More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2928 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  100 
 
 		 477 aa  954    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  64.29 
 
 		 298 aa  294  3e-78  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  64.29 
 
 		 298 aa  293  6e-78  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  59.57 
 
 		 384 aa  287  2e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  50.33 
 
 		 314 aa  285  9e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  60.44 
 
 		 385 aa  284  2.0000000000000002e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  57.92 
 
 		 293 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  56.22 
 
 		 317 aa  280  3e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3815  23S rRNA pseudouridine synthase F  57.14 
 
 		 332 aa  278  1e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  56.3 
 
 		 355 aa  278  2e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1748  23S rRNA pseudouridine synthase F  56.49 
 
 		 309 aa  277  3e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  56.96 
 
 		 290 aa  276  4e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  56.96 
 
 		 290 aa  276  5e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0236  pseudouridine synthase  60.17 
 
 		 272 aa  273  7e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  54.01 
 
 		 328 aa  268  1e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0855  23S rRNA pseudouridine synthase F  56.7 
 
 		 332 aa  268  2e-70  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.532937 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  48.56 
 
 		 389 aa  268  2e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3854  pseudouridine synthase  55.51 
 
 		 348 aa  268  2e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03894  23S rRNA pseudouridine synthase  59.58 
 
 		 290 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  59.58 
 
 		 290 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  59.58 
 
 		 290 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4008  23S rRNA pseudouridine synthase F  59.83 
 
 		 290 aa  266  5e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.098553 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5500  23S rRNA pseudouridine synthase F  59.83 
 
 		 290 aa  266  5e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4258  23S rRNA pseudouridine synthase F  59.58 
 
 		 290 aa  266  5e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.520843  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4566  23S rRNA pseudouridine synthase F  59.83 
 
 		 290 aa  266  5e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4525  23S rRNA pseudouridine synthase F  59.83 
 
 		 290 aa  266  5.999999999999999e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4483  23S rRNA pseudouridine synthase F  59.83 
 
 		 290 aa  266  5.999999999999999e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.429263 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  57.83 
 
 		 248 aa  266  7e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4604  23S rRNA pseudouridine synthase F  59.41 
 
 		 289 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4405  23S rRNA pseudouridine synthase F  59.41 
 
 		 289 aa  264  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.15276 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3971  23S rRNA pseudouridine synthase F  57.38 
 
 		 286 aa  264  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4528  23S rRNA pseudouridine synthase F  59.41 
 
 		 289 aa  264  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.358582 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4444  23S rRNA pseudouridine synthase F  59.41 
 
 		 289 aa  264  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4530  23S rRNA pseudouridine synthase F  59.41 
 
 		 289 aa  264  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.115437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0226  23S rRNA pseudouridine synthase F  58.4 
 
 		 289 aa  262  1e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387458  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  54.82 
 
 		 340 aa  262  1e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  57.08 
 
 		 244 aa  260  4e-68  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0916  RNA pseudouridine synthase family protein  53.17 
 
 		 314 aa  260  5.0000000000000005e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  53.97 
 
 		 318 aa  260  5.0000000000000005e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0782  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  45.43 
 
 		 324 aa  259  6e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.168526  normal  0.0685581 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12681  pseudouridine synthase, Rsu  61.47 
 
 		 240 aa  257  3e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.850167  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  57.78 
 
 		 240 aa  254  2.0000000000000002e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.501525  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12541  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  58.82 
 
 		 240 aa  252  1e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.558344  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3586  pseudouridine synthase  50.8 
 
 		 266 aa  251  2e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.280598  normal  0.134237 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12611  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  61.24 
 
 		 240 aa  249  1e-64  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.594453  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0601  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  59.28 
 
 		 240 aa  249  1e-64  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.624758  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14081  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  59.28 
 
 		 240 aa  249  1e-64  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.484902  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4674  RNA pseudouridylate synthase family protein  53.71 
 
 		 229 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  52.4 
 
 		 229 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01765  RNA pseudouridine synthase family protein  53.78 
 
 		 248 aa  244  1.9999999999999999e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00504065  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  52.84 
 
 		 229 aa  244  3e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  52.4 
 
 		 229 aa  241  2e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4664  RNA pseudouridine synthase family protein  52.84 
 
 		 229 aa  241  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000338172 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4379  pseudouridine synthase  51.97 
 
 		 229 aa  238  2e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4446  RNA pseudouridylate synthase  52.4 
 
 		 229 aa  237  3e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4284  pseudouridylate synthase  51.97 
 
 		 229 aa  237  3e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4295  tRNA pseudouridine synthase A  52.4 
 
 		 229 aa  237  3e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.502862  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4792  RNA pseudouridine synthase family protein  52.4 
 
 		 229 aa  237  3e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2192  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.91 
 
 		 235 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731966  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1228  pseudouridine synthase  51.74 
 
 		 240 aa  234  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.481726  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2417  RNA pseudouridylate synthase family protein  55.91 
 
 		 238 aa  234  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2221  RNA pseudouridylate synthase  55.91 
 
 		 238 aa  233  5e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2160  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  55.91 
 
 		 238 aa  233  5e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.28876  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2144  tRNA pseudouridine synthase A  55.91 
 
 		 238 aa  233  5e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2386  RNA pseudouridine synthase family protein  55.91 
 
 		 238 aa  233  5e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2488  RNA pseudouridine synthase family protein  55.91 
 
 		 235 aa  233  5e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.970242  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2403  RNA pseudouridine synthase family protein  55.91 
 
 		 235 aa  233  5e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2974  RNA pseudouridine synthase family protein  55.91 
 
 		 235 aa  233  6e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.462691 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2353  RNA pseudouridine synthase family protein  55.91 
 
 		 235 aa  232  1e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  50.64 
 
 		 240 aa  228  2e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3238  pseudouridine synthase  52.65 
 
 		 229 aa  228  2e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.643571  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  47.81 
 
 		 228 aa  211  2e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1151  RNA pseudouridine synthase family protein  47.81 
 
 		 228 aa  209  6e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000576228  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0944  pseudouridine synthase, Rsu  44.1 
 
 		 261 aa  206  8e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000200951  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1834  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  38.81 
 
 		 281 aa  162  1e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.954651  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0952  pseudouridine synthase, Rsu  35.59 
 
 		 236 aa  159  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.823269  normal  0.19606 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  37.65 
 
 		 555 aa  158  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3461  pseudouridine synthase  36.1 
 
 		 242 aa  157  3e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  37.23 
 
 		 241 aa  157  3e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3873  pseudouridine synthase  37.39 
 
 		 245 aa  155  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00341682 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2937  pseudouridine synthase, Rsu  33.74 
 
 		 254 aa  155  1e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0746934 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0572  pseudouridine synthase, Rsu  34.89 
 
 		 238 aa  155  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  34.73 
 
 		 624 aa  154  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0902  pseudouridine synthase  35.59 
 
 		 236 aa  154  4e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0917  pseudouridine synthase, Rsu  35.27 
 
 		 241 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.81174 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  38.2 
 
 		 248 aa  152  1e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3582  pseudouridine synthase  34.75 
 
 		 236 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.299626 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0916  pseudouridine synthase, Rsu  35.59 
 
 		 236 aa  152  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.659376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  33.89 
 
 		 556 aa  151  2e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  35.12 
 
 		 250 aa  150  5e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3385  pseudouridine synthase  34.85 
 
 		 242 aa  150  6e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0922  pseudouridine synthase  35.98 
 
 		 242 aa  150  6e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  34.03 
 
 		 567 aa  150  7e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  37.08 
 
 		 309 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0675  pseudouridine synthase  35.56 
 
 		 238 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  35.1 
 
 		 516 aa  145  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  33.83 
 
 		 253 aa  145  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  35.86 
 
 		 255 aa  145  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1367  pseudouridine synthase  37.17 
 
 		 228 aa  145  2e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  33.98 
 
 		 274 aa  144  3e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>