More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_5791 on replicon NC_008062
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010512  Bcenmc03_6636  putative sigma54 specific transcriptional regulator  96.53 
 
 
375 aa  688    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.992107 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5791  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
375 aa  747    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6156  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
375 aa  747    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.164312  normal  0.688082 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7716  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  82.54 
 
 
366 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.416499  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6033  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  75.8 
 
 
376 aa  558  1e-158  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.516137  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5803  putative sigma54 specific transcriptional regulator  77.13 
 
 
376 aa  550  1e-155  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6136  putative sigma54 specific transcriptional regulator  76.83 
 
 
389 aa  486  1e-136  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0424882  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0881  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  70.31 
 
 
373 aa  473  1e-132  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.588109 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3467  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  63.61 
 
 
368 aa  432  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.154738  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3248  helix-turn-helix, Fis-type  63.61 
 
 
368 aa  433  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.12684  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2771  sigma-54 dependent transcriptional regulator  62.65 
 
 
367 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2982  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  62.95 
 
 
367 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.165911  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43900  Sigma54-dependent transcriptional activator protein  63.02 
 
 
367 aa  426  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3918  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  62.13 
 
 
367 aa  421  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84668  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2908  putative transcriptional regulator  61.38 
 
 
376 aa  418  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.259707  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2162  putative sigma54 specific transcriptional regulator  61.14 
 
 
366 aa  418  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332569  normal  0.224007 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34210  putative transcriptional regulator  61.38 
 
 
376 aa  418  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0247085  normal  0.0127418 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0556  response regulator receiver protein  59.48 
 
 
367 aa  413  1e-114  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3328  response regulator receiver protein  63.61 
 
 
352 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34150  putative transcriptional regulator  62.69 
 
 
361 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.093709  normal  0.232942 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2903  putative transcriptional regulator  62.69 
 
 
361 aa  403  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1567  sigma-54 factor, interaction region  57.88 
 
 
381 aa  397  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0116194  hitchhiker  0.0000311693 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2612  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.73 
 
 
372 aa  375  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3993  putative sigma54 specific transcriptional regulator  57.02 
 
 
375 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.717934  normal  0.104831 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0564  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.97 
 
 
391 aa  368  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3526  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  58.77 
 
 
377 aa  368  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.658574  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22350  sigma54-dependent activator protein  53.78 
 
 
343 aa  323  4e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1248  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.94 
 
 
373 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.81595 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1772  putative sigma54 specific transcriptional regulator  51.53 
 
 
386 aa  295  7e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1994  two component signal transduction response regulator  49.36 
 
 
477 aa  282  6.000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5217  sigma-54-binding protein  52.79 
 
 
316 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1993  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.51 
 
 
486 aa  273  5.000000000000001e-72  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0327  sigma-54 factor, interaction region  53.61 
 
 
316 aa  271  1e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.768789  normal  0.257375 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.78 
 
 
451 aa  271  1e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02891  flagellar regulatory protein C  42.9 
 
 
445 aa  271  2e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.96 
 
 
451 aa  270  2.9999999999999997e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4383  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.35 
 
 
483 aa  269  5.9999999999999995e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.246116  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.73 
 
 
466 aa  268  8e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1812  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  45.45 
 
 
483 aa  269  8e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558233  hitchhiker  0.00750422 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.35 
 
 
483 aa  268  1e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.27 
 
 
495 aa  268  1e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1619  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  45.15 
 
 
483 aa  268  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.463478  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.54 
 
 
451 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.2 
 
 
433 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.819278  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.15 
 
 
458 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12736  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1180  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  43.69 
 
 
449 aa  266  4e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2299  response regulator receiver protein  44.44 
 
 
446 aa  266  5e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.15 
 
 
451 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3079  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.6 
 
 
480 aa  266  5.999999999999999e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00177638  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.42 
 
 
453 aa  265  7e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  45.28 
 
 
481 aa  265  8e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.75 
 
 
469 aa  265  8.999999999999999e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.08 
 
 
454 aa  265  1e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.62 
 
 
480 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4250  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.44 
 
 
483 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.126719  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1090  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  45.15 
 
 
484 aa  264  2e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.440204  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2158  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.75 
 
 
453 aa  264  2e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1322  sigma-54 factor, interaction region  43.53 
 
 
446 aa  264  2e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2604  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.75 
 
 
459 aa  264  2e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0874  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.75 
 
 
464 aa  264  2e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.593832  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1340  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.85 
 
 
446 aa  264  2e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.598769 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.41 
 
 
476 aa  263  4e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  56.91 
 
 
670 aa  263  4e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  56.91 
 
 
670 aa  263  4e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2923  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.12 
 
 
450 aa  263  4e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.726219 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2578  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.27 
 
 
446 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  56.91 
 
 
670 aa  263  4.999999999999999e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  56.91 
 
 
670 aa  263  4.999999999999999e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4419  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.78 
 
 
469 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.475055 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  56.91 
 
 
670 aa  263  4.999999999999999e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  56.91 
 
 
668 aa  262  6e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1347  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.68 
 
 
446 aa  262  6e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0300  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.15 
 
 
457 aa  262  6e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.55 
 
 
457 aa  262  6.999999999999999e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.54 
 
 
451 aa  262  8e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1519  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  40.35 
 
 
493 aa  262  8e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0767712 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2521  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.94 
 
 
457 aa  261  1e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2805  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.55 
 
 
478 aa  261  1e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.228775  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  56.5 
 
 
648 aa  261  1e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2555  two-component response regulator PilR  41.67 
 
 
459 aa  261  1e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.822177  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1972  response regulator receiver protein  45.99 
 
 
455 aa  261  2e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.07 
 
 
442 aa  261  2e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4070  nitrogen metabolism transcriptional regulator NtrC  42.42 
 
 
480 aa  260  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.131979  normal  0.446618 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3049  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.16 
 
 
447 aa  261  2e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  46.54 
 
 
461 aa  260  2e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0097  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.45 
 
 
448 aa  260  3e-68  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.85 
 
 
463 aa  260  3e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.78 
 
 
469 aa  260  3e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  56.5 
 
 
670 aa  260  3e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.78 
 
 
469 aa  260  3e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  46.23 
 
 
461 aa  260  3e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  46.61 
 
 
550 aa  260  3e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.82 
 
 
470 aa  259  4e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0838  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
457 aa  259  4e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1280  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.06 
 
 
446 aa  259  4e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3070  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.37 
 
 
447 aa  259  4e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.6792 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2928  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.1 
 
 
447 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.23 
 
 
478 aa  259  6e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  46.23 
 
 
461 aa  259  7e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  46.23 
 
 
461 aa  259  7e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>