More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0608 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0608  two component transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 209 aa  431  1e-120  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.631365  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1276  two component transcriptional regulator, LuxR family  62.02 
 
 		 209 aa  293  1e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.161375  normal  0.335829 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0292  response regulator transcription regulator protein  37.44 
 
 		 210 aa  137  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1762  two component LuxR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 210 aa  137  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0121  two component LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 210 aa  136  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.830531  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2172  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.5 
 
 		 210 aa  135  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0945  two component LuxR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 210 aa  134  7.000000000000001e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1089  two component LuxR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 210 aa  134  7.000000000000001e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4114  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.82 
 
 		 208 aa  134  8e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0576718  normal  0.109105 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2078  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.5 
 
 		 210 aa  134  9e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0180  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.52 
 
 		 213 aa  134  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4796  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.06 
 
 		 206 aa  134  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00878953 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0145  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.92 
 
 		 210 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0153  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.92 
 
 		 210 aa  132  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1290  two component LuxR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 209 aa  131  7.999999999999999e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.542915  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0090  two component LuxR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 210 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1848  response regulator  33.99 
 
 		 218 aa  129  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0524957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1607  response regulator  33.17 
 
 		 214 aa  129  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000106395  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2192  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.17 
 
 		 216 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.889776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2237  two component LuxR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 211 aa  128  5.0000000000000004e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1450  response regulator  34.31 
 
 		 218 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2450  two component LuxR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 214 aa  127  8.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00539256  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2052  response regulator  33.82 
 
 		 218 aa  127  1.0000000000000001e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000052182  hitchhiker  0.00148564 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2253  response regulator  33.82 
 
 		 218 aa  127  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000726498  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3668  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.12 
 
 		 213 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2356  response regulator  33.82 
 
 		 218 aa  127  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.996954  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 215 aa  126  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.731747  normal  0.987016 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1824  response regulator  32.84 
 
 		 229 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.152948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1460  two component LuxR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 210 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.39219  normal  0.352919 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  33.17 
 
 		 214 aa  126  3e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2656  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.16 
 
 		 210 aa  126  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.756738  normal  0.520546 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0816  two component LuxR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 212 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000419268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02748  response regulator  32.84 
 
 		 214 aa  125  6e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2455  response regulator  32.51 
 
 		 214 aa  124  7e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.140183  normal  0.431169 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2571  transmission activator LetA  34.93 
 
 		 219 aa  124  9e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2699  transmission activator LetA  34.93 
 
 		 219 aa  124  1e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0833  response regulator  31.22 
 
 		 227 aa  124  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000189156  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2677  response regulator  32.02 
 
 		 214 aa  123  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0738952  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2562  response regulator  32.02 
 
 		 214 aa  123  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0171044  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1594  response regulator  33.33 
 
 		 218 aa  123  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2600  response regulator  32.02 
 
 		 214 aa  123  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000388579  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1639  response regulator  32.51 
 
 		 226 aa  123  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00137195  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1782  response regulator  32.02 
 
 		 214 aa  123  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0381154  hitchhiker  0.0000000750596 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1547  response regulator  32.02 
 
 		 214 aa  123  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000288339  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2669  response regulator  33.33 
 
 		 218 aa  123  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000700042  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1608  response regulator  32.02 
 
 		 214 aa  123  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000660452  normal  0.150334 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2520  two component LuxR family transcriptional regulator  33 
 
 		 214 aa  122  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.943169  normal  0.310419 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0023  two component LuxR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 216 aa  122  3e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1614  response regulator  32.02 
 
 		 214 aa  122  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000746753  normal  0.505035 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2649  response regulator  32.02 
 
 		 214 aa  122  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1860  response regulator  32.02 
 
 		 214 aa  122  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2375  two component LuxR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 214 aa  122  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.405291  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2501  response regulator  32.68 
 
 		 218 aa  122  4e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000242353  normal  0.495647 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3375  two component LuxR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 212 aa  122  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6558  two component LuxR family transcriptional regulator  33 
 
 		 210 aa  122  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.458284 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1336  two component LuxR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 208 aa  122  5e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2158  two component LuxR family transcriptional regulator  31 
 
 		 210 aa  121  7e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0301144 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7764  two component LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 210 aa  121  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.527093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0849  two component LuxR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 209 aa  121  8e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0745  putative two-component response regulator  33.82 
 
 		 210 aa  121  8e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07840  putative two-component response regulator  33.33 
 
 		 210 aa  121  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0171986 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3794  two component LuxR family transcriptional regulator  32 
 
 		 209 aa  120  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3271  response regulator  31.4 
 
 		 214 aa  121  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0222898  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1518  response regulator  33.01 
 
 		 220 aa  120  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.121615  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1137  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 214 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3068  two component transcriptional regulator, LuxR family  32 
 
 		 209 aa  120  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.44153  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1987  two component LuxR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 215 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0949899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1508  two component LuxR family transcriptional regulator  34 
 
 		 236 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4516  two component LuxR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 214 aa  120  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0463384  normal  0.0270495 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2180  two component LuxR family transcriptional regulator  32 
 
 		 209 aa  120  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.876214 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1732  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.86 
 
 		 218 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000321601  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1041  response regulator  31.86 
 
 		 218 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644757  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1953  response regulator  31.03 
 
 		 214 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00404481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2012  response regulator  31.86 
 
 		 218 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124814  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2147  response regulator  31.86 
 
 		 218 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000040455  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6235  two component transcriptional regulator, LuxR family  33 
 
 		 210 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.612124 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1725  response regulator  31.86 
 
 		 218 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000351159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2686  response regulator  31.86 
 
 		 218 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000957663  normal  0.053055 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1269  response regulator  31.86 
 
 		 218 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000584326  hitchhiker  0.00198125 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1551  two component LuxR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 229 aa  119  3e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.460798 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2162  response regulator  31.86 
 
 		 218 aa  119  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.284818  hitchhiker  0.000000016111 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4248  two component LuxR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 215 aa  119  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.206342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2103  response regulator  31.86 
 
 		 218 aa  119  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0532421  hitchhiker  0.00988724 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5989  two component LuxR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 215 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1526  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.4 
 
 		 215 aa  119  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.88337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1173  response regulator  31.86 
 
 		 218 aa  119  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000706228  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1296  response regulator  31.86 
 
 		 218 aa  119  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0547167  hitchhiker  0.00000564902 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4002  two component LuxR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 215 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3774  two component LuxR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 215 aa  119  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.329832 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4256  two component LuxR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 215 aa  119  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.282152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4365  two component LuxR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 215 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.902614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1192  transcriptional regulator of LuxR family protein  30.92 
 
 		 214 aa  119  3e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3024  DNA-binding response regulator GacA  36.1 
 
 		 214 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.26082  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1652  two component LuxR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 215 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.187578  normal  0.308689 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1987  two component LuxR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 213 aa  119  3.9999999999999996e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.429674  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2902  two component LuxR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 212 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.255362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0790  two component LuxR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 214 aa  119  3.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.870503  normal  0.997505 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5330  two component LuxR family transcriptional regulator  33 
 
 		 215 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.858277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3595  two component LuxR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 215 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2086  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.54 
 
 		 220 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.963114 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>