More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6504 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_6504  ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 
296 aa  597  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5150  extracellular solute-binding protein  78.04 
 
 
309 aa  423  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109685  normal  0.942381 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0293  extracellular solute-binding protein  55.89 
 
 
302 aa  304  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0600  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.91 
 
 
285 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0871722 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5146  extracellular solute-binding protein  31.95 
 
 
285 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.36869  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4320  extracellular solute-binding protein family 3  30.52 
 
 
337 aa  117  3e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0903  extracellular solute-binding protein family 3  31.2 
 
 
307 aa  101  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7701  extracellular solute-binding protein family 3  30.24 
 
 
323 aa  99.8  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.253351  normal  0.675112 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0937  amino acid ABC transporter/signal transduction systems periplasmic protein  32.48 
 
 
313 aa  99  9e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.122592  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0936  amino acid ABC transporter/signal transduction systems periplasmic protein  28.03 
 
 
313 aa  94.7  2e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.019687  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0388  extracellular solute-binding protein family 3  29 
 
 
296 aa  93.2  4e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.312775  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3383  extracellular solute-binding protein family 3  30.84 
 
 
320 aa  93.6  4e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0404441  normal  0.853804 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3683  extracellular solute-binding protein family 3  29.37 
 
 
301 aa  93.2  5e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1068  extracellular solute-binding protein  29.47 
 
 
302 aa  92.4  8e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.343066 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4696  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 
296 aa  91.3  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.871044  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0107  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.52 
 
 
313 aa  89.7  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1478  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.94 
 
 
284 aa  86.3  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0533166  normal  0.855747 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2002  extracellular solute-binding protein family 3  29.2 
 
 
302 aa  84.7  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.167195  normal  0.663907 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3034  extracellular solute-binding protein  28.98 
 
 
311 aa  83.6  0.000000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.181787  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3050  extracellular solute-binding protein  28.98 
 
 
311 aa  83.2  0.000000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.247578 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3093  extracellular solute-binding protein  28.98 
 
 
311 aa  83.6  0.000000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.635892  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2218  extracellular solute-binding protein  30.32 
 
 
275 aa  83.2  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.120709  normal  0.459989 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3860  extracellular solute-binding protein  30.64 
 
 
317 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4320  extracellular solute-binding protein  30.64 
 
 
317 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1641  extracellular solute-binding protein  32.11 
 
 
302 aa  81.3  0.00000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.256735  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1775  extracellular solute-binding protein family 3  26.24 
 
 
312 aa  80.5  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.848081  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1162  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.05 
 
 
304 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0158774  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3995  extracellular solute-binding protein  28.17 
 
 
259 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0155411  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3938  extracellular solute-binding protein  30.83 
 
 
317 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.138287  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2363  extracellular solute-binding protein  27.6 
 
 
304 aa  79.7  0.00000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4428  extracellular solute-binding protein  30.21 
 
 
317 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.629466  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3583  extracellular solute-binding protein  29.34 
 
 
306 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.278608  normal  0.0200078 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2291  extracellular solute-binding protein family 3  28.16 
 
 
260 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299609  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1135  extracellular solute-binding protein  27.57 
 
 
274 aa  78.2  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5877  extracellular solute-binding protein  30.21 
 
 
317 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.280922  normal  0.140755 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5128  extracellular solute-binding protein family 3  28.95 
 
 
310 aa  78.2  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.212164  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7606  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  29.15 
 
 
329 aa  77.4  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2855  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 
274 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4868  extracellular solute-binding protein family 3  29.2 
 
 
274 aa  77  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.61262  normal  0.468978 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1534  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.36 
 
 
315 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.12119 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2189  extracellular solute-binding protein  28.31 
 
 
272 aa  76.6  0.0000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.000000925831  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2787  extracellular solute-binding protein family 3  27.91 
 
 
275 aa  76.3  0.0000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0088  extracellular solute-binding protein family 3  28.33 
 
 
298 aa  76.3  0.0000000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2764  extracellular solute-binding protein  27.57 
 
 
275 aa  75.9  0.0000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1316  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.36 
 
 
296 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5376  extracellular solute-binding protein family 3  28 
 
 
310 aa  75.9  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.64943  normal  0.50897 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2878  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.52 
 
 
248 aa  75.5  0.0000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0116852  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2832  extracellular solute-binding protein  28.28 
 
 
306 aa  75.5  0.0000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1584  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.19 
 
 
248 aa  75.1  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.118123  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5205  ABC transporter substrate binding protein  30.45 
 
 
312 aa  75.1  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2504  ABC transporter substrate-binding protein  28.96 
 
 
313 aa  75.5  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4350  extracellular solute-binding protein  28.89 
 
 
314 aa  74.3  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.771986  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4285  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.48 
 
 
259 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000352358  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0875  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 
285 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0186  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 
251 aa  74.7  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5408  extracellular solute-binding protein family 3  26.6 
 
 
296 aa  74.3  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0869  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 
269 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4595  amino acid ABC transporter  29.67 
 
 
317 aa  74.3  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0391985 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0886  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 
285 aa  74.7  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4225  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.29 
 
 
259 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000103966  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5565  extracellular solute-binding protein family 3  30 
 
 
314 aa  73.6  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2800  extracellular solute-binding protein  25.84 
 
 
286 aa  73.9  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3905  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.48 
 
 
259 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000878527  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3312  extracellular solute-binding protein family 3  26.92 
 
 
273 aa  73.2  0.000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.159428  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2849  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
261 aa  73.2  0.000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000542084  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4059  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  26.48 
 
 
259 aa  73.2  0.000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000988465  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3898  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.48 
 
 
259 aa  73.2  0.000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.3817799999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  29.3 
 
 
252 aa  73.2  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4376  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  26.48 
 
 
259 aa  73.2  0.000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000139221  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4264  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.5 
 
 
259 aa  73.2  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000272293  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2050  extracellular solute-binding protein family 3  27.27 
 
 
331 aa  73.2  0.000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4174  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.48 
 
 
259 aa  73.2  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0433211 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0957  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.37 
 
 
248 aa  72.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0849319  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0866  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.37 
 
 
248 aa  72.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.717155  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0894  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.37 
 
 
248 aa  72.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0925  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.11 
 
 
248 aa  72.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0376492  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0978  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.37 
 
 
248 aa  72.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0375425  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2798  extracellular solute-binding protein family 3  30.05 
 
 
254 aa  72.8  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1224  extracellular solute-binding protein family 3  28.85 
 
 
322 aa  72.4  0.000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.324397  decreased coverage  0.00201805 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 
271 aa  72.4  0.000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5206  ABC transporter substrate binding protein  26.01 
 
 
311 aa  72.4  0.000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.587678  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1635  extracellular solute-binding protein family 3  24.64 
 
 
290 aa  72.4  0.000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2391  extracellular solute-binding protein family 3  29.3 
 
 
254 aa  72  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0691  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 
277 aa  72.4  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.344886  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0971  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.5 
 
 
259 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000530479  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00778  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.37 
 
 
248 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2831  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.37 
 
 
248 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0546212  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  26.67 
 
 
247 aa  71.2  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_362  amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.19 
 
 
260 aa  71.6  0.00000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000000733431  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0867  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.37 
 
 
248 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0960  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.37 
 
 
248 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000163371  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00795  hypothetical protein  30.37 
 
 
248 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0880  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.37 
 
 
248 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000245333  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0835  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.37 
 
 
248 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000431676  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1959  extracellular solute-binding protein  29.33 
 
 
222 aa  71.2  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.553895 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5512  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 
313 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.913196  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1982  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 
276 aa  71.2  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.72 
 
 
248 aa  70.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2832  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.37 
 
 
248 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.220182  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5876  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 
313 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.266759 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>