More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5051 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5051  ABC transporter membrane spanning protein (ribose)  100 
 
 		 326 aa  628  1e-179  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1723  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  65.31 
 
 		 322 aa  390  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0136536  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1907  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  64.38 
 
 		 322 aa  384  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0669579  normal  0.893189 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4911  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  62.96 
 
 		 322 aa  380  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.716765  normal  0.452459 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1415  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  65.03 
 
 		 338 aa  376  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04063  hypothetical protein  61.81 
 
 		 331 aa  365  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04099  predicted sugar transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  61.81 
 
 		 331 aa  365  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3763  Monosaccharide-transporting ATPase  61.81 
 
 		 331 aa  365  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5750  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  61.49 
 
 		 331 aa  364  1e-100  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3780  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  61.81 
 
 		 331 aa  365  1e-100  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.948724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4800  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  61.81 
 
 		 331 aa  365  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4484  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  61.49 
 
 		 331 aa  364  1e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4708  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  61.49 
 
 		 331 aa  364  1e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0415  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  61.17 
 
 		 333 aa  360  2e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4853  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  61.29 
 
 		 330 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0981  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  60.84 
 
 		 329 aa  353  2e-96  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0967  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  60.52 
 
 		 330 aa  351  7e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0151  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  59.22 
 
 		 330 aa  350  2e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.302956  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4065  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  59.22 
 
 		 330 aa  350  2e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.937045  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0479  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  59.22 
 
 		 330 aa  350  2e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0714563 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4036  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  61.49 
 
 		 320 aa  332  5e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4226  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  61.81 
 
 		 320 aa  330  1e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2130  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  61.59 
 
 		 331 aa  331  1e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4765  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  59.01 
 
 		 330 aa  321  9.999999999999999e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2056  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  55.95 
 
 		 320 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2150  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  55.99 
 
 		 320 aa  305  5.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0341131  normal  0.157932 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0769  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  54.06 
 
 		 320 aa  305  1.0000000000000001e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.539322  normal  0.0929356 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1989  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  54.92 
 
 		 320 aa  295  8e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0141667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1985  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  54.92 
 
 		 320 aa  295  8e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.310833  hitchhiker  0.000282097 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2076  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  54.92 
 
 		 320 aa  294  2e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.915821  hitchhiker  0.00000228556 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2249  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  53.44 
 
 		 338 aa  287  2e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0318239  hitchhiker  0.00000380774 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3532  monosaccharide-transporting ATPase  54.69 
 
 		 322 aa  285  1.0000000000000001e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0851212 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1050  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  54.6 
 
 		 342 aa  281  7.000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4811  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.89 
 
 		 365 aa  265  8e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.177862  hitchhiker  0.000601572 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6480  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.72 
 
 		 362 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.262265  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5624  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.72 
 
 		 362 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00270598  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5989  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.72 
 
 		 362 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492271  normal  0.0307688 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2345  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  50.46 
 
 		 359 aa  264  2e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6196  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  49.55 
 
 		 362 aa  264  2e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5515  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  50.16 
 
 		 365 aa  260  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.369376 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5927  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  49.85 
 
 		 362 aa  258  1e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0316378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5960  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.41 
 
 		 362 aa  257  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.916826  normal  0.0568328 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4210  Monosaccharide-transporting ATPase  49.53 
 
 		 357 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.927832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4098  Monosaccharide-transporting ATPase  49.53 
 
 		 357 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.131102  normal  0.739278 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6220  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  50.94 
 
 		 327 aa  249  4e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1852  Monosaccharide-transporting ATPase  49.36 
 
 		 332 aa  229  5e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.662863  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0422  Monosaccharide-transporting ATPase  46.13 
 
 		 329 aa  220  1.9999999999999999e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2117  monosaccharide-transporting ATPase  43.2 
 
 		 326 aa  207  2e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3038  inner-membrane translocator  40.62 
 
 		 349 aa  201  9.999999999999999e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0281  Monosaccharide-transporting ATPase  41.21 
 
 		 344 aa  175  9.999999999999999e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.100534 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1226  inner-membrane translocator  38.58 
 
 		 341 aa  166  4e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01010  monosaccharide ABC transporter membrane protein  37.18 
 
 		 346 aa  154  2e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0614  inner-membrane translocator  37.66 
 
 		 331 aa  151  2e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0362  inner-membrane translocator  38.22 
 
 		 383 aa  151  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0859  ribose ABC transporter, permease protein  38.91 
 
 		 346 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.479908  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1792  sugar ABC transporter, permease protein  36.48 
 
 		 835 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5320  inner-membrane translocator  37.2 
 
 		 350 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.306475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2914  monosaccharide-transporting ATPase  37.67 
 
 		 346 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.366692  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  35.53 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  35.53 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0361  carbohydrate ABC transporter permease  36.36 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  35.53 
 
 		 311 aa  147  3e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  35.53 
 
 		 311 aa  147  3e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  35.55 
 
 		 311 aa  147  3e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  35.2 
 
 		 311 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  35.55 
 
 		 311 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  35.55 
 
 		 311 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  36.04 
 
 		 310 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  35.2 
 
 		 311 aa  146  5e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  35.2 
 
 		 311 aa  146  5e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0342  inner-membrane translocator  41.57 
 
 		 326 aa  145  8.000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4626  Monosaccharide-transporting ATPase  39.07 
 
 		 348 aa  145  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0690  Monosaccharide-transporting ATPase  38.21 
 
 		 348 aa  145  9e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0715844 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0115  ribose ABC transporter, permease protein  37.09 
 
 		 310 aa  145  1e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  36.84 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1852  ribose ABC transporter, permease protein  36.14 
 
 		 353 aa  145  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1874  monosaccharide-transporting ATPase  34.87 
 
 		 354 aa  144  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.273612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1962  monosaccharide-transporting ATPase  36.14 
 
 		 353 aa  144  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0698409  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4066  monosaccharide-transporting ATPase  35.54 
 
 		 334 aa  143  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0158179  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2687  inner-membrane translocator  36.45 
 
 		 348 aa  142  6e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.818335 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0048  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC transporter permease  35.02 
 
 		 340 aa  141  9.999999999999999e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000309961  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1398  inner-membrane translocator  36.55 
 
 		 334 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00127371  normal  0.617276 
 
 
-
 
NC_004310  BR1631  ribose ABC transporter, permease protein  35.15 
 
 		 334 aa  140  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1400  D-ribose transport system permease protein  38.41 
 
 		 327 aa  140  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.151364 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1575  ribose ABC transporter, permease protein  35.15 
 
 		 334 aa  140  3e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136542  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  41.8 
 
 		 324 aa  140  3e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1643  inner-membrane translocator  31.82 
 
 		 320 aa  140  3.9999999999999997e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000313624  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4236  ribose ABC transporter permease protein  38.75 
 
 		 322 aa  138  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4526  ribose ABC transporter permease protein  38.41 
 
 		 322 aa  137  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000584894  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  36.91 
 
 		 327 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2045  inner-membrane translocator  36.13 
 
 		 342 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.459231 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0563  monosaccharide-transporting ATPase  34.55 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000352632  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3976  ribose ABC transporter permease protein  38.28 
 
 		 322 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.144441  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3329  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 314 aa  136  4e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  38.38 
 
 		 322 aa  137  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1987  monosaccharide-transporting ATPase  36.46 
 
 		 312 aa  136  5e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0814  sugar ABC transporter, permease protein  31.37 
 
 		 327 aa  136  6.0000000000000005e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0814  monosaccharide-transporting ATPase  31.37 
 
 		 327 aa  136  6.0000000000000005e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06144  ribose ABC transporter permease protein  36.24 
 
 		 327 aa  135  8e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1881  ribose ABC transporter, permease protein  32.9 
 
 		 311 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0277317  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>