More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2479 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2479  transcriptional regulator  100 
 
 		 322 aa  635    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.65062 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5829  transcriptional regulator, LysR family  42.42 
 
 		 306 aa  218  2e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.438872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  34.26 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 300 aa  165  8e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 301 aa  165  9e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  162  6e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 290 aa  160  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 301 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1673  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 302 aa  158  9e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.34 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 298 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0549  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 296 aa  156  5.0000000000000005e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0269293 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 301 aa  155  6e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 309 aa  155  6e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 300 aa  155  7e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 297 aa  155  8e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 297 aa  155  8e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 302 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 304 aa  154  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 302 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 302 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3612  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.155028 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2116  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0265238 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  35.82 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.23 
 
 		 304 aa  153  4e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 304 aa  153  4e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 303 aa  153  4e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 304 aa  153  4e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 299 aa  153  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 299 aa  153  4e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 304 aa  153  4e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  35.23 
 
 		 304 aa  153  4e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 304 aa  152  7e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1052  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 299 aa  152  8e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.567632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 304 aa  152  8.999999999999999e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 304 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 298 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 296 aa  151  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  151  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4595  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 313 aa  151  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.489457  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 306 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  33.1 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1371  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 313 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1332  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 313 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601876  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 303 aa  150  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 302 aa  149  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 309 aa  150  4e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.74 
 
 		 300 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2651  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 301 aa  149  5e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1865  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 313 aa  149  7e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000631239 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3098  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 303 aa  149  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.870472  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 555 aa  149  8e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1765  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 298 aa  149  9e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.389128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1599  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 310 aa  149  9e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.145078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0784  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 313 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1701  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.672113  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0936  transcriptional regulator  32.52 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.434313  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  34.9 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 313 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0412  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1855  transcriptional regulator  32.52 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2624  transcriptional regulator  32.52 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0210848  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1469  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0750  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.63163  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 313 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  34.81 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4256  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  35.23 
 
 		 304 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  31.49 
 
 		 318 aa  147  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 307 aa  147  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  34.56 
 
 		 304 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1833  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0313852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  32.52 
 
 		 293 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4138  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 296 aa  146  5e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>