More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3506 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 285 aa  584  1e-166  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.82 
 
 		 287 aa  310  1e-83  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5446  UDP-glucose 4-epimerase  50.88 
 
 		 290 aa  287  1e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0153  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.81 
 
 		 295 aa  185  6e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.81 
 
 		 295 aa  185  6e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.94 
 
 		 285 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.83 
 
 		 315 aa  138  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.79 
 
 		 307 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.74 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210062  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3173  UDP-galactose 4-epimerase, putative  31.97 
 
 		 309 aa  123  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.66 
 
 		 313 aa  122  7e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.51 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1844  UDP-glucose 4-epimerase  28.92 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.92 
 
 		 315 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.22 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.53 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  28.72 
 
 		 306 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  24.5 
 
 		 324 aa  116  5e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.1 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.17 
 
 		 321 aa  113  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.5 
 
 		 321 aa  113  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.5 
 
 		 321 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.5 
 
 		 321 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.5 
 
 		 321 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.5 
 
 		 321 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  25.5 
 
 		 321 aa  112  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.12 
 
 		 321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  26.01 
 
 		 332 aa  109  6e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0589  sugar epimerase family protein  30.8 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  28.09 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.33 
 
 		 321 aa  107  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 		 314 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.28 
 
 		 321 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.95 
 
 		 322 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.4 
 
 		 341 aa  103  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.3 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000335133  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3457  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.42 
 
 		 508 aa  103  3e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.291016  normal  0.0152952 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.74 
 
 		 321 aa  103  4e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.62 
 
 		 320 aa  102  6e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0253949  normal  0.427643 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.6 
 
 		 318 aa  101  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3031  O-antigen biosynthetic gene WbjF  27.59 
 
 		 320 aa  100  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.87 
 
 		 324 aa  100  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24 
 
 		 320 aa  100  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.76 
 
 		 320 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2639  UDP-glucose 4-epimerase  27.21 
 
 		 323 aa  100  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2573  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.04 
 
 		 287 aa  100  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.34 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.288431  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3638  UDP-glucose 4-epimerase, putative  31.47 
 
 		 326 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.407013 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.67 
 
 		 321 aa  99.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.67 
 
 		 321 aa  99.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  26.56 
 
 		 317 aa  99  8e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.27 
 
 		 293 aa  98.6  9e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  25.69 
 
 		 323 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  26.03 
 
 		 318 aa  98.6  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.29 
 
 		 506 aa  98.2  1e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287512 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.25 
 
 		 321 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.92 
 
 		 309 aa  96.3  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.35 
 
 		 320 aa  95.9  6e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2387  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.18 
 
 		 321 aa  95.5  9e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.85 
 
 		 309 aa  95.1  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0023317 
 
 
-
 
NC_004310  BR0715  epimerase/dehydratase family protein, putative  26.55 
 
 		 289 aa  94.7  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.186861  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.04 
 
 		 321 aa  94.4  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.73 
 
 		 338 aa  93.2  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.6 
 
 		 318 aa  92.4  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.15 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  29.5 
 
 		 326 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0706  putative epimerase/dehydratase family protein  25.72 
 
 		 290 aa  89.7  5e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  30.94 
 
 		 318 aa  89  8e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.51 
 
 		 310 aa  87.8  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0750302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.75 
 
 		 349 aa  87  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  30.13 
 
 		 318 aa  85.9  7e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.53 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.82 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.448502 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.3 
 
 		 328 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.52 
 
 		 307 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.52 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.05 
 
 		 307 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.46 
 
 		 319 aa  79.3  0.00000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.54 
 
 		 330 aa  79  0.00000000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0634  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.65 
 
 		 346 aa  79  0.00000000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.133207  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0378  putative epimerase/dehydratase family protein  35.8 
 
 		 326 aa  76.6  0.0000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0435  epimerase/dehydratase family protein, putative  35.8 
 
 		 353 aa  76.3  0.0000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0291791  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.58 
 
 		 311 aa  75.9  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.54 
 
 		 331 aa  75.5  0.0000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.478693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.03 
 
 		 319 aa  73.9  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.640029 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.63 
 
 		 351 aa  73.9  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.59438 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4414  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.73 
 
 		 334 aa  73.2  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.23 
 
 		 310 aa  72.4  0.000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2249  hypothetical protein  28.7 
 
 		 307 aa  72  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.939616  hitchhiker  0.00832772 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.58 
 
 		 411 aa  70.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0570  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.22 
 
 		 353 aa  70.9  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0601377  normal  0.103625 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.64 
 
 		 331 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1020  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  28.64 
 
 		 331 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.280879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1190  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  28.44 
 
 		 331 aa  70.5  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.380145  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2976  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  28.64 
 
 		 331 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000873093  hitchhiker  0.00000190147 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0279  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.98 
 
 		 285 aa  69.7  0.00000000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 		 501 aa  69.7  0.00000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.770644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.64 
 
 		 349 aa  69.3  0.00000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1916  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.73 
 
 		 330 aa  69.7  0.00000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.215962 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>