More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0206 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
294 aa  571  1.0000000000000001e-162  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0399533 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.45 
 
 
298 aa  418  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1008  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.91 
 
 
294 aa  414  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.547475  hitchhiker  0.001025 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3536  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.88 
 
 
296 aa  413  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.279671  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3372  ABC transporter permease protein  77.32 
 
 
295 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.315041 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.31 
 
 
301 aa  380  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1359  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  69.31 
 
 
301 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.818924  normal  0.0399312 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.54 
 
 
294 aa  370  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.869934  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2891  ABC transporter permease  64.69 
 
 
300 aa  365  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.183278  normal  0.0672791 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.9 
 
 
295 aa  358  5e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.82 
 
 
298 aa  352  5.9999999999999994e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.226499  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5900  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.4 
 
 
298 aa  348  5e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.03 
 
 
297 aa  348  5e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111803  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.04 
 
 
273 aa  322  4e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.04 
 
 
273 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193296  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3335  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  61.19 
 
 
278 aa  310  2e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4061  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.84 
 
 
278 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.137832  normal  0.901224 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6275  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  58.19 
 
 
272 aa  303  2.0000000000000002e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.74 
 
 
278 aa  294  1e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.189736  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7131  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  49.83 
 
 
281 aa  261  8e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1907  ABC transporter permease  47.93 
 
 
296 aa  256  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5876  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  33.81 
 
 
281 aa  154  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.413281  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
283 aa  145  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3949  ornithine carbamoyltransferase  27.97 
 
 
287 aa  94.7  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.551991  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  30.11 
 
 
266 aa  93.6  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  29.06 
 
 
266 aa  92  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  29.53 
 
 
266 aa  91.3  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.57 
 
 
266 aa  89  9e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.57 
 
 
266 aa  89  9e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.25 
 
 
266 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  29.25 
 
 
266 aa  88.2  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  29.25 
 
 
266 aa  88.2  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  29.25 
 
 
266 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.25 
 
 
266 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  29.25 
 
 
266 aa  88.2  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  28.85 
 
 
269 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.747095  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.28 
 
 
263 aa  86.3  6e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  29.02 
 
 
264 aa  86.3  6e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.02 
 
 
264 aa  86.3  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1543  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  31.01 
 
 
275 aa  84.3  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.414706 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.71 
 
 
267 aa  84.3  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.77 
 
 
268 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.344703 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.12 
 
 
268 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1364  TonB-dependent receptor  29.55 
 
 
270 aa  83.6  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.36 
 
 
275 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  26.98 
 
 
293 aa  82.8  0.000000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0283  polyamine ABC-transporter, inner membrane subunit  28.12 
 
 
274 aa  82.4  0.000000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.463421  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.86 
 
 
273 aa  82.4  0.000000000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.181021  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1261  Ornithine carbamoyltransferase  28.15 
 
 
273 aa  82.4  0.000000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.97 
 
 
266 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.79 
 
 
284 aa  82  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.37 
 
 
282 aa  81.6  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.34 
 
 
261 aa  80.9  0.00000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.260601  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  28.46 
 
 
273 aa  80.1  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.12 
 
 
268 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326654  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.74 
 
 
587 aa  79.7  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1482  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.12 
 
 
268 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86825  normal  0.607638 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8156  ABC transporter  28.28 
 
 
264 aa  79.3  0.00000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1803  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.52 
 
 
257 aa  79  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.88 
 
 
268 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.466236 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1766  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.24 
 
 
286 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  26.74 
 
 
284 aa  79  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.7 
 
 
268 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.858414  normal  0.553019 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0016  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  27.7 
 
 
268 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1566  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  27.42 
 
 
281 aa  78.2  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  30.04 
 
 
256 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.76 
 
 
281 aa  78.6  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  30.04 
 
 
256 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  27.82 
 
 
281 aa  78.2  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  27.82 
 
 
281 aa  78.2  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  28.23 
 
 
260 aa  78.2  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.91 
 
 
269 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2398  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit  26.96 
 
 
266 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  27.35 
 
 
256 aa  77  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.07 
 
 
275 aa  77  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2866  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.85 
 
 
257 aa  77  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3619  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.31 
 
 
264 aa  77  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.646005 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.31 
 
 
269 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.458756  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.35 
 
 
268 aa  76.6  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.319859  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5840  ABC transporter membrane spanning protein (putrescine)  28.8 
 
 
265 aa  76.3  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1061  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.28 
 
 
266 aa  76.6  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.115095  normal  0.340586 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2037  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotC  26.69 
 
 
269 aa  76.3  0.0000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0823298  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6717  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  25.75 
 
 
280 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00799546  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  28.21 
 
 
271 aa  75.9  0.0000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48730  polyamine transport protein PotI  30.71 
 
 
289 aa  75.9  0.0000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.907578  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2817  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.82 
 
 
287 aa  75.5  0.0000000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2048  ABC transporter, permease protein  29.07 
 
 
264 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000240578 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2125  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.73 
 
 
268 aa  75.1  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.764612  normal  0.80619 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2284  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  28.23 
 
 
281 aa  75.5  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.408593  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3606  Ornithine carbamoyltransferase  27.34 
 
 
288 aa  75.5  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.129461 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.07 
 
 
292 aa  75.1  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.26536  normal  0.0890799 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1764  ornithine carbamoyltransferase  29.45 
 
 
273 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.45 
 
 
273 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.949038  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.45 
 
 
273 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.710361  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.2 
 
 
597 aa  75.1  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  27.31 
 
 
271 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.46 
 
 
269 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  28.46 
 
 
273 aa  74.7  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  26.45 
 
 
285 aa  73.9  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  28.52 
 
 
264 aa  73.9  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>