More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_6636 on replicon NC_010512
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010512  Bcenmc03_6636  putative sigma54 specific transcriptional regulator  100 
 
 
375 aa  746    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.992107 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5791  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  96.53 
 
 
375 aa  723    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6156  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  96.53 
 
 
375 aa  723    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.164312  normal  0.688082 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7716  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  82.82 
 
 
366 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.416499  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6033  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  75.53 
 
 
376 aa  555  1e-157  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.516137  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5803  putative sigma54 specific transcriptional regulator  77.13 
 
 
376 aa  546  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6136  putative sigma54 specific transcriptional regulator  76.83 
 
 
389 aa  483  1e-135  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0424882  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0881  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  70.31 
 
 
373 aa  471  1e-132  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.588109 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3248  helix-turn-helix, Fis-type  62.32 
 
 
368 aa  428  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.12684  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3467  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  61.81 
 
 
368 aa  426  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.154738  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2982  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  61.95 
 
 
367 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.165911  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2771  sigma-54 dependent transcriptional regulator  61.65 
 
 
367 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43900  Sigma54-dependent transcriptional activator protein  62.35 
 
 
367 aa  423  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2908  putative transcriptional regulator  61.29 
 
 
376 aa  418  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.259707  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2162  putative sigma54 specific transcriptional regulator  61.06 
 
 
366 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332569  normal  0.224007 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3918  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  60.88 
 
 
367 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84668  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34210  putative transcriptional regulator  60.7 
 
 
376 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0247085  normal  0.0127418 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0556  response regulator receiver protein  58.33 
 
 
367 aa  409  1e-113  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3328  response regulator receiver protein  62.5 
 
 
352 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34150  putative transcriptional regulator  60.41 
 
 
361 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.093709  normal  0.232942 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2903  putative transcriptional regulator  60.41 
 
 
361 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1567  sigma-54 factor, interaction region  55.14 
 
 
381 aa  388  1e-107  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0116194  hitchhiker  0.0000311693 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2612  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.75 
 
 
372 aa  376  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3993  putative sigma54 specific transcriptional regulator  56.32 
 
 
375 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.717934  normal  0.104831 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0564  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.21 
 
 
391 aa  372  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3526  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.18 
 
 
377 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.658574  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22350  sigma54-dependent activator protein  54.38 
 
 
343 aa  322  9.000000000000001e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1248  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.85 
 
 
373 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.81595 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1772  putative sigma54 specific transcriptional regulator  50.61 
 
 
386 aa  292  6e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1994  two component signal transduction response regulator  48.39 
 
 
477 aa  275  7e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02891  flagellar regulatory protein C  41.71 
 
 
445 aa  275  1.0000000000000001e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1993  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.21 
 
 
486 aa  273  5.000000000000001e-72  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.02 
 
 
451 aa  272  7e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.31 
 
 
451 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5217  sigma-54-binding protein  52.55 
 
 
316 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.42 
 
 
451 aa  271  2e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.47 
 
 
458 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12736  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3079  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.54 
 
 
480 aa  270  4e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00177638  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0327  sigma-54 factor, interaction region  53.23 
 
 
316 aa  269  5e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.768789  normal  0.257375 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.31 
 
 
451 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1812  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  45.45 
 
 
483 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558233  hitchhiker  0.00750422 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1619  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  45.45 
 
 
483 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.463478  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0300  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.77 
 
 
457 aa  269  7e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4383  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.75 
 
 
483 aa  268  8.999999999999999e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.246116  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.75 
 
 
483 aa  268  1e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  45.71 
 
 
481 aa  266  4e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4419  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.25 
 
 
469 aa  266  4e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.475055 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.12 
 
 
451 aa  266  4e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2805  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.51 
 
 
478 aa  265  7e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.228775  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.89 
 
 
433 aa  265  1e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.819278  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.21 
 
 
466 aa  265  1e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.67 
 
 
454 aa  265  1e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4250  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.44 
 
 
483 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.126719  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3049  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.52 
 
 
447 aa  265  1e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2923  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.54 
 
 
450 aa  264  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.726219 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.91 
 
 
480 aa  264  2e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.75 
 
 
469 aa  264  2e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2555  two-component response regulator PilR  41.96 
 
 
459 aa  264  2e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.822177  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0097  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.45 
 
 
448 aa  264  2e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.19 
 
 
478 aa  263  4e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.65 
 
 
495 aa  263  4e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2158  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.44 
 
 
453 aa  262  6e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0874  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.51 
 
 
464 aa  262  6e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.593832  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1519  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  45.32 
 
 
493 aa  262  6e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0767712 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.07 
 
 
442 aa  262  8.999999999999999e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1090  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  44.85 
 
 
484 aa  261  1e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.440204  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.89 
 
 
670 aa  261  1e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  47.89 
 
 
670 aa  261  2e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  47.89 
 
 
668 aa  261  2e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.89 
 
 
670 aa  260  2e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1972  response regulator receiver protein  45.73 
 
 
455 aa  261  2e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  47.89 
 
 
670 aa  261  2e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.89 
 
 
670 aa  261  2e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.51 
 
 
455 aa  260  2e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1322  sigma-54 factor, interaction region  43.79 
 
 
446 aa  261  2e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.13 
 
 
476 aa  260  3e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2299  response regulator receiver protein  43.84 
 
 
446 aa  260  3e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.77 
 
 
453 aa  260  3e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.38 
 
 
470 aa  259  4e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.27 
 
 
457 aa  259  4e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.57 
 
 
448 aa  259  4e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2604  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.43 
 
 
459 aa  259  4e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  46.18 
 
 
550 aa  259  4e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.59 
 
 
648 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1340  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.23 
 
 
446 aa  258  8e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.598769 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.6 
 
 
470 aa  258  9e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4399  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.34 
 
 
484 aa  258  9e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.400124  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2521  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.27 
 
 
457 aa  258  9e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  47.59 
 
 
670 aa  258  1e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3581  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.73 
 
 
467 aa  258  1e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.33 
 
 
459 aa  258  1e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.45 
 
 
456 aa  258  1e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.78 
 
 
469 aa  258  1e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0540  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.99 
 
 
445 aa  258  1e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.78 
 
 
469 aa  258  1e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1180  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  43.43 
 
 
449 aa  258  1e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6539  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  44.14 
 
 
485 aa  257  2e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0629  sigma-54 dependent transcriptional regulator  42.77 
 
 
342 aa  257  2e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.25 
 
 
452 aa  257  2e-67  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1347  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.06 
 
 
446 aa  257  2e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>