More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6109 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_6109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
176 aa  352  2e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6404  short chain dehydrogenase  97.86 
 
 
259 aa  272  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.327689 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0279  short chain dehydrogenase  74.53 
 
 
259 aa  237  5e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946845  normal  0.64471 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4368  short chain dehydrogenase  79.29 
 
 
259 aa  221  4e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.494566  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3998  short chain dehydrogenase  79.29 
 
 
259 aa  221  4e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.219529  normal  0.855518 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3525  short chain dehydrogenase  78.42 
 
 
259 aa  215  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.698621 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4577  short chain dehydrogenase  63.98 
 
 
259 aa  193  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.795837 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0740  short chain dehydrogenase  67.86 
 
 
259 aa  191  7e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2029  short chain dehydrogenase  69.29 
 
 
259 aa  189  2e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5172  short chain dehydrogenase  63.31 
 
 
259 aa  177  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144134  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.86 
 
 
259 aa  176  1e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.86 
 
 
259 aa  176  1e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.787894 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0339  short chain dehydrogenase  61.54 
 
 
263 aa  168  3e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3349  short chain dehydrogenase  56.74 
 
 
260 aa  157  9e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0368  short chain dehydrogenase  60.71 
 
 
259 aa  154  9e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4387  short chain dehydrogenase  58.57 
 
 
260 aa  153  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0350  short chain dehydrogenase  53.19 
 
 
260 aa  147  9e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6983  short chain dehydrogenase  49.09 
 
 
261 aa  141  6e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.129744  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2733  short chain dehydrogenase  54.81 
 
 
262 aa  139  1.9999999999999998e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.126682  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.88 
 
 
264 aa  133  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0878  short chain dehydrogenase  47.76 
 
 
261 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.787197  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.15 
 
 
264 aa  125  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.319531  normal  0.0832513 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.43 
 
 
262 aa  122  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.845671  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4238  short chain dehydrogenase  45.93 
 
 
264 aa  117  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.210209  normal  0.968836 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3849  short chain dehydrogenase  44.29 
 
 
260 aa  116  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5718  short chain dehydrogenase  42.5 
 
 
264 aa  110  7.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5339  short chain dehydrogenase  42.5 
 
 
264 aa  110  7.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146559  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5428  short chain dehydrogenase  42.5 
 
 
264 aa  110  7.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.819965  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5918  short chain dehydrogenase  43.61 
 
 
264 aa  104  8e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2190  short chain dehydrogenase  45.52 
 
 
258 aa  103  9e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4622  short chain dehydrogenase  49.63 
 
 
258 aa  102  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0943  short chain dehydrogenase  41.04 
 
 
264 aa  97.1  1e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1607  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.24 
 
 
248 aa  87.4  8e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000319104  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.36 
 
 
262 aa  85.5  4e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0311  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.93 
 
 
262 aa  80.5  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  37.06 
 
 
254 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
252 aa  79.3  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5651  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.23 
 
 
259 aa  79  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02908  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.91 
 
 
245 aa  79.3  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002996  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  32.62 
 
 
245 aa  76.6  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000487281  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
262 aa  76.3  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
261 aa  75.5  0.0000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
263 aa  75.1  0.0000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.288132 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.65 
 
 
264 aa  74.7  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.126254 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
268 aa  74.3  0.0000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0726  short chain dehydrogenase  34.87 
 
 
291 aa  73.9  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.352329 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.18 
 
 
259 aa  73.9  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.85 
 
 
255 aa  73.6  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.104801  normal  0.849017 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0732  short chain dehydrogenase  34.87 
 
 
291 aa  73.9  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.403449  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.79 
 
 
262 aa  73.6  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0746  short chain dehydrogenase  34.87 
 
 
291 aa  73.9  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.095749 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
245 aa  72.8  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.35981 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6803  hypothetical protein  34.23 
 
 
259 aa  72.4  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.992711 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.56 
 
 
265 aa  72  0.000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32130  1,6-dihydroxycyclohexa-2,4-diene-1-carboxylate dehydrogenase  33.81 
 
 
253 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.67 
 
 
261 aa  71.2  0.000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0944  short chain dehydrogenase  37.09 
 
 
294 aa  71.2  0.000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.296729  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.08 
 
 
294 aa  71.2  0.000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.23 
 
 
256 aa  71.2  0.000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00849421 
 
 
-
 
NC_002936  DET1277  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  34.27 
 
 
247 aa  70.5  0.00000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.038158  n/a   
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_5780  predicted protein  34.93 
 
 
194 aa  70.5  0.00000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.155733  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.51 
 
 
258 aa  70.5  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1210  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.01 
 
 
260 aa  70.5  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.475284  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16490  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
263 aa  70.5  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.93 
 
 
263 aa  70.5  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35539  normal 
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_38394  predicted protein  34.93 
 
 
276 aa  70.5  0.00000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00142595  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
256 aa  69.7  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.0058487  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.95 
 
 
264 aa  69.7  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.616501 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3004  short chain dehydrogenase  32.88 
 
 
268 aa  70.1  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.08 
 
 
283 aa  69.7  0.00000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.419965  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.09 
 
 
244 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  34.23 
 
 
269 aa  68.9  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.92 
 
 
261 aa  68.9  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.81 
 
 
267 aa  69.3  0.00000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
264 aa  68.6  0.00000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
246 aa  68.6  0.00000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2132  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.15 
 
 
244 aa  68.6  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000343702  normal  0.0291609 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.26 
 
 
255 aa  68.6  0.00000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
259 aa  68.9  0.00000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0406347 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.72 
 
 
262 aa  68.6  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.154401  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1985  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.98 
 
 
261 aa  68.2  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.274604 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0026  short chain dehydrogenase  34.44 
 
 
319 aa  68.2  0.00000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.122051  normal  0.68068 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.33 
 
 
253 aa  68.2  0.00000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
260 aa  68.2  0.00000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4180  putative oxidoreductase  32.89 
 
 
260 aa  67.8  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.66264  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
268 aa  67.8  0.00000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4239  short chain dehydrogenase  35.17 
 
 
268 aa  67.8  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0369625 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.87 
 
 
260 aa  67.8  0.00000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2992  short chain dehydrogenase  33.12 
 
 
269 aa  67.8  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3640  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.29 
 
 
264 aa  67.8  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0734919  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
252 aa  67.8  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0408517 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1409  aldose dehydrogenase  30.07 
 
 
258 aa  67.8  0.00000000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.1 
 
 
265 aa  67.4  0.00000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.57 
 
 
278 aa  67  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5043  putative short-chain dehydrogenase  31.97 
 
 
264 aa  67.4  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.239817  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 
251 aa  67  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19240  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  32.62 
 
 
442 aa  67  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.212117  normal  0.478414 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2349  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.25 
 
 
260 aa  67  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.482868  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2722  1,6-dihydroxycyclohexa-2,4-diene-1-carboxylate dehydrogenase  32.37 
 
 
253 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.932867  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3774  short chain dehydrogenase  31.33 
 
 
258 aa  67  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.644601  normal  0.413475 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>