199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3062 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3062  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 245 aa  500  1e-141  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.108862  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3933  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.75 
 
 		 241 aa  240  2e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0517801 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0340  carbon-nitrogen family hydrolase  51.25 
 
 		 241 aa  226  2e-58  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5111  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.38 
 
 		 241 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.5 
 
 		 245 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5643  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.3 
 
 		 249 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5347  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.71 
 
 		 250 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.097808 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0688  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.78 
 
 		 276 aa  138  7e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.89 
 
 		 287 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2562  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  38.26 
 
 		 285 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.32 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1348  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.32 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000484871 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2584  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39 
 
 		 311 aa  122  5e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.56 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.728096  normal  0.187827 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0264  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.46 
 
 		 314 aa  111  1.0000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.137403 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.71 
 
 		 193 aa  106  4e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.321616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2857  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.76 
 
 		 311 aa  104  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1039  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.33 
 
 		 310 aa  102  4e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.258885 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2469  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.76 
 
 		 283 aa  102  4e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0160508  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2517  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.76 
 
 		 283 aa  102  4e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0568689  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4749  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.54 
 
 		 322 aa  101  1e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.219423 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.75 
 
 		 320 aa  95.1  8e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.182495  normal  0.0317155 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7825  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.96 
 
 		 310 aa  94.4  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3158  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.02 
 
 		 302 aa  92.4  5e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.664422  normal  0.835377 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.96 
 
 		 311 aa  76.6  0.0000000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.5698  normal  0.0792135 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2527  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.29 
 
 		 303 aa  70.5  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0427  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.84 
 
 		 317 aa  67.4  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.205893  normal  0.491285 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4059  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.85 
 
 		 316 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.129791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5134  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.42 
 
 		 291 aa  65.5  0.0000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.451686  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.13 
 
 		 366 aa  58.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1895  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.37 
 
 		 311 aa  57  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2234  hopanoid-associated sugar epimerase  33.33 
 
 		 329 aa  56.6  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00968457  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0424  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.09 
 
 		 321 aa  55.8  0.0000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4813  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.1 
 
 		 321 aa  55.5  0.0000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.17 
 
 		 314 aa  54.7  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1506  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.08 
 
 		 364 aa  55.1  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185126  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0418  UDP-glucose 4-epimerase (NAD-dependent epimerase)  30.1 
 
 		 321 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.78 
 
 		 270 aa  53.9  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.61 
 
 		 334 aa  53.5  0.000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.1 
 
 		 321 aa  53.5  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0422  UDP-glucose 4-epimerase (NAD-dependent epimerase)  30.1 
 
 		 321 aa  53.5  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.1 
 
 		 321 aa  53.5  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0488  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.1 
 
 		 321 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0563  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.1 
 
 		 321 aa  53.1  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.1 
 
 		 321 aa  52.4  0.000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2977  short chain dehydrogenase  32.63 
 
 		 225 aa  51.2  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2840  short chain dehydrogenase  32.63 
 
 		 225 aa  50.4  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.703441  normal  0.858614 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  22.62 
 
 		 327 aa  50.8  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 		 358 aa  50.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0547255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6626  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.11 
 
 		 354 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.208307  normal  0.360352 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 		 277 aa  50.8  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126969 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2129  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 		 355 aa  50.1  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.461337 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5601  oxidoreductase domain protein  28.28 
 
 		 746 aa  50.4  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  33.71 
 
 		 273 aa  50.1  0.00003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4434  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.29 
 
 		 353 aa  50.4  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.324626 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.85 
 
 		 370 aa  50.1  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.249574  hitchhiker  0.0026302 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2943  short chain dehydrogenase  31.58 
 
 		 225 aa  49.7  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.885555 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2314  short chain dehydrogenase  31.58 
 
 		 225 aa  49.7  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2928  short chain dehydrogenase  31.58 
 
 		 225 aa  49.7  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0121  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.73 
 
 		 361 aa  50.1  0.00004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  26.75 
 
 		 327 aa  49.3  0.00006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05411  short chain dehydrogenase  30.86 
 
 		 238 aa  48.9  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0882215  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0177  short chain dehydrogenase  34.74 
 
 		 225 aa  48.9  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.08 
 
 		 353 aa  48.5  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2444  hopanoid-associated sugar epimerase  29.65 
 
 		 329 aa  48.5  0.00009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.08 
 
 		 353 aa  48.5  0.00009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.488542 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2585  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.4 
 
 		 333 aa  48.1  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.297924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3528  CDP-abequose synthase  25.81 
 
 		 319 aa  48.1  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0764  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.37 
 
 		 332 aa  47.8  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4146  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.12 
 
 		 317 aa  47.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0468277  hitchhiker  0.00205504 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  27.08 
 
 		 389 aa  47  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1703  CDP-abequose synthase  25.95 
 
 		 319 aa  46.6  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000035805 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1121  short chain dehydrogenase  36.59 
 
 		 256 aa  46.6  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0921359  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.39 
 
 		 351 aa  47  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.59438 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.33 
 
 		 253 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.413243 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3993  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.88 
 
 		 268 aa  47  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02116  NAD dependent epimerase/dehydratase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G00180)  32.47 
 
 		 316 aa  46.2  0.0004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.218731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4006  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 277 aa  46.2  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4317  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.51 
 
 		 276 aa  46.2  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191598  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0343  short chain dehydrogenase  44.23 
 
 		 225 aa  46.2  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3243  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.44 
 
 		 292 aa  46.2  0.0005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3775  short chain dehydrogenase  33.01 
 
 		 222 aa  46.2  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_58065  dihydroflavonol-4-reductases  27.56 
 
 		 335 aa  46.2  0.0005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3190  CDP-glucose 4,6-dehydratase  35.8 
 
 		 357 aa  46.2  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.170575  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3050  CDP-glucose 4,6-dehydratase  37.66 
 
 		 391 aa  46.2  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2604  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.73 
 
 		 324 aa  46.2  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1981  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 		 355 aa  46.2  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00019  carnitine acetyl transferase (AFU_orthologue; AFUA_2G12530)  25.3 
 
 		 417 aa  45.8  0.0006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.26 
 
 		 278 aa  45.8  0.0006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1609  UDP-glucose 4-epimerase  31.88 
 
 		 337 aa  45.8  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.647452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.73 
 
 		 295 aa  45.8  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.700387  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0687  dihydroflavonol 4-reductase, putative  29.88 
 
 		 328 aa  45.4  0.0007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0174586  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0488  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40 
 
 		 253 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.596302  normal  0.0751805 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3053  short chain dehydrogenase  33.01 
 
 		 222 aa  45.8  0.0007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.72 
 
 		 228 aa  45.8  0.0007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0377  short chain dehydrogenase  30.53 
 
 		 225 aa  45.4  0.0007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.773672 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0720  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.96 
 
 		 297 aa  45.4  0.0008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36590  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.26 
 
 		 330 aa  45.4  0.0008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.77 
 
 		 299 aa  45.4  0.0008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.45 
 
 		 305 aa  45.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>