498 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7147  AMP-dependent synthetase and ligase  32.28 
 
 		 511 aa  228  3e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0152334 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  31.88 
 
 		 512 aa  227  4e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0321  AMP-dependent synthetase and ligase  31.85 
 
 		 503 aa  226  6e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.289675  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4585  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.46 
 
 		 482 aa  226  7e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0770  AMP-dependent synthetase and ligase  34.13 
 
 		 501 aa  226  7e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  33.98 
 
 		 507 aa  226  8e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0234  AMP-dependent synthetase and ligase  29.82 
 
 		 843 aa  226  9e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000591284  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  30.48 
 
 		 521 aa  226  9e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  32.58 
 
 		 520 aa  226  9e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0667  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  33.53 
 
 		 516 aa  225  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604577  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4810  AMP-dependent synthetase and ligase  36.77 
 
 		 528 aa  225  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3767  AMP-dependent synthetase and ligase  34.07 
 
 		 512 aa  226  1e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0143855  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.59 
 
 		 525 aa  225  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  35.14 
 
 		 544 aa  226  1e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4900  AMP-dependent synthetase and ligase  36.17 
 
 		 527 aa  225  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309388  normal  0.552445 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>