230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_1480 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_1480  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 585 aa  1223    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2432  radical SAM domain-containing protein  36.22 
 
 		 535 aa  351  2e-95  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1873  radical SAM domain-containing protein  27.75 
 
 		 697 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  23.87 
 
 		 441 aa  85.1  0.000000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  23.15 
 
 		 441 aa  83.2  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 426 aa  80.9  0.00000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  23.75 
 
 		 441 aa  80.5  0.00000000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  25.81 
 
 		 451 aa  77.8  0.0000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  25.15 
 
 		 433 aa  77.4  0.0000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0202  radical SAM domain-containing protein  24.48 
 
 		 454 aa  77  0.0000000000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  24.42 
 
 		 468 aa  76.6  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  22.07 
 
 		 489 aa  75.9  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25 
 
 		 476 aa  75.5  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  24.01 
 
 		 476 aa  75.5  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  22.93 
 
 		 444 aa  75.1  0.000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  22.1 
 
 		 489 aa  74.3  0.000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  22.9 
 
 		 428 aa  73.6  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  23.54 
 
 		 476 aa  72.4  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0986  radical SAM domain-containing protein  26.86 
 
 		 600 aa  72  0.00000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  21.6 
 
 		 472 aa  72  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  23.61 
 
 		 448 aa  70.9  0.00000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  22.03 
 
 		 459 aa  70.9  0.00000000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  29.44 
 
 		 471 aa  70.9  0.00000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  23.58 
 
 		 439 aa  70.9  0.00000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4999  Radical SAM domain protein  25.21 
 
 		 591 aa  68.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.694875  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6339  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  23.87 
 
 		 479 aa  69.3  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00317674 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  20.64 
 
 		 449 aa  68.6  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1700  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  23.62 
 
 		 434 aa  68.6  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000292659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  23.06 
 
 		 472 aa  68.9  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  24.49 
 
 		 476 aa  68.6  0.0000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7154  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  23.39 
 
 		 479 aa  68.2  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.535479  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  21.1 
 
 		 470 aa  67  0.0000000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  24.01 
 
 		 474 aa  67  0.0000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  24.26 
 
 		 480 aa  67  0.0000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3654  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.49 
 
 		 474 aa  67  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.176133  normal  0.0619947 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  22.81 
 
 		 487 aa  67  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  22.77 
 
 		 475 aa  65.9  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  22.6 
 
 		 475 aa  65.9  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.41 
 
 		 547 aa  65.1  0.000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  23.81 
 
 		 472 aa  65.1  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 446 aa  65.5  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.09 
 
 		 546 aa  65.1  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  21.49 
 
 		 477 aa  65.1  0.000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.42 
 
 		 546 aa  64.7  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0973  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25 
 
 		 477 aa  64.3  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.91955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.99 
 
 		 546 aa  64.3  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  22.55 
 
 		 488 aa  64.3  0.000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  23.68 
 
 		 472 aa  63.9  0.000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  22.16 
 
 		 472 aa  63.5  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  23.05 
 
 		 471 aa  63.5  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  23.05 
 
 		 471 aa  63.5  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1292  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.29 
 
 		 474 aa  62.4  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.118878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  21.45 
 
 		 618 aa  62.4  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0215  Radical SAM domain protein  22.54 
 
 		 483 aa  62  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  25.7 
 
 		 497 aa  62  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2731  Radical SAM domain protein  22.51 
 
 		 465 aa  60.8  0.00000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  21.36 
 
 		 512 aa  60.8  0.00000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.39 
 
 		 546 aa  60.8  0.00000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0200  radical SAM domain-containing protein  23.89 
 
 		 468 aa  60.5  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0997671  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3455  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  23.98 
 
 		 474 aa  60.5  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.207743  normal  0.273738 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3764  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  23.98 
 
 		 474 aa  60.5  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.427217  normal  0.868511 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  22.09 
 
 		 461 aa  59.7  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.481544 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.55 
 
 		 528 aa  59.7  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2874  radical SAM family protein  25.81 
 
 		 605 aa  59.7  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.108963  normal  0.169432 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2757  Radical SAM domain protein  22.78 
 
 		 462 aa  59.7  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  20.05 
 
 		 484 aa  59.7  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  24.55 
 
 		 609 aa  60.1  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2351  Radical SAM domain protein  24.39 
 
 		 470 aa  59.3  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  21.78 
 
 		 546 aa  58.9  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3468  radical SAM family protein  23.37 
 
 		 592 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.453671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  22.83 
 
 		 576 aa  59.3  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  23.38 
 
 		 576 aa  58.9  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  22.4 
 
 		 430 aa  58.9  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  20.31 
 
 		 534 aa  58.5  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  21.47 
 
 		 546 aa  58.9  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1806  Radical SAM domain protein  23.34 
 
 		 468 aa  58.5  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  22.87 
 
 		 552 aa  58.5  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  20.98 
 
 		 428 aa  58.2  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0407  Elongator protein 3/MiaB/NifB  23.42 
 
 		 466 aa  57.8  0.0000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.201202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1899  radical SAM family protein  23.45 
 
 		 591 aa  57.8  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4810  radical SAM family protein  25.32 
 
 		 607 aa  57.8  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.32 
 
 		 527 aa  58.2  0.0000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  21.61 
 
 		 567 aa  57.4  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0931  Elongator protein 3/MiaB/NifB  21.6 
 
 		 465 aa  57.8  0.0000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.988397  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0873  radical SAM family Fe-S protein  22.44 
 
 		 501 aa  57.4  0.0000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  22.13 
 
 		 484 aa  57.4  0.0000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2772  Radical SAM domain protein  22.84 
 
 		 598 aa  57  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3535  Radical SAM domain protein  25.07 
 
 		 444 aa  57.4  0.0000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0116  Elongator protein 3/MiaB/NifB  23.12 
 
 		 461 aa  57  0.0000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1705  Radical SAM domain protein  24.89 
 
 		 589 aa  57  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.871388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  20.68 
 
 		 548 aa  57  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.07 
 
 		 479 aa  56.2  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2939  radical SAM domain-containing protein  22.84 
 
 		 521 aa  56.6  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.379543 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  21.1 
 
 		 723 aa  56.6  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1975  Radical SAM domain protein  22.77 
 
 		 468 aa  56.2  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00675749  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  20.73 
 
 		 521 aa  55.8  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1163  Radical SAM domain protein  21.75 
 
 		 444 aa  55.5  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  21.66 
 
 		 518 aa  56.2  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3186  radical SAM family protein  24.7 
 
 		 583 aa  55.5  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  21.01 
 
 		 473 aa  55.1  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>