63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_2748 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_2748  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 318 aa  647    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.652978  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1810  xylose isomerase domain-containing protein  63.25 
 
 		 287 aa  379  1e-104  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.753291 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4050  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  61.84 
 
 		 284 aa  358  6e-98  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00790933  normal  0.0910238 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2321  xylose isomerase domain-containing protein  53.18 
 
 		 320 aa  318  7e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1679  xylose isomerase domain-containing protein  50.84 
 
 		 300 aa  318  7e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.338989  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2772  xylose isomerase domain-containing protein  50.49 
 
 		 304 aa  316  3e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.549003  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  52.6 
 
 		 291 aa  316  4e-85  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1049  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  50.5 
 
 		 304 aa  311  6.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0943  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  52.08 
 
 		 291 aa  308  1.0000000000000001e-82  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0388  xylose isomerase domain-containing protein  51.9 
 
 		 290 aa  305  5.0000000000000004e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50120  myo-inositol catabolism protein IolH  50.18 
 
 		 285 aa  305  7e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3493  iolH protein  49.47 
 
 		 286 aa  291  1e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00667421  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3267  AP endonuclease  49.11 
 
 		 286 aa  291  1e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0826  xylose isomerase domain-containing protein  51.28 
 
 		 290 aa  290  3e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4571  xylose isomerase-like TIM barrel  49.16 
 
 		 303 aa  290  3e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.985344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1307  xylose isomerase domain-containing protein  48.83 
 
 		 304 aa  288  9e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1405  xylose isomerase domain-containing protein  48.83 
 
 		 303 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1346  xylose isomerase domain-containing protein  48.49 
 
 		 304 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1427  xylose isomerase domain-containing protein  48.16 
 
 		 303 aa  285  8e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.815598  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0945  xylose isomerase-like TIM barrel  48.16 
 
 		 303 aa  285  8e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.879537  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1888  xylose isomerase domain-containing protein  48.83 
 
 		 303 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1244  putative protein implicated IN myo-inositol catabolique pathway  46.82 
 
 		 303 aa  279  5e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.341536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2927  xylose isomerase domain-containing protein  46.23 
 
 		 307 aa  275  6e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0837933  normal  0.217068 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.81 
 
 		 299 aa  245  9e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4657  xylose isomerase domain-containing protein  40.4 
 
 		 294 aa  237  2e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.480222 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4718  protein IolH  39.06 
 
 		 294 aa  223  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.745442  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.32 
 
 		 276 aa  72.4  0.00000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  21.69 
 
 		 274 aa  66.2  0.0000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  24.26 
 
 		 287 aa  56.2  0.0000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2826  xylose isomerase-like TIM barrel  27.67 
 
 		 338 aa  52.8  0.000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.112108  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2880  xylose isomerase domain-containing protein  25.44 
 
 		 335 aa  52.4  0.000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1733  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.05 
 
 		 339 aa  52  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11110  sugar phosphate isomerase/epimerase  24.62 
 
 		 480 aa  52.4  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.479367  normal  0.230414 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2326  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.39 
 
 		 284 aa  51.2  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00147679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.05 
 
 		 262 aa  50.4  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  27.96 
 
 		 250 aa  50.4  0.00004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 258 aa  50.4  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.16 
 
 		 332 aa  50.1  0.00005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25 
 
 		 637 aa  50.1  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4327  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.85 
 
 		 337 aa  49.3  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.239694 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1362  Myo-inosose-2 dehydratase  25.97 
 
 		 294 aa  48.9  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8255  xylose isomerase domain-containing protein  25.17 
 
 		 335 aa  48.5  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.018151 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0393  xylose isomerase-like TIM barrel  30.36 
 
 		 333 aa  48.5  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0897336  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  25.1 
 
 		 270 aa  47.4  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11150  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.7 
 
 		 335 aa  47  0.0004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.750375  normal  0.0940368 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.69 
 
 		 258 aa  46.6  0.0006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  23.78 
 
 		 272 aa  44.7  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2881  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 332 aa  44.7  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.1 
 
 		 286 aa  44.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3907  Mannonate dehydratase  28.19 
 
 		 347 aa  44.7  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  decreased coverage  0.00606211  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3869  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.87 
 
 		 274 aa  44.3  0.003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0966717  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2506  Mannonate dehydratase  27.69 
 
 		 328 aa  43.9  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.636671  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4651  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  23.59 
 
 		 334 aa  43.9  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000654958 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0657  Myo-inosose-2 dehydratase  24.62 
 
 		 303 aa  43.9  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.700284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.55 
 
 		 289 aa  43.9  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.01 
 
 		 282 aa  43.5  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3700  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.06 
 
 		 299 aa  43.5  0.004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3352  Myo-inosose-2 dehydratase  23.38 
 
 		 296 aa  43.9  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0467219  normal  0.0568196 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.98 
 
 		 292 aa  43.9  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1902  xylose isomerase domain-containing protein  26.82 
 
 		 299 aa  43.5  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.62 
 
 		 282 aa  43.5  0.005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.91 
 
 		 627 aa  43.5  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2615  xylose isomerase domain-containing protein  24.52 
 
 		 332 aa  43.5  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>