More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1273 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1273  transcriptional regulator  100 
 
 		 332 aa  676    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.690479  normal  0.464458 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3344  LacI family transcription regulator  76.2 
 
 		 334 aa  531  1e-150  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000247508  normal  0.28725 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1424  LacI family transcription regulator  71.69 
 
 		 332 aa  496  1e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000379312  normal  0.706266 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0307  LacI family transcription regulator  36.25 
 
 		 338 aa  200  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0353911  normal  0.19283 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1929  LacI family transcription regulator  32.73 
 
 		 347 aa  194  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3197  LacI family transcription regulator  34.76 
 
 		 343 aa  192  6e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0812  transcriptional regulator, LacI family  34.04 
 
 		 342 aa  191  2e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171283  normal  0.194495 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2238  transcriptional regulator  35.61 
 
 		 344 aa  181  1e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7655  LacI family transcription regulator  34.15 
 
 		 332 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.254104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1107  LacI family transcription regulator  36.56 
 
 		 345 aa  179  8e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.151967 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2407  LacI family transcription regulator  35.35 
 
 		 341 aa  177  3e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.633628 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4515  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.93 
 
 		 351 aa  177  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0129  transcriptional regulator, LacI family  34.6 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  36.77 
 
 		 344 aa  173  3.9999999999999995e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04812  hypothetical protein  33.43 
 
 		 335 aa  172  5.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2465  HTH-type transcriptional regulator, LacI-family  32.52 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5109  LacI family transcription regulator  34.1 
 
 		 330 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3140  transcriptional regulator  34.53 
 
 		 350 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.01 
 
 		 342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1637  LacI family transcription regulator  35.22 
 
 		 337 aa  163  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.455476 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02556  hypothetical protein  34.24 
 
 		 318 aa  163  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6135  transcriptional regulator, LacI family  34.76 
 
 		 334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548122  normal  0.212508 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4293  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.8 
 
 		 342 aa  162  9e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.719683 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  32.33 
 
 		 333 aa  160  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  31.34 
 
 		 331 aa  160  4e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.83 
 
 		 335 aa  160  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  32.04 
 
 		 328 aa  159  5e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16200  transcriptional regulator, LacI family  31.14 
 
 		 336 aa  159  7e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00346268  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  32.84 
 
 		 349 aa  159  8e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4679  LacI family transcription regulator  33.66 
 
 		 340 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.705598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6547  transcriptional regulator, LacI family  33.94 
 
 		 334 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.758912 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  32.44 
 
 		 337 aa  157  2e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.23 
 
 		 341 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  32.02 
 
 		 335 aa  157  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.23 
 
 		 341 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  29.52 
 
 		 347 aa  157  3e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.23 
 
 		 341 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.23 
 
 		 341 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.23 
 
 		 341 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0612  LacI family transcription regulator  33.88 
 
 		 343 aa  156  4e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3245  transcriptional regulator, LacI family  33.11 
 
 		 328 aa  155  6e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3173  transcriptional regulator, LacI family  32.36 
 
 		 328 aa  156  6e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4155  LacI family transcription regulator  33.65 
 
 		 340 aa  155  8e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4848  transcriptional regulator, LacI family  31.76 
 
 		 331 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.125371  normal  0.0610875 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0942  LacI family transcription regulator  32.02 
 
 		 340 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.302538 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2497  Alanine racemase  32.23 
 
 		 338 aa  154  2e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.84 
 
 		 341 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  30.84 
 
 		 341 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.84 
 
 		 341 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.84 
 
 		 341 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.84 
 
 		 343 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.84 
 
 		 343 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.84 
 
 		 341 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  30.84 
 
 		 341 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2612  transcriptional regulator, LacI family  29.19 
 
 		 339 aa  153  4e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  decreased coverage  0.00297504  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33670  LacI family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 320 aa  153  4e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.647475  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  30.75 
 
 		 335 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3595  LacI family transcription regulator  32.49 
 
 		 340 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4772  LacI family transcription regulator  32.49 
 
 		 340 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.819593 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3964  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.43 
 
 		 328 aa  152  8.999999999999999e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0348412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.99 
 
 		 336 aa  152  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  31.53 
 
 		 335 aa  151  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.82 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  34.13 
 
 		 333 aa  151  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.63 
 
 		 330 aa  152  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.02 
 
 		 335 aa  150  3e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  30.42 
 
 		 335 aa  150  4e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.91 
 
 		 347 aa  149  4e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  30.41 
 
 		 341 aa  149  5e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.91 
 
 		 347 aa  149  5e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1193  transcriptional regulator, LacI family  31.1 
 
 		 326 aa  149  6e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.502548  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  29 
 
 		 324 aa  149  6e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.91 
 
 		 335 aa  149  6e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  31.39 
 
 		 386 aa  149  7e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.22 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.75 
 
 		 342 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.75 
 
 		 342 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.03 
 
 		 337 aa  147  3e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1537  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.36 
 
 		 343 aa  147  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1789  transcriptional regulator, LacI family  32.54 
 
 		 343 aa  146  6e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  32.13 
 
 		 323 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5290  transcriptional regulator, LacI family  32.06 
 
 		 330 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.91 
 
 		 337 aa  145  8.000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  32.48 
 
 		 337 aa  145  9e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.22 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5511  LacI family transcription regulator  32.5 
 
 		 344 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732614  normal  0.759968 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  30.72 
 
 		 338 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  29.82 
 
 		 353 aa  144  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  30.72 
 
 		 323 aa  144  3e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  31.41 
 
 		 332 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  32.64 
 
 		 332 aa  144  3e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  32.06 
 
 		 332 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  31.41 
 
 		 332 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.23 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  31.02 
 
 		 323 aa  143  4e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  31.02 
 
 		 323 aa  143  4e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  31.41 
 
 		 332 aa  143  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  30.98 
 
 		 326 aa  143  5e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3984  transcriptional regulator, LacI family  31.68 
 
 		 336 aa  143  5e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  31.55 
 
 		 334 aa  142  6e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>