More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0652 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0652  RNA methyltransferase, TrmA family  100 
 
 		 441 aa  897    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000483498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09160  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  45 
 
 		 441 aa  367  1e-100  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0844867 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1248  RNA methyltransferase, TrmA family  43.24 
 
 		 461 aa  359  6e-98  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06020  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  44.07 
 
 		 444 aa  353  2.9999999999999997e-96  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.14779  hitchhiker  0.000000000313227 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  32.05 
 
 		 419 aa  222  9e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0340  RNA methyltransferase  31.28 
 
 		 446 aa  215  9.999999999999999e-55  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0121257  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3305  RNA methyltransferase, TrmA family  31.5 
 
 		 460 aa  211  2e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  31.15 
 
 		 454 aa  199  7e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1912  RNA methyltransferase  32.54 
 
 		 473 aa  199  1.0000000000000001e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000182205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0348  RNA methyltransferase  31.43 
 
 		 455 aa  198  1.0000000000000001e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.359971  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  31.04 
 
 		 455 aa  197  4.0000000000000005e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1722  RNA methyltransferase  31.56 
 
 		 439 aa  195  1e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0782  RNA methyltransferase, TrmA family  33.04 
 
 		 456 aa  194  2e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.14607  normal  0.115427 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0357  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  31.21 
 
 		 455 aa  193  5e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.820235  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1649  RNA methyltransferase  31.47 
 
 		 439 aa  192  8e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0391  RNA methyltransferase, TrmA family  30.14 
 
 		 457 aa  192  9e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4083  RNA methyltransferase, TrmA family  30.28 
 
 		 461 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4122  RNA methyltransferase, TrmA family  30.28 
 
 		 461 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.840048 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  32.21 
 
 		 436 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0159  RNA methyltransferase  31.45 
 
 		 468 aa  191  2.9999999999999997e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2261  RNA methyltransferase  31.57 
 
 		 457 aa  190  4e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000592232  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1544  RNA methyltransferase  30.22 
 
 		 435 aa  187  2e-46  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.144945  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1493  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase related enzyme  31.18 
 
 		 450 aa  187  3e-46  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00115343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2909  RNA methyltransferase, TrmA family  31.93 
 
 		 488 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.501194  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0170  RNA methyltransferase, TrmA family  28.8 
 
 		 405 aa  184  3e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  30.18 
 
 		 460 aa  184  4.0000000000000006e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0232  RNA methyltransferase, TrmA family  29.28 
 
 		 419 aa  183  6e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193721  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0702  tRNA methyltransferase, TrmA family  31.79 
 
 		 453 aa  183  6e-45  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.307327  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03000  RNA methyltransferase, TrmA family  30.24 
 
 		 453 aa  183  7e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08576  putative RNA methyltransferase  29.76 
 
 		 470 aa  182  1e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.695835  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3654  TrmA family RNA methyltransferase  31.72 
 
 		 455 aa  182  1e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.412422  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3634  23S rRNA methyltransferase/RumA  31.47 
 
 		 460 aa  182  1e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.226718 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2557  RNA methyltransferase, TrmA family  30.62 
 
 		 466 aa  181  2e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0311  RNA methyltransferase  29.1 
 
 		 458 aa  181  2e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0412  RNA methyltransferase  29.1 
 
 		 458 aa  180  4.999999999999999e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4832  RNA methyltransferase, TrmA family  29.3 
 
 		 459 aa  179  9e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000374128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2200  RNA methyltransferase, TrmA family  32.21 
 
 		 414 aa  179  1e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0352  RNA methyltransferase  34.54 
 
 		 434 aa  178  2e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.321717 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4802  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  29 
 
 		 485 aa  178  2e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.810738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2144  RNA methyltransferase  27.84 
 
 		 439 aa  177  2e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.090086  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0404  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  29 
 
 		 459 aa  177  3e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.039244  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0400  RNA methyltransferase  29 
 
 		 459 aa  177  3e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.955809  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  30.23 
 
 		 459 aa  177  3e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0542  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  29 
 
 		 459 aa  177  3e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000351254  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0472  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  29 
 
 		 459 aa  177  3e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1783  RNA methyltransferase  29.17 
 
 		 446 aa  177  3e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0491  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  29 
 
 		 459 aa  177  3e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.116806  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  30.16 
 
 		 453 aa  177  4e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0363  RNA methyltransferase  28.57 
 
 		 460 aa  176  6e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0414  RNA methyltransferase  28.9 
 
 		 459 aa  176  6e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.340399  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0467  RNA methyltransferase, TrmA family  28.64 
 
 		 454 aa  176  6e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0426  RNA methyltransferase  28.9 
 
 		 459 aa  176  6e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0552  RNA methyltransferase  33.18 
 
 		 439 aa  176  6e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0542  RNA methyltransferase  28.77 
 
 		 459 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.016081  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1643  RNA methyltransferase, TrmA family  33.79 
 
 		 455 aa  174  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0689931 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2704  RNA methyltransferase, TrmA family  32.42 
 
 		 397 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000380281  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1585  RNA methyltransferase  31.26 
 
 		 471 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.953972  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2369  RNA methyltransferase  30.65 
 
 		 489 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.1321200000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0313  RNA methyltransferase  28.87 
 
 		 458 aa  174  3.9999999999999995e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0407  RNA methyltransferase, TrmA family  28.87 
 
 		 458 aa  173  5e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1583  RNA methyltransferase, TrmA family  28.89 
 
 		 446 aa  173  5.999999999999999e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000730131  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1818  RNA methyltransferase  28.38 
 
 		 446 aa  173  5.999999999999999e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0301  RNA methyltransferase  28.34 
 
 		 458 aa  173  6.999999999999999e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1216  RNA methyltransferase  30.53 
 
 		 452 aa  172  9e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0305  RNA methyltransferase  28.34 
 
 		 458 aa  172  9e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0517475  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0365  RNA methyltransferase, TrmA family  28.34 
 
 		 458 aa  172  1e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0406  RNA methyltransferase  28.54 
 
 		 459 aa  172  1e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2028  23S rRNA methyltransferase/RumA  30.36 
 
 		 477 aa  172  1e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3237  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  32.31 
 
 		 431 aa  172  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0193521  normal  0.0341148 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0633  RNA methyltransferase  31.38 
 
 		 451 aa  171  2e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.449857  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0963  RNA methyltransferase, TrmA family  30.68 
 
 		 457 aa  171  2e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.128465  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1181  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.72 
 
 		 445 aa  171  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0405802  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4938  RNA methyltransferase, TrmA family  28.87 
 
 		 454 aa  171  2e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0464028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1951  RNA methyltransferase  27.49 
 
 		 453 aa  171  3e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.602794  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1985  RNA methyltransferase  27.49 
 
 		 453 aa  171  3e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0381  RNA methyltransferase, TrmA family  28.64 
 
 		 454 aa  170  4e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.432112  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1235  RNA methyltransferase, TrmA family  29.65 
 
 		 462 aa  170  6e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2126  23S rRNA methyltransferase  30.65 
 
 		 476 aa  170  6e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.965938  normal  0.654469 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2873  RNA methyltransferase, TrmA family  32.15 
 
 		 428 aa  169  6e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.608612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1225  RNA methyltransferase, TrmA family  30.57 
 
 		 457 aa  169  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0318  RNA methyltransferase  28.11 
 
 		 458 aa  168  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.875741  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0333  RNA methyltransferase  28.11 
 
 		 458 aa  168  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2500  RNA methyltransferase  29.61 
 
 		 470 aa  168  2e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2157  RNA methyltransferase, TrmA family  30.04 
 
 		 471 aa  168  2e-40  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.615925  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1286  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.89 
 
 		 442 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0270354  unclonable  0.00000000011365 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1438  RNA methyltransferase  28.9 
 
 		 459 aa  167  2.9999999999999998e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2249  RNA methyltransferase, TrmA family  28.44 
 
 		 458 aa  167  4e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.79134  hitchhiker  0.00749966 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3354  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.49 
 
 		 443 aa  167  5e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0093271  hitchhiker  0.000473524 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2518  RNA methyltransferase, TrmA family  30.92 
 
 		 482 aa  166  6.9999999999999995e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.391256  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0703  RNA methyltransferase, TrmA family  28.23 
 
 		 448 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1201  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  28.22 
 
 		 444 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0455461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1371  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase related enzyme  27.88 
 
 		 462 aa  166  1.0000000000000001e-39  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000610222  hitchhiker  0.00000000411743 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1971  23S rRNA methyltransferase/RumA  30.48 
 
 		 493 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.209828  normal  0.0836094 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf754  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase related enzyme  28.57 
 
 		 449 aa  165  2.0000000000000002e-39  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1551  RNA methyltransferase  29.93 
 
 		 434 aa  164  3e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000011157  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0089  RNA methyltransferase  27.8 
 
 		 468 aa  164  3e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000133484  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0289  RNA methyltransferase  30.15 
 
 		 488 aa  164  3e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.198099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1383  RNA methyltransferase, TrmA family  31.81 
 
 		 479 aa  163  7e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1332  RNA methyltransferase, TrmA family  29.56 
 
 		 447 aa  163  7e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000710273 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2893  RNA methyltransferase, TrmA family  28.94 
 
 		 572 aa  162  8.000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>