287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Memar_1256 on replicon NC_009051
Organism: Methanoculleus marisnigri JR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009051  Memar_1256  RNP-1 like RNA-binding protein  100 
 
 
86 aa  175  2e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.737942  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2455  RNA recognition motif-containing protein  69.88 
 
 
105 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.644837 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0356  RNA recognition motif-containing protein  67.07 
 
 
103 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0992503  normal  0.0823842 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1573  RNA recognition motif-containing protein  62.2 
 
 
112 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1566  RNA recognition motif-containing protein  61.45 
 
 
184 aa  105  2e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.306612  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  52.5 
 
 
157 aa  82  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  51.19 
 
 
122 aa  82  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  51.19 
 
 
176 aa  80.9  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  51.19 
 
 
123 aa  80.1  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  48.15 
 
 
90 aa  79.3  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  51.81 
 
 
101 aa  79  0.00000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  48.81 
 
 
176 aa  79  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  45.45 
 
 
90 aa  78.2  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  45.24 
 
 
162 aa  77.4  0.00000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  48.84 
 
 
102 aa  77.8  0.00000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  48.84 
 
 
102 aa  77.8  0.00000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  48.81 
 
 
175 aa  77  0.00000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  47.62 
 
 
132 aa  77  0.00000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  46.91 
 
 
95 aa  76.6  0.00000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0338  RNA-binding protein  51.85 
 
 
160 aa  76.6  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
152 aa  76.6  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  50 
 
 
151 aa  76.6  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  47.5 
 
 
148 aa  76.3  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  50.63 
 
 
122 aa  75.5  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  47.62 
 
 
121 aa  75.5  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  46.43 
 
 
88 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  48.81 
 
 
124 aa  75.1  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  47.62 
 
 
149 aa  75.1  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  49.4 
 
 
85 aa  75.1  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  47.62 
 
 
155 aa  75.1  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  45.35 
 
 
89 aa  75.5  0.0000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4127  RNP-1 like RNA-binding protein  47.62 
 
 
121 aa  75.1  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  47.62 
 
 
140 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  47.62 
 
 
88 aa  75.5  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  45.24 
 
 
134 aa  74.7  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  48.75 
 
 
181 aa  74.7  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  47.56 
 
 
137 aa  74.3  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  46.25 
 
 
150 aa  74.3  0.0000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  45.33 
 
 
90 aa  73.9  0.0000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  47.95 
 
 
99 aa  73.9  0.0000000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  40.96 
 
 
108 aa  73.6  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  46.75 
 
 
119 aa  73.2  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0233  RNA-binding protein  53.95 
 
 
149 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540695  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  45.45 
 
 
82 aa  72  0.000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  47.5 
 
 
114 aa  72.8  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0195  RNA-binding protein  52.63 
 
 
151 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237988  normal  0.0118199 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  47.5 
 
 
146 aa  71.2  0.000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  52.63 
 
 
147 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000340315  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  45.68 
 
 
87 aa  71.2  0.000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  43.68 
 
 
90 aa  71.6  0.000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  43.75 
 
 
116 aa  71.6  0.000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  46.25 
 
 
91 aa  70.9  0.000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  46.75 
 
 
97 aa  70.9  0.000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_006692  CNG02940  glycine-rich RNA binding protein, putative  41.25 
 
 
182 aa  70.1  0.000000000009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4336  RNP-1-like RNA-binding protein  51.32 
 
 
155 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000106713  hitchhiker  0.0000013394 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  47.06 
 
 
88 aa  69.3  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4708  RNP-1 like RNA-binding protein  51.32 
 
 
156 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000908664  normal  0.0456447 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  44.16 
 
 
98 aa  68.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  44.16 
 
 
98 aa  68.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  46.15 
 
 
104 aa  68.9  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  43.9 
 
 
99 aa  68.6  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  48.35 
 
 
97 aa  69.3  0.00000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  41.56 
 
 
90 aa  69.3  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  45.45 
 
 
99 aa  69.3  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  46.75 
 
 
103 aa  69.3  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  45.45 
 
 
105 aa  68.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  42.35 
 
 
101 aa  68.2  0.00000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0182  RNP-1 like RNA-binding protein  51.32 
 
 
154 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000432928  hitchhiker  0.00837192 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0178  RNP-1 like RNA-binding protein  51.32 
 
 
154 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000203464  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4176  RNP-1 like RNA-binding protein  51.32 
 
 
154 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000433028  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4074  RNP-1 like RNA-binding protein  51.32 
 
 
154 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000591995  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  45.45 
 
 
102 aa  68.6  0.00000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  46.51 
 
 
86 aa  68.2  0.00000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  41.33 
 
 
90 aa  68.2  0.00000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3508  RNP-1 like RNA-binding protein  51.32 
 
 
153 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482673  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  44.44 
 
 
103 aa  67.8  0.00000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0140  RNP-1-like RNA-binding protein  50 
 
 
152 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0664394 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0208  RNA-binding protein  51.32 
 
 
154 aa  67  0.00000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0181  RNP-1-like RNA-binding protein  51.32 
 
 
154 aa  67  0.00000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000814275  normal  0.581259 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0180  RNP-1 like RNA-binding protein  51.32 
 
 
154 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000725181  normal  0.749946 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0175  RNP-1 like RNA-binding protein  51.32 
 
 
154 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000046912  hitchhiker  0.00946838 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  40.7 
 
 
87 aa  67  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  44.44 
 
 
90 aa  67  0.00000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  43.06 
 
 
90 aa  67  0.00000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  44.19 
 
 
89 aa  66.6  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  38.96 
 
 
104 aa  66.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND01910  conserved hypothetical protein  42.5 
 
 
253 aa  66.6  0.0000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  41.25 
 
 
115 aa  66.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  44.16 
 
 
111 aa  66.2  0.0000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0166  RNP-1 like RNA-binding protein  48.68 
 
 
151 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000221523  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  45.45 
 
 
88 aa  66.2  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  44.05 
 
 
88 aa  65.9  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  38.96 
 
 
90 aa  65.9  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  41.56 
 
 
90 aa  65.9  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  40.23 
 
 
114 aa  65.9  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0944  RNP-1 like RNA-binding protein  47.67 
 
 
117 aa  65.1  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  41.03 
 
 
107 aa  65.1  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  45.57 
 
 
92 aa  64.7  0.0000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0341  RNP-1 like RNA-binding protein  40.96 
 
 
94 aa  64.3  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  40.96 
 
 
94 aa  64.3  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>