More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_3593 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_3593  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
257 aa  502  1e-141  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17930  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  55.29 
 
 
268 aa  263  1e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.481868 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.36 
 
 
266 aa  216  2e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.21 
 
 
255 aa  196  3e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
259 aa  184  1.0000000000000001e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.39 
 
 
256 aa  178  7e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.346824  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
252 aa  175  6e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.434149 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
253 aa  168  9e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2753  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
260 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.53957  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4345  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.66 
 
 
253 aa  167  2e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.108758  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.66 
 
 
253 aa  167  2e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.564431  normal  0.112699 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49 
 
 
253 aa  166  4e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.228313 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
255 aa  166  5e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.27 
 
 
253 aa  165  6.9999999999999995e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
257 aa  165  8e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6443  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.61 
 
 
253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.246968  normal  0.169503 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  40.62 
 
 
259 aa  162  6e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
253 aa  159  4e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.044107  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  37.94 
 
 
260 aa  158  6e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6365  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.6 
 
 
263 aa  157  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.54288  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0777  gluconate 5-dehydrogenase  40.16 
 
 
251 aa  157  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.618291  hitchhiker  0.00200145 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  40.73 
 
 
254 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  37.7 
 
 
259 aa  156  3e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
252 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2035  putative gluconate 5-dehydrogenase  42.63 
 
 
254 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0913776  normal  0.102555 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07750  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  35.18 
 
 
252 aa  155  7e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.370743 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
255 aa  155  8e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199732  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.92 
 
 
255 aa  154  1e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.43 
 
 
260 aa  154  1e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.150253  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.92 
 
 
255 aa  154  1e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.150517  normal  0.215397 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
252 aa  154  1e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  38.34 
 
 
257 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.68 
 
 
248 aa  151  8.999999999999999e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
259 aa  151  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
259 aa  150  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5289  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
263 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0559291  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
264 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
257 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0441783  normal  0.700268 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
257 aa  150  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  39.22 
 
 
255 aa  150  2e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1851  gluconate 5-dehydrogenase  39.16 
 
 
260 aa  149  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.198252 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2299  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.46 
 
 
245 aa  148  9e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
257 aa  147  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1503  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.52 
 
 
248 aa  147  1.0000000000000001e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  40.73 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00521448  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
249 aa  146  3e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.293946 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5032  gluconate 5-dehydrogenase  40.48 
 
 
252 aa  146  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.930013  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
255 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
257 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  36.47 
 
 
265 aa  146  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
258 aa  145  6e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.063344  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.61 
 
 
258 aa  144  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2306  gluconate 5-dehydrogenase  40.46 
 
 
262 aa  144  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00833457 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.72 
 
 
250 aa  144  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
255 aa  143  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 
266 aa  144  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
251 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2493  gluconate 5-dehydrogenase  37.25 
 
 
274 aa  143  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1763  gluconate 5-dehydrogenase  36.19 
 
 
260 aa  143  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3848  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
253 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2403  gluconate 5-dehydrogenase  39.69 
 
 
258 aa  142  5e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.525317  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1409  gluconate 5-dehydrogenase  38.08 
 
 
260 aa  142  7e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
257 aa  141  9e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0523  short chain dehydrogenase  37.01 
 
 
256 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1085  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.11 
 
 
248 aa  141  9.999999999999999e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.021981  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  36.19 
 
 
260 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
255 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000026464  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
255 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  35.8 
 
 
260 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5273  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.8 
 
 
260 aa  140  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000251333 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2919  gluconate 5-dehydrogenase  36.47 
 
 
264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  35.97 
 
 
254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2513  short chain dehydrogenase  36.65 
 
 
256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.245002  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
260 aa  139  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.379733  normal  0.717658 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1625  short chain dehydrogenase  36.65 
 
 
256 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0245  short chain dehydrogenase  36.65 
 
 
256 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.864875  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1428  short chain dehydrogenase  36.65 
 
 
256 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0944  short chain dehydrogenase  36.65 
 
 
256 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2651  short chain dehydrogenase  36.65 
 
 
256 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0281  short chain dehydrogenase  36.65 
 
 
256 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.701558  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5878  gluconate 5-dehydrogenase  41.53 
 
 
259 aa  140  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.854497  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 
263 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  39.18 
 
 
258 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
253 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
257 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2353  gluconate 5-dehydrogenase  37.65 
 
 
262 aa  139  4.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2667  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.47 
 
 
249 aa  139  6e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000680764  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  35.97 
 
 
254 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
254 aa  138  8.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
251 aa  138  1e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00162277  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3338  tropinone reductase  35.32 
 
 
267 aa  137  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0617958 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
253 aa  138  1e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00235361 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
255 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.31 
 
 
255 aa  138  1e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
257 aa  137  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>