More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6824 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6824  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 355 aa  735    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.667333 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1014  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  52.66 
 
 		 341 aa  380  1e-104  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.220407  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2945  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  51.61 
 
 		 347 aa  377  1e-103  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.884709 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1423  transcriptional regulator, LacI family  43.11 
 
 		 340 aa  305  8.000000000000001e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.189138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4844  transcriptional regulator, LacI family  40.12 
 
 		 344 aa  269  5.9999999999999995e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0280353  hitchhiker  0.000467686 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1990  alanine racemase  40.26 
 
 		 343 aa  249  7e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4008  transcriptional regulator, LacI family  40 
 
 		 340 aa  232  8.000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000985107  hitchhiker  0.00000124933 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4121  transcriptional regulator, LacI family  35.31 
 
 		 343 aa  228  1e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3537  transcriptional regulator, LacI family  39.17 
 
 		 354 aa  227  3e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.234016 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2837  transcriptional regulator, LacI family  38.51 
 
 		 344 aa  224  1e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672578  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0352  transcriptional regulator, LacI family  35.83 
 
 		 339 aa  220  3e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2686  transcriptional regulator, LacI family  37.35 
 
 		 340 aa  219  3.9999999999999997e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241666  normal  0.163804 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4307  transcriptional regulator, LacI family  37.93 
 
 		 343 aa  220  3.9999999999999997e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.19442  normal  0.853045 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3266  transcriptional regulator, LacI family  35 
 
 		 340 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.030441 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1464  transcriptional regulator, LacI family  35.71 
 
 		 340 aa  211  1e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3654  LacI family transcription regulator  35.52 
 
 		 354 aa  209  5e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.95 
 
 		 342 aa  209  5e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0779  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.73 
 
 		 342 aa  209  7e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.561354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1481  transcriptional regulator, LacI family  34.42 
 
 		 342 aa  206  4e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.34 
 
 		 344 aa  206  5e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.848461  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01255  putative LacI-family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 341 aa  205  9e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2601  transcriptional regulator, LacI family  34.41 
 
 		 388 aa  204  2e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5512  transcriptional regulator, LacI family  34.42 
 
 		 340 aa  199  7e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0234887 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1248  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 334 aa  197  3e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0782052 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2268  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.22 
 
 		 340 aa  189  7e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0455476 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7004  transcriptional regulator, LacI family  32.52 
 
 		 337 aa  186  5e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000759079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2261  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.18 
 
 		 348 aa  186  5e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.276208 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1259  alanine racemase  31.34 
 
 		 341 aa  183  4.0000000000000006e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 335 aa  182  7e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3432  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 336 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000329456  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5093  transcriptional regulator, LacI family  32.4 
 
 		 343 aa  179  5.999999999999999e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.225066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5702  transcriptional regulator, LacI family  30.86 
 
 		 343 aa  178  1e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1148  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.64 
 
 		 336 aa  176  8e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.907007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1615  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.65 
 
 		 341 aa  174  9.999999999999999e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.820009  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  29.82 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  32.54 
 
 		 331 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05070  putative LacI-family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.697537  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1404  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.56 
 
 		 343 aa  171  2e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00377783  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  31.85 
 
 		 340 aa  171  2e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  31.04 
 
 		 324 aa  168  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1640  LacI family transcription regulator  30.93 
 
 		 332 aa  166  5e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  32.41 
 
 		 333 aa  166  6.9999999999999995e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.41 
 
 		 333 aa  166  8e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.26 
 
 		 336 aa  164  3e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0547  transcriptional regulator, LacI family  30.63 
 
 		 325 aa  162  6e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000966575  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  30.34 
 
 		 330 aa  162  7e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  30.63 
 
 		 323 aa  162  9e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  30.63 
 
 		 323 aa  162  9e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  29.64 
 
 		 342 aa  162  9e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  30.33 
 
 		 323 aa  162  1e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  30.33 
 
 		 323 aa  161  1e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  30.33 
 
 		 323 aa  161  1e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  30.93 
 
 		 323 aa  161  1e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  29.91 
 
 		 344 aa  160  2e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  31.68 
 
 		 336 aa  161  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  30.33 
 
 		 323 aa  161  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  30.33 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  30.84 
 
 		 329 aa  159  5e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  29.73 
 
 		 323 aa  159  5e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  28.4 
 
 		 346 aa  159  6e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0297  degradation activator  31.16 
 
 		 334 aa  159  6e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0303599  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  28.4 
 
 		 346 aa  159  7e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2249  LacI family transcription regulator  31.16 
 
 		 333 aa  159  7e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00326004  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  29.73 
 
 		 323 aa  159  9e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  30.33 
 
 		 334 aa  158  1e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  31.01 
 
 		 355 aa  158  1e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.33 
 
 		 323 aa  158  1e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  29.31 
 
 		 331 aa  157  2e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  29.6 
 
 		 347 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  30.57 
 
 		 338 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  30.27 
 
 		 347 aa  157  2e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1481  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.94 
 
 		 348 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  27.03 
 
 		 337 aa  157  2e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  30.38 
 
 		 341 aa  157  2e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2330  transcriptional regulator  30.86 
 
 		 333 aa  157  3e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0241905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2293  LacI family transcription regulator  30.86 
 
 		 333 aa  157  3e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119214  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2509  transcriptional regulator  30.86 
 
 		 333 aa  157  3e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2524  transcriptional regulator/sugar-binding domain, LacI family  30.86 
 
 		 333 aa  157  3e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000304303 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  29.75 
 
 		 334 aa  156  5.0000000000000005e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3049  transcriptional regulator, LacI family  30.43 
 
 		 336 aa  155  8e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.490257  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  30.07 
 
 		 332 aa  155  9e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  29.55 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  27.76 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  29.55 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  29.52 
 
 		 334 aa  155  1e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.45 
 
 		 336 aa  154  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  29.32 
 
 		 327 aa  154  2e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  30.86 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  28.44 
 
 		 348 aa  154  2e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  30.91 
 
 		 334 aa  154  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6639  transcriptional regulator, LacI family  31.17 
 
 		 337 aa  154  2.9999999999999998e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  29.21 
 
 		 332 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16200  transcriptional regulator, LacI family  30.09 
 
 		 336 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00346268  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1526  transcriptional regulator, LacI family  30.26 
 
 		 353 aa  153  4e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.291045  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  30.15 
 
 		 335 aa  153  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  29.21 
 
 		 332 aa  153  4e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  29.21 
 
 		 332 aa  152  7e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  28.87 
 
 		 332 aa  152  7e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  29.21 
 
 		 332 aa  152  7e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  30.92 
 
 		 352 aa  152  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>