More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0376 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00299  lac repressor  98.89 
 
 		 360 aa  724    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000126874  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10002  Lactose operon repressor  98.89 
 
 		 360 aa  724    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000792391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3261  transcriptional regulator, LacI family  98.61 
 
 		 363 aa  721    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862656  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3280  lac repressor  98.61 
 
 		 363 aa  721    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000820962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0369  lac repressor  98.33 
 
 		 363 aa  719    Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000375664  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0418  lac repressor  98.89 
 
 		 360 aa  723    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000822114  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0376  lac repressor  100 
 
 		 360 aa  732    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000396722  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00703  hypothetical protein  98.89 
 
 		 360 aa  724    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000122917  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00303  hypothetical protein  98.89 
 
 		 360 aa  724    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000170376  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0409  lac repressor  98.33 
 
 		 363 aa  721    Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.9973e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1363  lac repressor  53.24 
 
 		 358 aa  384  1e-106  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1769  lac repressor  52.96 
 
 		 358 aa  385  1e-106  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.044739  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2732  lac repressor  55.93 
 
 		 357 aa  380  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.02392  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0927  lac repressor  54.29 
 
 		 355 aa  364  1e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0196781  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1262  lac repressor  51.42 
 
 		 357 aa  332  7.000000000000001e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000349798  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3358  lac repressor  43.91 
 
 		 357 aa  289  6e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0976  lac repressor  43.91 
 
 		 357 aa  289  6e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1283  lac repressor  43.5 
 
 		 357 aa  289  6e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0922  lac repressor  43.63 
 
 		 357 aa  286  2.9999999999999996e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2013  lac repressor  36.97 
 
 		 356 aa  221  1.9999999999999999e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.735803 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0219  LacI family transcription regulator  38.51 
 
 		 351 aa  206  6e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0371  transcriptional regulator, LacI family  38.18 
 
 		 339 aa  202  6e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.802173 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1918  LacI family transcription regulator  36.97 
 
 		 368 aa  201  1.9999999999999998e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.04786  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3275  transcriptional regulator, LacI family  39.12 
 
 		 333 aa  201  1.9999999999999998e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.183529  hitchhiker  0.00604574 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4680  LacI family transcription regulator  36.34 
 
 		 336 aa  196  4.0000000000000005e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0406203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0495  transcriptional regulator, LacI family  36.04 
 
 		 335 aa  193  4e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.448967  normal  0.778992 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2892  transcriptional regulator, LacI family  35.93 
 
 		 340 aa  192  7e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.207309  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06590  transcriptional regulator, LacI family  35.76 
 
 		 359 aa  186  6e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2947  regulatory protein LacI  37.13 
 
 		 359 aa  186  8e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.407921  normal  0.301474 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  33.13 
 
 		 328 aa  182  8.000000000000001e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6224  HTH-type transcriptional repressor PurR  35.21 
 
 		 348 aa  181  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.348111 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3042  transcriptional regulator, LacI family  34.43 
 
 		 359 aa  181  2e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04300  transcriptional regulator, LacI family  38.02 
 
 		 352 aa  179  4.999999999999999e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06900  transcriptional regulator, LacI family  35.06 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0379  LacI family transcription regulator  36.45 
 
 		 342 aa  177  2e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676966  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2577  transcriptional regulator, LacI family  36.67 
 
 		 346 aa  176  6e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.215831  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1860  transcriptional regulator, LacI family  35.22 
 
 		 338 aa  176  7e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3665  LacI family transcription regulator  32.44 
 
 		 343 aa  172  6.999999999999999e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4084  HTH-type transcriptional repressor PurR  34.85 
 
 		 346 aa  172  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.932111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1925  LacI family transcription regulator  34.82 
 
 		 358 aa  171  2e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.149363  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4716  transcriptional regulator, LacI family  36.86 
 
 		 346 aa  169  5e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0100  transcriptional regulator, LacI family  36.15 
 
 		 348 aa  168  1e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0658146  normal  0.053402 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0241  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 348 aa  168  1e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.268594  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4705  transcriptional regulator, LacI family  34.97 
 
 		 359 aa  166  8e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.102612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11590  transcriptional regulator  32.54 
 
 		 362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.042152 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  32.48 
 
 		 336 aa  162  7e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4997  transcriptional regulator, LacI family  37.25 
 
 		 372 aa  161  2e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.385337 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.91 
 
 		 335 aa  161  2e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  32.35 
 
 		 347 aa  160  4e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29490  transcriptional regulator  34.42 
 
 		 340 aa  159  9e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 332 aa  158  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  33.43 
 
 		 338 aa  157  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  30.49 
 
 		 341 aa  157  3e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  32.63 
 
 		 343 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  32.63 
 
 		 343 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  32.63 
 
 		 343 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  31.91 
 
 		 340 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  32.43 
 
 		 346 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  32.27 
 
 		 335 aa  155  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4592  LacI family transcription regulator  33.57 
 
 		 327 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  30.91 
 
 		 368 aa  154  2e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  32.54 
 
 		 346 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  34.08 
 
 		 357 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0276  transcriptional regulator, LacI family  33.93 
 
 		 342 aa  154  2e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  32.34 
 
 		 338 aa  153  4e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 339 aa  153  4e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  32.33 
 
 		 343 aa  153  5e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  31.29 
 
 		 355 aa  153  5e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  30.63 
 
 		 337 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  33.13 
 
 		 337 aa  152  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  29.85 
 
 		 342 aa  151  1e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 332 aa  152  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  31.12 
 
 		 343 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  31.12 
 
 		 343 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0400  transcriptional regulator, LacI family  34.94 
 
 		 346 aa  151  1e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  33.23 
 
 		 330 aa  151  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  31.8 
 
 		 343 aa  151  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  33.23 
 
 		 330 aa  151  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  33.23 
 
 		 330 aa  151  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  33.23 
 
 		 330 aa  151  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  33.23 
 
 		 330 aa  151  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  31.02 
 
 		 331 aa  150  3e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  31.56 
 
 		 337 aa  150  3e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  30.12 
 
 		 340 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  33.23 
 
 		 330 aa  150  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  32.9 
 
 		 330 aa  150  4e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  32.19 
 
 		 353 aa  150  4e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  30.3 
 
 		 343 aa  150  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  30.82 
 
 		 333 aa  150  5e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  32.36 
 
 		 353 aa  150  5e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.33 
 
 		 336 aa  149  6e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  30.09 
 
 		 343 aa  149  8e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1096  LacI family transcription regulator  33.22 
 
 		 338 aa  149  8e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  32.04 
 
 		 333 aa  149  9e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  31.39 
 
 		 343 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  32.43 
 
 		 332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  31.39 
 
 		 343 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  32.43 
 
 		 332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  32.43 
 
 		 332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  31.39 
 
 		 343 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>