178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA0793 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA0793  RNA-binding protein  100 
 
 
141 aa  287  3e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.0000147638  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2610  RNA-binding protein, RNP-1  59.46 
 
 
91 aa  93.6  7e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000133872  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  41.98 
 
 
88 aa  64.3  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  42.47 
 
 
85 aa  63.9  0.0000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  42.5 
 
 
89 aa  62.4  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2340  RNA-binding protein  39.24 
 
 
152 aa  61.6  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000791168  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  45.07 
 
 
88 aa  61.2  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  43.18 
 
 
101 aa  61.2  0.000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  42.17 
 
 
87 aa  60.8  0.000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2883  putative RNA binding protein  33.72 
 
 
161 aa  60.5  0.000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000182039  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  40.85 
 
 
88 aa  60.1  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  39.44 
 
 
88 aa  59.3  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  42.25 
 
 
88 aa  59.3  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2498  RNA binding protein  37.8 
 
 
107 aa  58.5  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  44.44 
 
 
89 aa  58.5  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  38.89 
 
 
91 aa  58.2  0.00000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  36.49 
 
 
90 aa  57.8  0.00000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  36.47 
 
 
110 aa  57  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  36.49 
 
 
90 aa  56.2  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  37.04 
 
 
90 aa  56.2  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  37.5 
 
 
88 aa  56.6  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0341  RNP-1 like RNA-binding protein  39.78 
 
 
94 aa  55.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  38.2 
 
 
99 aa  55.8  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  43.24 
 
 
109 aa  55.8  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  39.78 
 
 
94 aa  55.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1552  RNP-1 like RNA-binding protein  37.08 
 
 
92 aa  55.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.863608 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1525  RNP-1 like RNA-binding protein  37.08 
 
 
92 aa  55.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0338  RNA-binding protein  38.03 
 
 
160 aa  55.5  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  41.89 
 
 
102 aa  55.5  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  40.54 
 
 
114 aa  55.1  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  36.36 
 
 
143 aa  54.7  0.0000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  36 
 
 
90 aa  54.7  0.0000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  38.03 
 
 
92 aa  54.3  0.0000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  44 
 
 
107 aa  54.3  0.0000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  41.25 
 
 
88 aa  54.3  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_90501  Polyadenylate-binding protein, cytoplasmic and nuclear (Poly(A)-binding protein) (PABP) (ARS consensus binding protein ACBP-67) (Polyadenylate tail-binding protein)  34.41 
 
 
632 aa  53.9  0.0000008  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.528167  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  33.78 
 
 
99 aa  53.5  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0614  RNP-1 like RNA-binding protein  41.98 
 
 
101 aa  52.4  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000129522  hitchhiker  0.00000043788 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0637  RNP-1 like RNA-binding protein  32.58 
 
 
160 aa  52.4  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_8270  predicted protein  36.9 
 
 
84 aa  52.8  0.000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  36.49 
 
 
90 aa  52  0.000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  32.43 
 
 
90 aa  52  0.000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  39.19 
 
 
97 aa  51.6  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  38.89 
 
 
146 aa  52  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  32.43 
 
 
95 aa  52  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000346845  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  36.62 
 
 
87 aa  52  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  37.84 
 
 
111 aa  51.2  0.000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1038  RNP-1 like RNA-binding protein  36 
 
 
98 aa  51.2  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  36.49 
 
 
83 aa  51.2  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86797  predicted protein  35.62 
 
 
838 aa  51.2  0.000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.128443 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  34.09 
 
 
90 aa  50.8  0.000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  31.08 
 
 
90 aa  50.8  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2194  RNP-1 like RNA-binding protein  37.33 
 
 
101 aa  50.8  0.000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  40.45 
 
 
89 aa  50.4  0.000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  41.1 
 
 
86 aa  50.1  0.000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  38.82 
 
 
94 aa  50.1  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  35.23 
 
 
90 aa  50.1  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1761  RNP-1 like RNA-binding protein  38.16 
 
 
96 aa  49.7  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000000106406  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_710  predicted protein  36.99 
 
 
874 aa  50.1  0.00001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.000103935  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  39.19 
 
 
99 aa  49.7  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4342  RNP-1 like RNA-binding protein  36.78 
 
 
92 aa  49.7  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.621123  hitchhiker  0.00155097 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  35.21 
 
 
82 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  40 
 
 
103 aa  49.3  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  40 
 
 
103 aa  48.9  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0124  RNP-1 like RNA-binding protein  37.5 
 
 
94 aa  49.3  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000000291811  decreased coverage  0.0000109119 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  41.33 
 
 
102 aa  49.3  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  38.82 
 
 
98 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  33.33 
 
 
82 aa  48.9  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  36.47 
 
 
99 aa  48.9  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4708  RNP-1 like RNA-binding protein  27.21 
 
 
156 aa  49.3  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000908664  normal  0.0456447 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1536  RNP-1 like RNA-binding protein  41.89 
 
 
104 aa  49.3  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.217942 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4336  RNP-1-like RNA-binding protein  27.21 
 
 
155 aa  49.7  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000106713  hitchhiker  0.0000013394 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  32.43 
 
 
108 aa  48.5  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0321  hypothetical protein  34.48 
 
 
91 aa  48.5  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  31.94 
 
 
87 aa  48.5  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0233  RNA-binding protein  30.3 
 
 
149 aa  48.5  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540695  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1603  RNP-1 like RNA-binding protein  36.59 
 
 
103 aa  48.5  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.799719 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  33.78 
 
 
89 aa  48.9  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00255  RNA binding protein  35.9 
 
 
226 aa  48.5  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND01910  conserved hypothetical protein  40.54 
 
 
253 aa  48.1  0.00004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  36.62 
 
 
89 aa  48.1  0.00004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000148151  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  37.84 
 
 
122 aa  47.8  0.00005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6779  RNP-1 like RNA-binding protein  37.5 
 
 
207 aa  47.8  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.882388 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  35.71 
 
 
115 aa  47.4  0.00006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  34.25 
 
 
104 aa  47.4  0.00006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4015  RNA-binding region RNP-1  34.67 
 
 
151 aa  47.4  0.00006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000301969  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  35.14 
 
 
90 aa  47.4  0.00006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.313784 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0802  RNP-1 like RNA-binding protein  40.54 
 
 
89 aa  47.4  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209156 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20740  predicted protein  35.62 
 
 
837 aa  47  0.00008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.478562  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  36.96 
 
 
95 aa  47  0.00008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  34.94 
 
 
85 aa  47  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  36.99 
 
 
95 aa  46.6  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3920  RNA-binding protein  38.16 
 
 
78 aa  46.6  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.256339  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2901  RNP-1 like RNA-binding protein  32.43 
 
 
102 aa  47  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0140  RNP-1-like RNA-binding protein  35.62 
 
 
152 aa  46.6  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0664394 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_3507  predicted protein  37.5 
 
 
330 aa  46.6  0.0001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.22649 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1615  RNP-1 like RNA-binding protein  37.5 
 
 
85 aa  46.6  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00287143  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  36.49 
 
 
114 aa  46.2  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2998  RNP-1 like RNA-binding protein  29.87 
 
 
100 aa  45.1  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.126069  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  32.43 
 
 
81 aa  45.4  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>