More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0351 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0351  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 367 aa  755    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1021  LacI family response repressor  51.52 
 
 		 371 aa  391  1e-107  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3275  transcriptional regulator, LacI family  31.49 
 
 		 333 aa  178  1e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.183529  hitchhiker  0.00604574 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06900  transcriptional regulator, LacI family  33.96 
 
 		 339 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0219  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 351 aa  167  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0371  transcriptional regulator, LacI family  32.74 
 
 		 339 aa  162  6e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.802173 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3042  transcriptional regulator, LacI family  31.11 
 
 		 359 aa  161  2e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6224  HTH-type transcriptional repressor PurR  32.12 
 
 		 348 aa  159  7e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.348111 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0400  transcriptional regulator, LacI family  30.89 
 
 		 346 aa  155  1e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2892  transcriptional regulator, LacI family  29.4 
 
 		 340 aa  154  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.207309  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1860  transcriptional regulator, LacI family  31.52 
 
 		 338 aa  154  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0495  transcriptional regulator, LacI family  31.45 
 
 		 335 aa  153  5e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.448967  normal  0.778992 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4705  transcriptional regulator, LacI family  31.19 
 
 		 359 aa  151  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.102612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4680  LacI family transcription regulator  30.23 
 
 		 336 aa  152  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0406203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0276  transcriptional regulator, LacI family  31.71 
 
 		 342 aa  151  2e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  32.19 
 
 		 328 aa  149  5e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0241  transcriptional regulator, LacI family  30.91 
 
 		 348 aa  147  3e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.268594  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4997  transcriptional regulator, LacI family  31.99 
 
 		 372 aa  143  6e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.385337 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0748  transcriptional regulator, LacI family  31.5 
 
 		 346 aa  142  7e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0494571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11590  transcriptional regulator  30.31 
 
 		 362 aa  142  7e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.042152 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2732  lac repressor  31.4 
 
 		 357 aa  139  7e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.02392  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4716  transcriptional regulator, LacI family  31.56 
 
 		 346 aa  139  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0379  LacI family transcription regulator  31.04 
 
 		 342 aa  137  2e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676966  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2577  transcriptional regulator, LacI family  29.55 
 
 		 346 aa  137  3.0000000000000003e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.215831  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29490  transcriptional regulator  29.08 
 
 		 340 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0007  transcriptional regulator, LacI family  30.7 
 
 		 337 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01060  transcriptional regulator  31.08 
 
 		 340 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0887305  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2947  regulatory protein LacI  29.2 
 
 		 359 aa  134  1.9999999999999998e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.407921  normal  0.301474 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  29.88 
 
 		 327 aa  133  3.9999999999999996e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1918  LacI family transcription regulator  28.83 
 
 		 368 aa  133  5e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.04786  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0008  transcriptional regulator, LacI family  30.32 
 
 		 337 aa  133  5e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0927  lac repressor  31.37 
 
 		 355 aa  133  6e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0196781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4084  HTH-type transcriptional repressor PurR  28.97 
 
 		 346 aa  132  6.999999999999999e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.932111  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06590  transcriptional regulator, LacI family  30.86 
 
 		 359 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.77 
 
 		 337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6720  transcriptional regulator, LacI family  30.57 
 
 		 374 aa  130  4.0000000000000003e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.396206  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00299  lac repressor  31.14 
 
 		 360 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000126874  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10002  Lactose operon repressor  31.14 
 
 		 360 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000792391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3261  transcriptional regulator, LacI family  31.14 
 
 		 363 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862656  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3280  lac repressor  31.14 
 
 		 363 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000820962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  28.57 
 
 		 339 aa  128  2.0000000000000002e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0369  lac repressor  30.7 
 
 		 363 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000375664  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00703  hypothetical protein  31.14 
 
 		 360 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000122917  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00303  hypothetical protein  31.14 
 
 		 360 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000170376  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0418  lac repressor  31.14 
 
 		 360 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000822114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0409  lac repressor  30.84 
 
 		 363 aa  127  3e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.9973e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3665  LacI family transcription regulator  27.72 
 
 		 343 aa  127  3e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1925  LacI family transcription regulator  27.67 
 
 		 358 aa  127  3e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.149363  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0100  transcriptional regulator, LacI family  29.65 
 
 		 348 aa  125  8.000000000000001e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0658146  normal  0.053402 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  29.97 
 
 		 341 aa  125  8.000000000000001e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0376  lac repressor  30.24 
 
 		 360 aa  125  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000396722  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1262  lac repressor  27.68 
 
 		 357 aa  124  4e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000349798  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.89 
 
 		 335 aa  123  5e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2238  transcriptional regulator, LacI family  29.82 
 
 		 340 aa  122  7e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  28.02 
 
 		 330 aa  122  9e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  27.98 
 
 		 334 aa  122  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1067  transcriptional regulator, LacI family  28.65 
 
 		 349 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0326258  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0916  transcriptional regulator, LacI family  33.03 
 
 		 345 aa  122  9.999999999999999e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.684035  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  30.06 
 
 		 368 aa  121  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  29.36 
 
 		 353 aa  121  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0922  lac repressor  29.64 
 
 		 357 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1769  lac repressor  29.12 
 
 		 358 aa  120  3e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.044739  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0976  lac repressor  29.64 
 
 		 357 aa  120  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3358  lac repressor  29.64 
 
 		 357 aa  120  3.9999999999999996e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04300  transcriptional regulator, LacI family  30.12 
 
 		 352 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1283  lac repressor  30.3 
 
 		 357 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3513  LacI family transcription regulator  29.91 
 
 		 338 aa  117  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.98216  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  30.06 
 
 		 336 aa  116  6e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0210  LacI family transcription regulator  26.61 
 
 		 353 aa  116  6.9999999999999995e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000188149  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0309  transcriptional regulator, LacI family  31.12 
 
 		 346 aa  115  7.999999999999999e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  29.74 
 
 		 336 aa  115  8.999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1559  alanine racemase  28.24 
 
 		 333 aa  115  1.0000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000066632  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2219  transcriptional regulator, LacI family  29.02 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000733875  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  28.37 
 
 		 331 aa  114  3e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1363  lac repressor  28.14 
 
 		 358 aa  113  5e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  27.03 
 
 		 332 aa  113  6e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0131  transcriptional regulator, LacI family  30.84 
 
 		 343 aa  113  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  27.03 
 
 		 332 aa  112  8.000000000000001e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  29.05 
 
 		 332 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  28.75 
 
 		 337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  28.53 
 
 		 333 aa  111  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  29.03 
 
 		 332 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.06 
 
 		 328 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  29.38 
 
 		 328 aa  110  5e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  27.08 
 
 		 361 aa  109  7.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  28.72 
 
 		 341 aa  109  7.000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5075  transcriptional regulator, LacI family  30.14 
 
 		 350 aa  109  7.000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3620  transcriptional regulator, LacI family  27.45 
 
 		 337 aa  109  8.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  28.81 
 
 		 328 aa  109  8.000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0629  LacI family transcription regulator  29.97 
 
 		 339 aa  109  9.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.409769  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1732  transcriptional regulator, LacI family  29.28 
 
 		 340 aa  108  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521835  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1104  periplasmic sugar binding transcriptional regulator  27.05 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.242225  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  28.34 
 
 		 355 aa  108  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3091  LacI family transcription regulator  28.7 
 
 		 328 aa  107  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.224445  normal  0.366148 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0907  LacI family transcription regulator  29.16 
 
 		 341 aa  108  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.99 
 
 		 336 aa  108  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0941  alanine racemase  28.57 
 
 		 328 aa  107  2e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00393533  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.53 
 
 		 333 aa  107  2e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5743  transcriptional regulator, LacI family  28.49 
 
 		 349 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1789  transcriptional regulator, LacI family  30.79 
 
 		 343 aa  107  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>