165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1970 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_2334  Ribulose-bisphosphate carboxylase  87.99 
 
 
433 aa  791    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0903327  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2007  Ribulose-bisphosphate carboxylase  77.46 
 
 
428 aa  704    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.167441 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0412  ribulose-bisphosphate carboxylase  86.01 
 
 
442 aa  775    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1640  ribulose-bisphosphate carboxylase large chain  84.95 
 
 
432 aa  770    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1801  Ribulose-bisphosphate carboxylase  77.75 
 
 
428 aa  706    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.48391 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2001  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  82.45 
 
 
438 aa  746    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000765161  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1970  Ribulose-bisphosphate carboxylase  100 
 
 
433 aa  893    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000163094  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0263  RiBisCO-like protein  69.25 
 
 
432 aa  615  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.724133  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0252  ribulose-bisphosphate carboxylase  67.44 
 
 
433 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.243634  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0300  rubisco-like protein Rlp2  68.31 
 
 
431 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.920574  normal  0.0975511 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0462  ribulose-bisphosphate carboxylase  68.78 
 
 
432 aa  611  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.105525 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1846  ribulose-bisphosphate carboxylase  31.22 
 
 
425 aa  211  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0119107 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5257  ribulose-bisphosphate carboxylase  33.42 
 
 
425 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0258  Ribulose-bisphosphate carboxylase  32.75 
 
 
399 aa  195  1e-48  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5642  ribulose-bisphosphate carboxylase  30.94 
 
 
424 aa  195  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.741434  hitchhiker  0.00245701 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1616  ribulose-bisphosphate carboxylase  33.01 
 
 
390 aa  194  2e-48  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.43252  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0902  ribulose bisophosphate carboxylase  32.34 
 
 
428 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3435  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  32.04 
 
 
428 aa  190  4e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133451  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1732  ribulose-bisphosphate carboxylase  31.73 
 
 
423 aa  189  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1739  Ribulose-bisphosphate carboxylase  31.42 
 
 
421 aa  187  4e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000802921 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1084  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  33.43 
 
 
420 aa  184  4.0000000000000006e-45  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.518346  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0732  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  31.7 
 
 
418 aa  183  5.0000000000000004e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3215  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  30.17 
 
 
429 aa  181  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3067  ribulose-bisphosphate carboxylase  29.83 
 
 
418 aa  179  5.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2766  ribulose bisophosphate carboxylase  33.09 
 
 
423 aa  179  8e-44  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0553432  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2747  Ribulose-bisphosphate carboxylase  28.54 
 
 
416 aa  179  1e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.32552  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7230  Ribulose-bisphosphate carboxylase  29.06 
 
 
432 aa  178  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0441  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  29.06 
 
 
432 aa  178  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2138  Ribulose-bisphosphate carboxylase  29.88 
 
 
420 aa  178  2e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.763721  normal  0.341388 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3063  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  32.47 
 
 
392 aa  177  3e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.17372 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1448  Ribulose-bisphosphate carboxylase  32.35 
 
 
420 aa  171  2e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2026  Ribulose-bisphosphate carboxylase  32.35 
 
 
420 aa  171  2e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.197307  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4649  Ribulose-bisphosphate carboxylase  28.74 
 
 
418 aa  170  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.175751  normal  0.655836 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4762  Ribulose-bisphosphate carboxylase  28.36 
 
 
418 aa  170  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521713  normal  0.838014 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0013  Ribulose-bisphosphate carboxylase  30.44 
 
 
428 aa  168  2e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1105  ribulose bisophosphate carboxylase  28.67 
 
 
430 aa  164  2.0000000000000002e-39  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.199893 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1325  ribulose bisophosphate carboxylase  29.51 
 
 
430 aa  164  3e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2315  ribulose-bisphosphate carboxylase  29.65 
 
 
399 aa  161  2e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1945  Ribulose-bisphosphate carboxylase  29.33 
 
 
423 aa  161  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0032  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  31.04 
 
 
428 aa  156  6e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.729398  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1863  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  30.92 
 
 
421 aa  156  9e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3724  ribulose-bisphosphate carboxylase  27.38 
 
 
418 aa  155  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.630821  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0558  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  30.43 
 
 
403 aa  154  2e-36  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0297277 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3120  ribulose-bisphosphate carboxylase  30 
 
 
408 aa  153  5.9999999999999996e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000815521 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2924  ribulose-bisphosphate carboxylase  27.82 
 
 
414 aa  152  8e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2322  ribulose bisphosphate carboxylase  29.18 
 
 
474 aa  149  8e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0093  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  28.57 
 
 
413 aa  147  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2735  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  31.79 
 
 
414 aa  145  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000131902  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1227  ribulose bisophosphate carboxylase  35.63 
 
 
443 aa  143  7e-33  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1745  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  31.04 
 
 
413 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1093  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  31.68 
 
 
414 aa  140  6e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3865  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  32.51 
 
 
414 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.581822  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4145  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  31.68 
 
 
414 aa  139  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0141097  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0958  Ribulose-bisphosphate carboxylase  31.1 
 
 
387 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4167  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  31.68 
 
 
414 aa  139  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000888995  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3946  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  31.68 
 
 
414 aa  138  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3778  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  31.68 
 
 
414 aa  138  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.659425  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3793  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  31.68 
 
 
414 aa  138  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00837999  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4057  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  31.68 
 
 
414 aa  138  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4255  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  31.68 
 
 
414 aa  138  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1067  ribulose-bisphosphate carboxylase  29.59 
 
 
421 aa  138  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.782005  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0850  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  31.34 
 
 
413 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000268657  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4103  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  31.37 
 
 
414 aa  137  5e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.325839  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2400  ribulose bisphosphate carboxylase  29.69 
 
 
466 aa  125  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.9177  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2420  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  29.73 
 
 
414 aa  122  9e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2072  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  30.62 
 
 
361 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2096  Ribulose-bisphosphate carboxylase  30.62 
 
 
361 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.556355 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4020  ribulose bisphosphate carboxylase  28.78 
 
 
461 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3255  Ribulose-bisphosphate carboxylase  28.75 
 
 
480 aa  119  7e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.936346  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4004  ribulose bisphosphate carboxylase  28.33 
 
 
459 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.988794  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3271  ribulose bisphosphate carboxylase  28.33 
 
 
459 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.841857  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0322  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  32.11 
 
 
363 aa  119  9.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.282033  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1054  ribulose bisphosphate carboxylase  27.4 
 
 
461 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.559684  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1373  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  26.52 
 
 
551 aa  116  6.9999999999999995e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0096  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  30.77 
 
 
411 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0453072  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2641  ribulose bisophosphate carboxylase  30.09 
 
 
479 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_32608  predicted protein  31.02 
 
 
679 aa  113  6e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.883562  normal  0.0329411 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2895  ribulose bisphosphate carboxylase  25.95 
 
 
461 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.109037 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0333  ribulose bisophosphate carboxylase  27.76 
 
 
492 aa  112  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000001817  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1426  ribulose bisophosphate carboxylase  26.78 
 
 
472 aa  110  3e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1655  Ribulose-bisphosphate carboxylase  29.02 
 
 
482 aa  110  3e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.471875  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0951  ribulose bisphosphate carboxylase  26.13 
 
 
461 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4049  ribulose bisophosphate carboxylase  28.71 
 
 
488 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.542382  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4410  ribulose bisophosphate carboxylase  29.19 
 
 
476 aa  110  4.0000000000000004e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3751  ribulose bisophosphate carboxylase  28.71 
 
 
488 aa  110  5e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2929  ribulose bisophosphate carboxylase  28.71 
 
 
489 aa  110  6e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.880284  normal  0.859268 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0824  ribulose bisophosphate carboxylase  28.39 
 
 
493 aa  110  6e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1195  ribulose bisophosphate carboxylase  28.14 
 
 
484 aa  110  7.000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0459854 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1894  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  31.3 
 
 
377 aa  110  7.000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.898697  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1747  ribulose bisophosphate carboxylase  27.18 
 
 
485 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0686  ribulose bisophosphate carboxylase  28.08 
 
 
489 aa  109  1e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.153221  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5122  ribulose bisphosphate carboxylase  26.76 
 
 
461 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6397  ribulose bisophosphate carboxylase  27.44 
 
 
486 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.869882  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3907  ribulose bisophosphate carboxylase  28.04 
 
 
476 aa  107  4e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1282  ribulose bisophosphate carboxylase  27.04 
 
 
486 aa  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4332  ribulose bisophosphate carboxylase  28.71 
 
 
473 aa  107  4e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2941  ribulose bisophosphate carboxylase  27.04 
 
 
486 aa  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0902  ribulose-bisphosphate carboxylase  32.93 
 
 
365 aa  106  6e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.561904  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0451  ribulose bisophosphate carboxylase  27.44 
 
 
488 aa  106  7e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0411359 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1327  ribulose bisophosphate carboxylase  27.76 
 
 
523 aa  106  9e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.180974  normal  0.453958 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>