More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_1615 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_1615  RNP-1 like RNA-binding protein  100 
 
 
85 aa  171  5e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00287143  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  45.88 
 
 
176 aa  85.5  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  47.06 
 
 
123 aa  85.9  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  47.13 
 
 
89 aa  84.3  5e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  45.88 
 
 
122 aa  84.3  5e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  47.06 
 
 
88 aa  84.3  5e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  45.88 
 
 
121 aa  84  6e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  46.99 
 
 
87 aa  84  7e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  44.71 
 
 
88 aa  83.6  8e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4127  RNP-1 like RNA-binding protein  45.88 
 
 
121 aa  83.6  9e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  47.06 
 
 
124 aa  83.2  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  46.91 
 
 
122 aa  82.8  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0967  RNP-1 like RNA-binding protein  47.06 
 
 
221 aa  82.4  0.000000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.191765  normal  0.616153 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  43.53 
 
 
175 aa  82  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  42.35 
 
 
150 aa  81.6  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  42.35 
 
 
148 aa  81.6  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  42.35 
 
 
152 aa  81.3  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  42.35 
 
 
151 aa  80.5  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  42.35 
 
 
176 aa  80.1  0.000000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  42.35 
 
 
155 aa  79.7  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  42.35 
 
 
149 aa  80.1  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  42.35 
 
 
181 aa  79.7  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  41.18 
 
 
132 aa  80.1  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  43.53 
 
 
140 aa  79.3  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  45.88 
 
 
87 aa  79  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  40 
 
 
134 aa  79.3  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  41.18 
 
 
162 aa  77.8  0.00000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  43.37 
 
 
95 aa  77.8  0.00000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1324  RNA-binding protein  43.37 
 
 
107 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  44.44 
 
 
104 aa  76.3  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  43.68 
 
 
86 aa  76.3  0.0000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  45.57 
 
 
83 aa  76.3  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1761  RNP-1 like RNA-binding protein  45.78 
 
 
96 aa  75.5  0.0000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000000106406  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  43.21 
 
 
116 aa  75.9  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  44.44 
 
 
157 aa  76.3  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  39.51 
 
 
90 aa  75.9  0.0000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  44.44 
 
 
101 aa  75.5  0.0000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  42.35 
 
 
90 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  46.84 
 
 
107 aa  75.5  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  48.05 
 
 
82 aa  75.1  0.0000000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  46.91 
 
 
101 aa  74.7  0.0000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  41.98 
 
 
102 aa  74.7  0.0000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  45.57 
 
 
143 aa  74.7  0.0000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  42.11 
 
 
90 aa  74.3  0.0000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1573  RNA recognition motif-containing protein  40.48 
 
 
112 aa  74.3  0.0000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  42.31 
 
 
114 aa  74.3  0.0000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0356  RNA recognition motif-containing protein  41.67 
 
 
103 aa  73.9  0.0000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0992503  normal  0.0823842 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  44.44 
 
 
146 aa  73.2  0.000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  42.35 
 
 
88 aa  72  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  43.68 
 
 
88 aa  72.8  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_10276  RNP domain protein (AFU_orthologue; AFUA_5G07120)  42.17 
 
 
138 aa  72.4  0.000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.012473  normal  0.330154 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  38.27 
 
 
90 aa  72  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1566  RNA recognition motif-containing protein  45.78 
 
 
184 aa  72.4  0.000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.306612  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2455  RNA recognition motif-containing protein  40.48 
 
 
105 aa  72.4  0.000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.644837 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  41.18 
 
 
88 aa  72  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_45495  predicted protein  40.96 
 
 
155 aa  71.6  0.000000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.561334  normal  0.923833 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  37.65 
 
 
137 aa  72  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  40 
 
 
102 aa  72  0.000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  40.74 
 
 
110 aa  72  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  40 
 
 
102 aa  72  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  40.74 
 
 
97 aa  72  0.000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  41.03 
 
 
119 aa  71.6  0.000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  44.16 
 
 
99 aa  71.2  0.000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  45.45 
 
 
94 aa  70.9  0.000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  41.98 
 
 
115 aa  70.5  0.000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  38.96 
 
 
90 aa  70.5  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.313784 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  44.44 
 
 
95 aa  70.5  0.000000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  41.25 
 
 
92 aa  70.5  0.000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  43.59 
 
 
114 aa  70.5  0.000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6779  RNP-1 like RNA-binding protein  39.51 
 
 
207 aa  70.5  0.000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.882388 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  41.98 
 
 
109 aa  70.5  0.000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  40.48 
 
 
88 aa  70.1  0.000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 
90 aa  69.7  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  40.24 
 
 
85 aa  69.7  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  39.51 
 
 
91 aa  70.1  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1404  RNA-binding region RNP-1  41.56 
 
 
95 aa  70.1  0.00000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.187524  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1645  RNA recognition motif-containing protein  42.86 
 
 
95 aa  69.7  0.00000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  44.44 
 
 
89 aa  70.1  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  39.02 
 
 
99 aa  69.7  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  37.66 
 
 
95 aa  68.9  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000346845  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  36.59 
 
 
90 aa  68.9  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  37.65 
 
 
87 aa  68.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0338  RNA-binding protein  44.87 
 
 
160 aa  68.6  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  40.74 
 
 
96 aa  68.2  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.239557 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  40.51 
 
 
81 aa  68.2  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  39.24 
 
 
89 aa  67.8  0.00000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  43.21 
 
 
89 aa  67.4  0.00000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000148151  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  38.37 
 
 
97 aa  67.4  0.00000000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2340  RNA-binding protein  42.68 
 
 
152 aa  67  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000791168  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  40.26 
 
 
111 aa  67  0.00000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  37.66 
 
 
104 aa  66.6  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0944  RNP-1 like RNA-binding protein  46.34 
 
 
117 aa  66.6  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  35.8 
 
 
108 aa  66.2  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  35.14 
 
 
90 aa  66.6  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  39.51 
 
 
103 aa  66.6  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  37.8 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09671  RNA-binding protein RbpD  40.26 
 
 
104 aa  66.6  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1256  RNP-1 like RNA-binding protein  46.34 
 
 
86 aa  65.9  0.0000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.737942  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  36.59 
 
 
89 aa  65.5  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0352  RNP-1 like RNA-binding protein  37.65 
 
 
109 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0296626  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>