More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0976 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A3358  lac repressor  100 
 
 		 357 aa  731    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0976  lac repressor  100 
 
 		 357 aa  731    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0922  lac repressor  99.72 
 
 		 357 aa  729    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1283  lac repressor  85.96 
 
 		 357 aa  630  1e-179  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1769  lac repressor  48.17 
 
 		 358 aa  335  5e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.044739  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1363  lac repressor  47.89 
 
 		 358 aa  334  2e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1262  lac repressor  45.63 
 
 		 357 aa  307  2.0000000000000002e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000349798  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2732  lac repressor  45.07 
 
 		 357 aa  297  2e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.02392  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0376  lac repressor  43.91 
 
 		 360 aa  289  6e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000396722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0927  lac repressor  44.1 
 
 		 355 aa  289  7e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0196781  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00299  lac repressor  46.04 
 
 		 360 aa  286  4e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000126874  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10002  Lactose operon repressor  46.04 
 
 		 360 aa  286  4e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000792391  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00703  hypothetical protein  46.04 
 
 		 360 aa  286  4e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000122917  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00303  hypothetical protein  46.04 
 
 		 360 aa  286  4e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000170376  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3261  transcriptional regulator, LacI family  46.04 
 
 		 363 aa  286  5e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862656  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3280  lac repressor  46.04 
 
 		 363 aa  286  5e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000820962  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0418  lac repressor  46.04 
 
 		 360 aa  286  5e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000822114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0369  lac repressor  46.04 
 
 		 363 aa  286  5.999999999999999e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000375664  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0409  lac repressor  45.73 
 
 		 363 aa  285  8e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.9973e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2892  transcriptional regulator, LacI family  37.08 
 
 		 340 aa  214  1.9999999999999998e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.207309  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2013  lac repressor  38.3 
 
 		 356 aa  212  7e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.735803 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  33.95 
 
 		 328 aa  191  2e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3275  transcriptional regulator, LacI family  36.75 
 
 		 333 aa  189  5.999999999999999e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.183529  hitchhiker  0.00604574 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0241  transcriptional regulator, LacI family  32.93 
 
 		 348 aa  187  4e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.268594  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0219  LacI family transcription regulator  35.8 
 
 		 351 aa  185  9e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06900  transcriptional regulator, LacI family  35.78 
 
 		 339 aa  182  7e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1918  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 368 aa  178  1e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.04786  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1860  transcriptional regulator, LacI family  33.13 
 
 		 338 aa  177  2e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0371  transcriptional regulator, LacI family  35.12 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.802173 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1925  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 358 aa  174  2.9999999999999996e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.149363  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4680  LacI family transcription regulator  30.72 
 
 		 336 aa  170  4e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0406203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4997  transcriptional regulator, LacI family  33.83 
 
 		 372 aa  169  5e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.385337 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0379  LacI family transcription regulator  32.73 
 
 		 342 aa  169  5e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676966  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2577  transcriptional regulator, LacI family  33.84 
 
 		 346 aa  169  7e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.215831  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4084  HTH-type transcriptional repressor PurR  32.12 
 
 		 346 aa  169  8e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.932111  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0748  transcriptional regulator, LacI family  31.56 
 
 		 346 aa  168  1e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0494571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0495  transcriptional regulator, LacI family  31.93 
 
 		 335 aa  168  2e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.448967  normal  0.778992 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4716  transcriptional regulator, LacI family  34.43 
 
 		 346 aa  168  2e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4705  transcriptional regulator, LacI family  34.22 
 
 		 359 aa  167  2e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.102612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2947  regulatory protein LacI  32.83 
 
 		 359 aa  167  2.9999999999999998e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.407921  normal  0.301474 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6224  HTH-type transcriptional repressor PurR  30.23 
 
 		 348 aa  166  4e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.348111 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06590  transcriptional regulator, LacI family  32.19 
 
 		 359 aa  167  4e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3665  LacI family transcription regulator  31.78 
 
 		 343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04300  transcriptional regulator, LacI family  34.43 
 
 		 352 aa  160  4e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3042  transcriptional regulator, LacI family  31.56 
 
 		 359 aa  159  1e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11590  transcriptional regulator  28.49 
 
 		 362 aa  157  2e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.042152 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  31.23 
 
 		 340 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  31.23 
 
 		 340 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29490  transcriptional regulator  32.43 
 
 		 340 aa  151  2e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  32.42 
 
 		 329 aa  150  3e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.89 
 
 		 323 aa  150  3e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  30.28 
 
 		 323 aa  150  4e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  34.03 
 
 		 368 aa  149  5e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.55 
 
 		 337 aa  149  6e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  30.86 
 
 		 339 aa  149  7e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  30.09 
 
 		 340 aa  149  8e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.18 
 
 		 335 aa  149  8e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  30.77 
 
 		 337 aa  149  9e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  31.66 
 
 		 333 aa  149  1.0000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  33.73 
 
 		 334 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  29.97 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  30.7 
 
 		 334 aa  147  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  30.42 
 
 		 339 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.57 
 
 		 336 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0007  transcriptional regulator, LacI family  32.15 
 
 		 337 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  29.97 
 
 		 323 aa  146  5e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  29.97 
 
 		 323 aa  146  5e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  29.97 
 
 		 323 aa  146  5e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  29.36 
 
 		 323 aa  146  5e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  29.97 
 
 		 323 aa  146  6e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  29.97 
 
 		 323 aa  146  6e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  29.97 
 
 		 323 aa  146  6e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  30.5 
 
 		 340 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  29.52 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00410  transcriptional regulator, LacI family  31.27 
 
 		 337 aa  145  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  30.41 
 
 		 336 aa  145  1e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  31.66 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  31.1 
 
 		 331 aa  144  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  30.64 
 
 		 355 aa  144  2e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0276  transcriptional regulator, LacI family  30.67 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  28.27 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  30.24 
 
 		 386 aa  143  4e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  30.93 
 
 		 337 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  31.27 
 
 		 338 aa  142  7e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2830  transcriptional regulator, LacI family  31.88 
 
 		 344 aa  142  7e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1710  LacI family transcription regulator  31.71 
 
 		 344 aa  142  8e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0400  transcriptional regulator, LacI family  31.87 
 
 		 346 aa  142  9e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  29.25 
 
 		 338 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.61 
 
 		 333 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  30.9 
 
 		 333 aa  140  3e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.55 
 
 		 337 aa  140  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.849116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2456  LacI family transcription regulator  29.6 
 
 		 352 aa  140  3e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  32.94 
 
 		 349 aa  140  3.9999999999999997e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0817  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 342 aa  139  4.999999999999999e-32  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.533751  normal  0.134467 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0240  LacI family transcription regulator  30.7 
 
 		 328 aa  140  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3711  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  30.7 
 
 		 328 aa  140  4.999999999999999e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  29.97 
 
 		 328 aa  140  4.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0272  LacI family transcription regulator  31.94 
 
 		 365 aa  140  4.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.419733  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4592  LacI family transcription regulator  33 
 
 		 327 aa  140  4.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3952  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  30.7 
 
 		 328 aa  140  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>