285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_0352 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010814  Glov_0352  RNP-1 like RNA-binding protein  100 
 
 
109 aa  227  3e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0296626  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1324  RNA-binding protein  77.27 
 
 
107 aa  146  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2631  RNA-binding region RNP-1  70.37 
 
 
134 aa  124  4.0000000000000003e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000024713  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1253  RNP-1 like RNA-binding protein  60.92 
 
 
134 aa  115  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000895095  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4045  RNP-1 like RNA-binding protein  55.34 
 
 
196 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.847138 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2882  RNP-1 like RNA-binding protein  53.21 
 
 
108 aa  111  3e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.145545  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3960  RNP-1 like RNA-binding protein  61.73 
 
 
195 aa  108  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000285938  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2498  RNA binding protein  46.85 
 
 
107 aa  97.8  4e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  49.4 
 
 
146 aa  87  8e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  48.72 
 
 
114 aa  77  0.00000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  43.53 
 
 
148 aa  76.6  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  43.59 
 
 
114 aa  75.5  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  42.05 
 
 
116 aa  75.1  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  42.35 
 
 
150 aa  74.7  0.0000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  44.44 
 
 
90 aa  74.7  0.0000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  43.9 
 
 
86 aa  74.3  0.0000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  41.84 
 
 
102 aa  73.9  0.0000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  41.18 
 
 
149 aa  73.2  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  38.78 
 
 
101 aa  72.8  0.000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  41.98 
 
 
90 aa  72.8  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  45.12 
 
 
88 aa  73.2  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  41.18 
 
 
155 aa  72.8  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  45.21 
 
 
90 aa  72.4  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  43.68 
 
 
89 aa  72  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  40.96 
 
 
162 aa  72.4  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  42.86 
 
 
99 aa  72.4  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  39.08 
 
 
90 aa  72.4  0.000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  41.11 
 
 
105 aa  72.8  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  45.21 
 
 
90 aa  72.4  0.000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  41.77 
 
 
143 aa  72  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  36.54 
 
 
102 aa  71.6  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  43.59 
 
 
90 aa  72  0.000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  40.26 
 
 
90 aa  72  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  38.82 
 
 
134 aa  71.6  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  36.54 
 
 
102 aa  71.6  0.000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  41.46 
 
 
88 aa  71.2  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  40 
 
 
132 aa  70.9  0.000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1525  RNP-1 like RNA-binding protein  43.04 
 
 
92 aa  70.9  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1552  RNP-1 like RNA-binding protein  43.04 
 
 
92 aa  70.9  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.863608 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  39.51 
 
 
85 aa  70.1  0.000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  39.24 
 
 
89 aa  70.1  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  38.82 
 
 
152 aa  70.1  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  37.65 
 
 
151 aa  69.3  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  40.86 
 
 
97 aa  69.7  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  36.47 
 
 
137 aa  68.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  40.74 
 
 
95 aa  68.6  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  41.33 
 
 
95 aa  69.3  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000346845  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  38.82 
 
 
140 aa  68.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  40.91 
 
 
88 aa  69.3  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  37.65 
 
 
101 aa  68.6  0.00000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  39.76 
 
 
88 aa  68.6  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  41.98 
 
 
91 aa  68.6  0.00000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  39.29 
 
 
109 aa  68.6  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  41.11 
 
 
98 aa  68.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  37.5 
 
 
107 aa  68.2  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  41.11 
 
 
98 aa  68.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  38.55 
 
 
176 aa  68.2  0.00000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  37.65 
 
 
181 aa  68.2  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  41.33 
 
 
90 aa  68.2  0.00000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  37.35 
 
 
176 aa  67.8  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  37 
 
 
99 aa  67.8  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  43.04 
 
 
90 aa  67.4  0.00000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  40.74 
 
 
87 aa  67.4  0.00000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  44.3 
 
 
102 aa  67  0.00000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  42.86 
 
 
88 aa  67  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  39.24 
 
 
110 aa  66.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  41.03 
 
 
104 aa  66.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  41.77 
 
 
89 aa  66.2  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  39.51 
 
 
122 aa  66.2  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  37 
 
 
98 aa  66.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  36.14 
 
 
104 aa  66.6  0.0000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  37.8 
 
 
88 aa  66.2  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  39.51 
 
 
123 aa  65.5  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1038  RNP-1 like RNA-binding protein  43.04 
 
 
98 aa  65.9  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  40.91 
 
 
87 aa  65.9  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  41.77 
 
 
92 aa  66.2  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  38.64 
 
 
157 aa  65.9  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  39.24 
 
 
90 aa  65.9  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  41.77 
 
 
111 aa  65.1  0.0000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  40.51 
 
 
103 aa  65.1  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  43.04 
 
 
89 aa  65.1  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000148151  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  37.35 
 
 
82 aa  65.1  0.0000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  36.71 
 
 
122 aa  65.1  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  39.74 
 
 
82 aa  65.1  0.0000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1118  RNP-1 like RNA-binding protein  36.73 
 
 
101 aa  64.7  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.761285  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  37.35 
 
 
175 aa  64.7  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  38.55 
 
 
88 aa  64.7  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  38.55 
 
 
87 aa  64.7  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  38.96 
 
 
90 aa  63.9  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.313784 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  43.04 
 
 
83 aa  63.9  0.0000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  38.55 
 
 
115 aa  63.9  0.0000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6779  RNP-1 like RNA-binding protein  42.5 
 
 
207 aa  63.5  0.0000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.882388 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  41.1 
 
 
99 aa  63.5  0.0000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  37.04 
 
 
89 aa  63.5  0.0000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  38.55 
 
 
124 aa  63.2  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1761  RNP-1 like RNA-binding protein  37.35 
 
 
96 aa  62.8  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000000106406  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2980  RNP-1 like RNA-binding protein  34.69 
 
 
241 aa  62.8  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0728065  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0128  RNA-binding region RNP-1  39.24 
 
 
103 aa  61.6  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  36.67 
 
 
95 aa  61.6  0.000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  40 
 
 
81 aa  62  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>