More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5761 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
295 aa  574  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  90.25 
 
 
294 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3449  choline ABC transporter, permease protein  57.74 
 
 
301 aa  322  4e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.75 
 
 
294 aa  318  5e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5108  choline ABC transporter, permease protein  57.14 
 
 
298 aa  318  7e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.14 
 
 
298 aa  318  7e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.14 
 
 
298 aa  318  7e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00870989  normal  0.647601 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4810  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.51 
 
 
298 aa  318  9e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5091  choline ABC transporter, permease protein  57.14 
 
 
298 aa  317  1e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.674099 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4566  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.14 
 
 
298 aa  317  1e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3486  choline ABC transporter, permease protein  56.99 
 
 
298 aa  317  2e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.180465 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0456  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  56.78 
 
 
298 aa  316  3e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.424903  normal  0.0286043 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0967  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  57.14 
 
 
300 aa  315  5e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02042  transmembrane ABC transporter protein  57.14 
 
 
298 aa  314  9e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0565  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  56.41 
 
 
300 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.120464  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0449  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  56.41 
 
 
300 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0902  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  56.41 
 
 
300 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2026  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  56.41 
 
 
300 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1932  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  56.41 
 
 
300 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1869  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  56.41 
 
 
300 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.94 
 
 
301 aa  312  4.999999999999999e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0691  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  57.34 
 
 
299 aa  311  7.999999999999999e-84  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.18849  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0739  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  56.94 
 
 
301 aa  310  2.9999999999999997e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.483672  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1615  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  56.78 
 
 
300 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.61 
 
 
290 aa  300  2e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0808444  normal  0.400177 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5041  choline ABC transporter, permease protein  56.04 
 
 
300 aa  298  7e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.503755 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5465  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.35 
 
 
281 aa  273  2.0000000000000002e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.112319 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16981  ABC transporter,membrane component, glycine betaine/proline family protein  54.35 
 
 
304 aa  269  4e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.659645 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1061  hypothetical protein  53.28 
 
 
280 aa  265  5.999999999999999e-70  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003610  L-proline Glycine Betaine ABC transport system permease protein proW  51.46 
 
 
363 aa  263  4e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2377  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease  51.87 
 
 
274 aa  261  1e-68  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.336492 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0615  glycine betaine ABC transporter, binding protein inner membrane component  49.26 
 
 
356 aa  260  2e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00230108  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.72 
 
 
376 aa  259  4e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.197638  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.53 
 
 
278 aa  258  9e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000001583  hitchhiker  0.0000000544844 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.75 
 
 
399 aa  258  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00496589  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0502  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  52.06 
 
 
276 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.819479  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0864  glycine betaine transporter membrane protein  46.29 
 
 
400 aa  253  3e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.31 
 
 
317 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.565238  normal  0.807022 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3734  glycine betaine transporter membrane protein  51.14 
 
 
374 aa  252  6e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.346583 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1496  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.37 
 
 
451 aa  251  7e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal  0.370511 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.99 
 
 
272 aa  251  8.000000000000001e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1114  glycine betaine transporter membrane protein  50 
 
 
388 aa  251  1e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1060  glycine betaine transporter membrane protein  50 
 
 
388 aa  251  1e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0896  glycine betaine transporter membrane protein  48.16 
 
 
392 aa  251  1e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.652731  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3535  glycine betaine transporter membrane protein  50 
 
 
388 aa  250  2e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.872834  normal  0.0140856 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.91 
 
 
292 aa  250  2e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.679353  normal  0.0162357 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3158  glycine betaine transporter membrane protein  48.75 
 
 
355 aa  250  3e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.363018  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.26 
 
 
383 aa  249  5e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
400 aa  248  6e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3321  glycine betaine transporter membrane protein  48 
 
 
422 aa  248  6e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1064  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
400 aa  248  7e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0842907  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3477  glycine betaine transporter membrane protein  49.1 
 
 
400 aa  248  9e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2476  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.35 
 
 
357 aa  246  3e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.31 
 
 
289 aa  246  4e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2309  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.82 
 
 
279 aa  246  4e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0079247  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5829  ABC transporter permease  54.15 
 
 
283 aa  245  8e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67280  ABC transporter permease  52.69 
 
 
283 aa  245  8e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.06 
 
 
283 aa  244  9e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.158267  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0363  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  54.94 
 
 
283 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0674  glycine/betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  49.82 
 
 
279 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000586111  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0358  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  47.67 
 
 
571 aa  243  3e-63  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.963399  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2075  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
283 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.260591  normal  0.31699 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.9 
 
 
277 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.281492  normal  0.239632 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2027  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.62 
 
 
283 aa  242  5e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.127459  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.62 
 
 
283 aa  242  5e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.62 
 
 
283 aa  242  5e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0151467  normal  0.023955 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.27 
 
 
277 aa  242  7e-63  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5272  histidine ABC transporter, permease protein, putative  48.94 
 
 
283 aa  241  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.12 
 
 
278 aa  241  1e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0667053  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4830  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.59 
 
 
283 aa  240  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.865615 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0672  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.52 
 
 
277 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1541  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  46.71 
 
 
573 aa  239  2.9999999999999997e-62  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.11623  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3116  glycine betaine transporter membrane protein  49.1 
 
 
354 aa  238  5.999999999999999e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.334495 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3922  glycine betaine transporter membrane protein  47.84 
 
 
354 aa  238  5.999999999999999e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.280757 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0516  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52 
 
 
277 aa  239  5.999999999999999e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.374081 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3201  glycine betaine transporter membrane protein  47.84 
 
 
354 aa  239  5.999999999999999e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2959  glycine betaine transporter membrane protein  47.84 
 
 
354 aa  239  5.999999999999999e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02534  glycine betaine transporter subunit  47.84 
 
 
354 aa  238  6.999999999999999e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.84 
 
 
354 aa  238  6.999999999999999e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02498  hypothetical protein  47.84 
 
 
354 aa  238  6.999999999999999e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1028  glycine betaine transporter membrane protein  47.84 
 
 
354 aa  238  6.999999999999999e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.230597 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3059  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  46.53 
 
 
321 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206387  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2814  glycine betaine transporter membrane protein  47.84 
 
 
354 aa  238  6.999999999999999e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2927  glycine betaine transporter membrane protein  48.75 
 
 
354 aa  238  8e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.07 
 
 
293 aa  238  8e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00518726  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2993  glycine betaine transporter membrane protein  48.75 
 
 
354 aa  238  8e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.905763  normal  0.0117582 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2958  glycine betaine transporter membrane protein  48.75 
 
 
354 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0341779 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3010  glycine betaine transporter membrane protein  48.75 
 
 
354 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00677598 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09190  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  48 
 
 
294 aa  238  1e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.041544  normal  0.326272 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2800  glycine betaine transporter membrane protein  47.84 
 
 
354 aa  238  1e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.591808  normal  0.0101611 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1796  amino acid ABC transporter, permease protein  46.74 
 
 
575 aa  237  2e-61  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.135141  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.88 
 
 
281 aa  235  6e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.542152 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2764  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.72 
 
 
278 aa  235  8e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0116658  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.39 
 
 
281 aa  234  1.0000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.568603  normal  0.226426 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2844  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  48.88 
 
 
321 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.852577 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.82 
 
 
288 aa  234  2.0000000000000002e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.119845  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.4 
 
 
277 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.316827  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4110  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  47.13 
 
 
662 aa  232  5e-60  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01120  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  47.16 
 
 
298 aa  232  6e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1376  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  45.04 
 
 
652 aa  232  7.000000000000001e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000369923 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>