More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3937 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_3937  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  100 
 
 
580 aa  1188    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.79845 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0363  putative alcohol dehydrogenase precursor  56.65 
 
 
572 aa  635    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2605  Pyrrolo-quinoline quinone  52.58 
 
 
563 aa  589  1e-167  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.308464  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4951  Pyrrolo-quinoline quinone  50.53 
 
 
577 aa  560  1e-158  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.97328 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5155  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  39.96 
 
 
573 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.843195 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3242  Pyrrolo-quinoline quinone  39.78 
 
 
573 aa  398  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00434002  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1741  Pyrrolo-quinoline quinone  40.72 
 
 
570 aa  397  1e-109  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5126  Pyrrolo-quinoline quinone  39.78 
 
 
573 aa  398  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281211  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5972  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  40.18 
 
 
575 aa  395  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0151209 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5895  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  40 
 
 
575 aa  393  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136104  normal  0.867214 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3639  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  40 
 
 
566 aa  389  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.347084  normal  0.430241 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6162  Pyrrolo-quinoline quinone  39.82 
 
 
575 aa  392  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.114811  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7192  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  38.16 
 
 
575 aa  386  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.426546  normal  0.582027 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0306  putative alcohol dehydrogenase  38.5 
 
 
575 aa  384  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.100044  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5964  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  41.11 
 
 
554 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.206262  normal  0.383589 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1963  Pyrrolo-quinoline quinone  40.33 
 
 
591 aa  365  1e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0160229  normal  0.256272 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2255  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  38.71 
 
 
588 aa  364  3e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.217629  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1887  quinoprotein alcohol dehydrogenase  38.46 
 
 
587 aa  361  2e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186722  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0693  Pyrrolo-quinoline quinone  40.76 
 
 
579 aa  361  2e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804984  normal  0.410128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3124  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  39.42 
 
 
595 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0497789  normal  0.831174 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3084  Pyrrolo-quinoline quinone  39.23 
 
 
595 aa  356  6.999999999999999e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2679  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  39.23 
 
 
595 aa  356  7.999999999999999e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1855  Pyrrolo-quinoline quinone  39.29 
 
 
587 aa  354  2.9999999999999997e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.668201  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3624  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  39.07 
 
 
579 aa  353  7e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214303  hitchhiker  0.00920421 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1540  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  39.08 
 
 
587 aa  349  9e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1339  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  39.08 
 
 
587 aa  349  9e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38566  normal  0.435914 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4873  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  39.08 
 
 
587 aa  347  4e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.518263  normal  0.0810929 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2409  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  38.46 
 
 
589 aa  346  7e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13814  normal  0.848808 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1784  Pyrrolo-quinoline quinone  38.81 
 
 
580 aa  334  2e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2451  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  39.27 
 
 
576 aa  334  3e-90  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2817  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  39.43 
 
 
602 aa  329  7e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1451  Pyrrolo-quinoline quinone  36.24 
 
 
616 aa  325  2e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.924401  normal  0.0179554 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2673  quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  38.88 
 
 
588 aa  325  2e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0513715  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2494  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  37.72 
 
 
584 aa  322  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.295659  normal  0.19306 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0473  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  36.36 
 
 
580 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0101481 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2100  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  37.72 
 
 
584 aa  320  3.9999999999999996e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0700  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  37.76 
 
 
613 aa  318  2e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2729  Pyrrolo-quinoline quinone  35.25 
 
 
602 aa  318  2e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556411  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1591  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  38.39 
 
 
583 aa  317  5e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.890828  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6242  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  37.35 
 
 
597 aa  316  8e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6351  Pyrrolo-quinoline quinone  33.55 
 
 
604 aa  311  2e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.346402  normal  0.871662 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1023  Pyrrolo-quinoline quinone  38.16 
 
 
593 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2017  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  35.73 
 
 
592 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.115973  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1306  Pyrrolo-quinoline quinone  36.53 
 
 
738 aa  305  2.0000000000000002e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0575142 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1811  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  35.26 
 
 
582 aa  304  3.0000000000000004e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000177841 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2696  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  36.77 
 
 
726 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1957  Pyrrolo-quinoline quinone  34.08 
 
 
620 aa  303  8.000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0809644  normal  0.548455 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3129  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  34.43 
 
 
631 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957958  normal  0.28425 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2674  quinoprotein ethanol dehydrogenase  34.26 
 
 
631 aa  300  5e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3089  Pyrrolo-quinoline quinone  34.26 
 
 
631 aa  300  5e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326291  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5419  Pyrrolo-quinoline quinone  36.01 
 
 
576 aa  300  6e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3312  quinoprotein alcohol dehydrogenase  34.31 
 
 
623 aa  299  9e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38860  quinoprotein alcohol dehydrogenase  34.95 
 
 
623 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1461  Pyrrolo-quinoline quinone  36.28 
 
 
718 aa  298  2e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.153207  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0341  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  35.37 
 
 
562 aa  297  3e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.409253  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3387  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  34.95 
 
 
601 aa  296  7e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2415  putative quinoprotein alcohol dehydrogenase  35.26 
 
 
577 aa  296  8e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168343  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2870  Pyrrolo-quinoline quinone  35.78 
 
 
705 aa  295  1e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.489222  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3007  Pyrrolo-quinoline quinone  34.97 
 
 
573 aa  295  1e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0299  methanol dehydrogenase protein, large subunit, putative  33.91 
 
 
619 aa  295  2e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.0065801  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4160  Pyrrolo-quinoline quinone:cytochrome c, class I  35.62 
 
 
718 aa  293  9e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.110436  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1595  putative alcohol dehydrogenase  37.11 
 
 
561 aa  291  2e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2355  Pyrrolo-quinoline quinone  36.2 
 
 
730 aa  291  3e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0680369  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2890  Pyrrolo-quinoline quinone  36.85 
 
 
583 aa  291  3e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.612512  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0726  Pyrrolo-quinoline quinone  37.29 
 
 
549 aa  288  2e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0623502 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5302  Pyrrolo-quinoline quinone  35.46 
 
 
721 aa  286  7e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.178096  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3110  Pyrrolo-quinoline quinone  35.35 
 
 
726 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.125237 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0427  Pyrrolo-quinoline quinone  34.68 
 
 
706 aa  285  2.0000000000000002e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.196079 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1570  Pyrrolo-quinoline quinone  34.82 
 
 
568 aa  284  4.0000000000000003e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0635613  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3601  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  34.62 
 
 
724 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0262  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.06 
 
 
737 aa  283  7.000000000000001e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0206165  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0851  Pyrrolo-quinoline quinone  36.92 
 
 
558 aa  282  1e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0721  Pyrrolo-quinoline quinone  35.28 
 
 
702 aa  282  1e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760072 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1587  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  34.74 
 
 
601 aa  280  7e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.174692 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0476  quinoprotein alcohol dehydrogenase  34.78 
 
 
618 aa  279  8e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0260666 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1829  Pyrrolo-quinoline quinone  36.33 
 
 
620 aa  279  1e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.732346 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3352  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  35.36 
 
 
707 aa  276  5e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.32899  normal  0.291074 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5502  putative alcohol dehydrogenase  35.69 
 
 
712 aa  276  8e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210225  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5018  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.17 
 
 
697 aa  275  1.0000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.729726  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4210  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  34.77 
 
 
627 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.719388  normal  0.669409 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8040  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  34.64 
 
 
629 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771392  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2790  Pyrrolo-quinoline quinone  33.6 
 
 
615 aa  275  2.0000000000000002e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2344  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  34.1 
 
 
611 aa  274  3e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0903405  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0099  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  33.52 
 
 
605 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.850532  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4632  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  34.39 
 
 
626 aa  272  1e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.271906 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1149  Pyrrolo-quinoline quinone  35.96 
 
 
678 aa  272  1e-71  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.261687  normal  0.842615 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3943  Pyrrolo-quinoline quinone  36.13 
 
 
601 aa  271  2.9999999999999997e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237421  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5136  Pyrrolo-quinoline quinone  32.97 
 
 
709 aa  270  4e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.388908  normal  0.506379 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5968  methanol dehydrogenase large subunit  36.09 
 
 
601 aa  270  7e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.366255  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0471  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  33.45 
 
 
625 aa  269  1e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1945  Pyrrolo-quinoline quinone  35.45 
 
 
600 aa  268  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.188003  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5444  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.39 
 
 
599 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2993  Pyrrolo-quinoline quinone  33.58 
 
 
632 aa  267  4e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.391865  normal  0.445791 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2994  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  33.59 
 
 
613 aa  266  5e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0170734 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1761  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  36.14 
 
 
601 aa  266  5.999999999999999e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4518  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  33.83 
 
 
626 aa  266  7e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.966685  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4150  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  33.83 
 
 
626 aa  266  7e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.383489  normal  0.812853 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1809  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  36.14 
 
 
601 aa  266  1e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4972  Pyrrolo-quinoline quinone  32.69 
 
 
608 aa  266  1e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.779778  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2145  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  36.14 
 
 
601 aa  266  1e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.885263  normal  0.307838 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>