More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5900 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010625  Bphy_5900  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
298 aa  585  1e-166  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.15 
 
 
301 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1359  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  86.01 
 
 
301 aa  486  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.818924  normal  0.0399312 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3536  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.59 
 
 
296 aa  384  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.279671  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1008  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.71 
 
 
294 aa  382  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.547475  hitchhiker  0.001025 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3372  ABC transporter permease protein  72.59 
 
 
295 aa  384  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.315041 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.65 
 
 
298 aa  374  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.13 
 
 
294 aa  367  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0399533 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2891  ABC transporter permease  62.8 
 
 
300 aa  362  5.0000000000000005e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.183278  normal  0.0672791 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.48 
 
 
295 aa  349  3e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.37 
 
 
294 aa  349  4e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.869934  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.78 
 
 
297 aa  345  6e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111803  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.26 
 
 
298 aa  345  7e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.226499  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.99 
 
 
273 aa  315  7e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.79 
 
 
273 aa  308  8e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193296  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6275  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  58.19 
 
 
272 aa  302  5.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.23 
 
 
278 aa  299  3e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.189736  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3335  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  59.93 
 
 
278 aa  300  3e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4061  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.58 
 
 
278 aa  297  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.137832  normal  0.901224 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7131  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  48.47 
 
 
281 aa  266  4e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1907  ABC transporter permease  51.46 
 
 
296 aa  245  4.9999999999999997e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5876  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  37.41 
 
 
281 aa  163  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.413281  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.21 
 
 
283 aa  160  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.2 
 
 
263 aa  102  7e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  29.59 
 
 
264 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1543  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  33.09 
 
 
275 aa  102  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.414706 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.59 
 
 
264 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  27.55 
 
 
269 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.747095  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  28.62 
 
 
266 aa  99.8  6e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  28.62 
 
 
266 aa  99.8  6e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.27 
 
 
266 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  28.27 
 
 
266 aa  98.2  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  28.27 
 
 
266 aa  98.2  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  28.27 
 
 
266 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  28.27 
 
 
266 aa  98.2  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.27 
 
 
266 aa  99  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  29 
 
 
293 aa  98.6  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.27 
 
 
266 aa  99  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.27 
 
 
266 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  29.77 
 
 
285 aa  97.8  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  30.4 
 
 
286 aa  97.8  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.44 
 
 
271 aa  96.3  5e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.501419  hitchhiker  0.00965408 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.55 
 
 
268 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3606  Ornithine carbamoyltransferase  29.8 
 
 
288 aa  96.3  6e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.129461 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2817  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.41 
 
 
287 aa  95.9  7e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.85 
 
 
282 aa  95.5  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.55 
 
 
268 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326654  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.95 
 
 
275 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1482  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.55 
 
 
268 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86825  normal  0.607638 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3619  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.06 
 
 
264 aa  94.4  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.646005 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.95 
 
 
275 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  29.21 
 
 
266 aa  94.4  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.12 
 
 
267 aa  94.4  2e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.95 
 
 
275 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.79 
 
 
268 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.466236 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.12 
 
 
264 aa  92.8  7e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.69 
 
 
271 aa  92.4  8e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5840  ABC transporter membrane spanning protein (putrescine)  29.77 
 
 
265 aa  92.4  9e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.54 
 
 
274 aa  92  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.31 
 
 
284 aa  91.7  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  28.62 
 
 
284 aa  92  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  27.46 
 
 
256 aa  92  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2603  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.34 
 
 
285 aa  90.9  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0922779  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.72 
 
 
272 aa  91.3  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.34 
 
 
285 aa  90.9  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.48 
 
 
272 aa  91.3  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2609  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.34 
 
 
285 aa  90.9  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  27.11 
 
 
256 aa  90.9  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48730  polyamine transport protein PotI  32.09 
 
 
289 aa  90.5  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.907578  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1261  Ornithine carbamoyltransferase  30.9 
 
 
273 aa  90.1  4e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.12 
 
 
275 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.62 
 
 
277 aa  90.1  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30 
 
 
264 aa  90.1  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30 
 
 
264 aa  90.1  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1364  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 
270 aa  89.7  5e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  27.14 
 
 
256 aa  89.4  8e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  29.21 
 
 
265 aa  88.2  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.36 
 
 
275 aa  88.6  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.43 
 
 
260 aa  88.6  1e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01400  predicted spermidine/putrescine transporter subunit  28.42 
 
 
264 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.42 
 
 
264 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0971316  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01411  hypothetical protein  28.42 
 
 
264 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.23 
 
 
278 aa  88.2  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2048  ABC transporter, permease protein  28.42 
 
 
264 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000240578 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.47 
 
 
285 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.372706  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2398  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit  26.79 
 
 
266 aa  87.8  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  31.03 
 
 
282 aa  87.4  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.42 
 
 
264 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1731  ABC transporter, permease protein  28.42 
 
 
264 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000945918 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1527  ABC transporter, permease protein  28.42 
 
 
264 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1622  ABC transporter, permease protein  28.42 
 
 
264 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3426  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.95 
 
 
270 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  31.03 
 
 
282 aa  87  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.91 
 
 
266 aa  87.4  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.361864  normal  0.102972 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.03 
 
 
282 aa  87  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2125  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.42 
 
 
268 aa  87.4  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.764612  normal  0.80619 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1061  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.79 
 
 
266 aa  87.4  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.115095  normal  0.340586 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.62 
 
 
264 aa  86.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.23 
 
 
264 aa  86.7  4e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183233 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.62 
 
 
264 aa  86.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.332864 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>