129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1195 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1195  TRAP transporter solute receptor  100 
 
 
330 aa  673    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.71869 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1729  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  76.44 
 
 
329 aa  524  1e-148  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0391409  normal  0.483155 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2350  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  73.04 
 
 
325 aa  469  1.0000000000000001e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.192031  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2408  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  69.68 
 
 
326 aa  465  9.999999999999999e-131  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0874  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  55.15 
 
 
328 aa  330  1e-89  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0358  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  50.83 
 
 
325 aa  316  3e-85  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0105489  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3267  hypothetical protein  49.51 
 
 
323 aa  301  7.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.743942 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  43.19 
 
 
338 aa  253  3e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000022197  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1256  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  41.64 
 
 
344 aa  231  2e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1253  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  37.1 
 
 
323 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3623  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  37.54 
 
 
329 aa  209  5e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410742  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.12 
 
 
337 aa  110  3e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4417  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.56 
 
 
348 aa  104  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0674202 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3440  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.92 
 
 
342 aa  102  8e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.93321  normal  0.103466 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000812  immunogenic protein  27.11 
 
 
336 aa  100  5e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.95 
 
 
318 aa  99  1e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06717  hypothetical protein  26.27 
 
 
336 aa  98.2  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0645  TRAP-type uncharacterized transport system  26.22 
 
 
335 aa  92.8  7e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1133  immunogenic protein  27.35 
 
 
351 aa  91.3  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1229  putative immunogenic protein precursor  22.92 
 
 
310 aa  91.3  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144519  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  24.14 
 
 
310 aa  89.4  7e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0468  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.21 
 
 
316 aa  86.7  5e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.85 
 
 
315 aa  86.3  7e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.69 
 
 
330 aa  86.3  8e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1043  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.06 
 
 
327 aa  85.9  9e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.49 
 
 
316 aa  85.5  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.15 
 
 
317 aa  84.7  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.26 
 
 
306 aa  84  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  23.36 
 
 
344 aa  82.8  0.000000000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.36 
 
 
346 aa  82.8  0.000000000000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.88 
 
 
316 aa  82.4  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.37 
 
 
651 aa  82  0.00000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  24.07 
 
 
324 aa  82  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5695  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.96 
 
 
308 aa  80.9  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  25 
 
 
322 aa  80.5  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2836  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.3 
 
 
346 aa  80.9  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  23.72 
 
 
328 aa  78.6  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0934  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.22 
 
 
308 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  24.32 
 
 
322 aa  77.4  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4160  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.93 
 
 
312 aa  77  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  25 
 
 
315 aa  76.3  0.0000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.27 
 
 
349 aa  75.5  0.000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.88 
 
 
348 aa  75.1  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.23 
 
 
317 aa  74.3  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6904  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.48 
 
 
329 aa  73.6  0.000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4512  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.83 
 
 
299 aa  73.6  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3009  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.89 
 
 
342 aa  73.2  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.582062  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.29 
 
 
327 aa  71.2  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.63 
 
 
325 aa  70.9  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  22.79 
 
 
324 aa  70.9  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  22.26 
 
 
318 aa  70.1  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.62 
 
 
325 aa  70.1  0.00000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0114  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.96 
 
 
332 aa  69.7  0.00000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.67 
 
 
317 aa  69.3  0.00000000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.82 
 
 
333 aa  68.2  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4101  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.28 
 
 
317 aa  68.2  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32075  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  22.71 
 
 
319 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3793  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.72 
 
 
333 aa  66.6  0.0000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.848653  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.82 
 
 
333 aa  66.2  0.0000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2004  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.39 
 
 
338 aa  65.9  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.62 
 
 
323 aa  65.5  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0725  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  21.31 
 
 
322 aa  65.5  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  22.22 
 
 
324 aa  64.7  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.13 
 
 
322 aa  64.7  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0699297  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2878  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.93 
 
 
335 aa  64.7  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.082119  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1175  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.35 
 
 
330 aa  65.1  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155667  normal  0.336664 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.22 
 
 
324 aa  64.7  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.44 
 
 
318 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4419  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.43 
 
 
332 aa  65.1  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.176509  normal  0.291569 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.44 
 
 
318 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.44 
 
 
318 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.44 
 
 
318 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  22.03 
 
 
319 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.03 
 
 
327 aa  64.3  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  22.07 
 
 
323 aa  63.9  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1935  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.92 
 
 
339 aa  63.5  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.49167  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  20.61 
 
 
318 aa  63.5  0.000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  22.64 
 
 
316 aa  63.5  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4067  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.16 
 
 
318 aa  63.2  0.000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548232  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  21.77 
 
 
323 aa  62.8  0.000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0386  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.78 
 
 
375 aa  62.4  0.000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  20.82 
 
 
316 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.15 
 
 
329 aa  62.4  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2520  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.36 
 
 
335 aa  61.2  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.3 
 
 
329 aa  60.5  0.00000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  21.47 
 
 
318 aa  60.5  0.00000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.68 
 
 
318 aa  60.5  0.00000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.68 
 
 
318 aa  60.5  0.00000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.94 
 
 
329 aa  60.5  0.00000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.671044  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  21.68 
 
 
318 aa  60.5  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  20.07 
 
 
319 aa  59.7  0.00000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.47 
 
 
326 aa  60.1  0.00000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.76 
 
 
328 aa  59.3  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  20.5 
 
 
318 aa  58.5  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.28 
 
 
323 aa  58.9  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0267  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  20.91 
 
 
317 aa  58.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.418804  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5002  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  20.82 
 
 
315 aa  57.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117483  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.89 
 
 
317 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0539  immunogenic protein  20.85 
 
 
313 aa  57  0.0000004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0082  immunogenic protein  20.75 
 
 
312 aa  57  0.0000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0148349  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>