223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3904 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3904  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 284 aa  566  1e-160  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.494464  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2210  putative transcriptional regulator, XRE family  75.09 
 
 		 312 aa  401  1e-111  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4588  XRE family transcriptional regulator  42.6 
 
 		 286 aa  169  4e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000221272 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5566  helix-turn-helix domain protein  38.55 
 
 		 281 aa  134  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7620  putative transcriptional regulator, XRE family  36.46 
 
 		 278 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.350779  normal  0.254497 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2980  transcriptional regulator, XRE family  39.03 
 
 		 271 aa  129  4.0000000000000003e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.239716  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2377  transcriptional regulator, XRE family  38.43 
 
 		 283 aa  129  7.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000201287  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4035  transcriptional regulator, XRE family  38.63 
 
 		 326 aa  127  2.0000000000000002e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808008  normal  0.21338 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3153  transcriptional regulator, XRE family  37.11 
 
 		 290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6833  helix-turn-helix domain protein  34.73 
 
 		 292 aa  124  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2389  helix-turn-helix domain protein  36.73 
 
 		 311 aa  116  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00160745  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3112  helix-turn-helix domain protein  35.69 
 
 		 279 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000518579 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1893  helix-turn-helix domain protein  35.61 
 
 		 285 aa  110  3e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.72148  normal  0.792434 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2024  putative transcriptional regulator, XRE family  35.11 
 
 		 286 aa  109  5e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7046  helix-turn-helix domain protein  35.16 
 
 		 278 aa  107  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7725  helix-turn-helix domain protein  35.77 
 
 		 299 aa  106  4e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.998664 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2417  transcriptional regulator, XRE family  34.39 
 
 		 278 aa  106  5e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.067854 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4578  transcriptional regulator, XRE family  36.09 
 
 		 293 aa  105  8e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.78291  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1062  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 289 aa  105  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6984  helix-turn-helix domain protein  33.93 
 
 		 286 aa  104  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.118873  normal  0.27222 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4244  helix-turn-helix domain protein  35.66 
 
 		 287 aa  103  5e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.649143  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4458  transcriptional regulator, XRE family  33.58 
 
 		 272 aa  101  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7747  helix-turn-helix domain protein  33.45 
 
 		 276 aa  100  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2575  helix-turn-helix domain protein  31.87 
 
 		 280 aa  100  4e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0700  transcriptional regulator, XRE family  32.1 
 
 		 279 aa  99  7e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0266  XRE family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  99  8e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  32.26 
 
 		 282 aa  98.6  9e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.425851 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6085  transcriptional regulator, XRE family  35.4 
 
 		 291 aa  97.4  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.126069 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3750  helix-turn-helix domain-containing protein  35.71 
 
 		 298 aa  97.4  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.169217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4130  transcriptional regulator, XRE family  33.2 
 
 		 292 aa  97.1  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3241  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  96.7  4e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3876  XRE family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 285 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0409  transcriptional regulator, XRE family  33.09 
 
 		 303 aa  96.3  5e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.481492 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4662  helix-turn-helix domain protein  32.18 
 
 		 287 aa  95.9  6e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.232766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16850  Helix-turn-helix protein  32.59 
 
 		 280 aa  95.9  7e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.950659  normal  0.0208664 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4080  XRE family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 312 aa  95.9  7e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0766168  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2366  transcriptional regulator, XRE family  31.73 
 
 		 279 aa  95.5  9e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.828638 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14230  Helix-turn-helix protein  37.4 
 
 		 277 aa  95.1  1e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.814537  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3720  putative transcriptional regulator, XRE family  32.43 
 
 		 297 aa  94.7  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813332  normal  0.425271 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4999  transcriptional regulator, XRE family  31.85 
 
 		 301 aa  95.1  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.662496 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4659  transcriptional regulator, XRE family  33.58 
 
 		 309 aa  94.4  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3623  hypothetical protein  29.89 
 
 		 280 aa  94.4  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.325656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3985  XRE family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 279 aa  93.6  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0640193  normal  0.244933 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4719  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 285 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3644  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 285 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2101  helix-turn-helix domain protein  35.12 
 
 		 293 aa  93.6  3e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0777  transcriptional regulator, XRE family  34.55 
 
 		 287 aa  93.6  3e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.245899  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3277  helix-turn-helix domain protein  34.21 
 
 		 294 aa  93.2  4e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1361  XRE family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 282 aa  92.8  5e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.108942  hitchhiker  0.000206797 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5465  XRE family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 285 aa  92  1e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3227  helix-turn-helix domain protein  33.21 
 
 		 277 aa  90.5  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1568  transcriptional regulator, XRE family  32.73 
 
 		 304 aa  90.5  3e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0180  XRE family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 288 aa  90.1  3e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.3526  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0445  XRE family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 296 aa  90.5  3e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0189  helix-turn-helix domain-containing protein  35.45 
 
 		 288 aa  90.1  3e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.587332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19300  Helix-turn-helix protein  32.97 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.109616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4188  transcriptional regulator, XRE family  32.76 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4741  XRE family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 263 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.678188  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3425  XRE family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 263 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4445  XRE family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 289 aa  89.7  4e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.926883  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3700  transcriptional regulator, XRE family  33.46 
 
 		 273 aa  90.1  4e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.564208  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1333  transcriptional regulator, XRE family  30.29 
 
 		 279 aa  89.7  5e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4092  XRE family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 263 aa  89.7  5e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3280  helix-turn-helix domain protein  32.47 
 
 		 280 aa  89.4  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0492  helix-turn-helix domain protein  31.88 
 
 		 302 aa  89.4  7e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.107482 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2562  XRE family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 342 aa  89  8e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2109  transcriptional regulator, XRE family  31.69 
 
 		 299 aa  89  9e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000611283 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1431  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 303 aa  88.6  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042865 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4317  helix-turn-helix domain protein  32.84 
 
 		 257 aa  88.2  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3579  helix-turn-helix domain protein  31.73 
 
 		 280 aa  88.6  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1162  XRE family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 281 aa  88.2  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.157815  normal  0.774005 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1066  helix-turn-helix domain-containing protein  32.49 
 
 		 289 aa  88.6  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3374  transcriptional regulator, XRE family  33.22 
 
 		 310 aa  88.2  1e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2521  helix-turn-helix domain protein  34.02 
 
 		 285 aa  88.2  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.895975  hitchhiker  0.00158212 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1949  transcriptional regulator, XRE family  32.14 
 
 		 307 aa  88.2  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3008  helix-turn-helix domain protein  32.71 
 
 		 303 aa  88.2  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000207491 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3367  transcriptional regulator, XRE family  30.43 
 
 		 278 aa  87  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4218  XRE family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 289 aa  87.4  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.53157  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4284  XRE family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 289 aa  87.4  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3785  helix-turn-helix domain-containing protein  34.34 
 
 		 285 aa  87  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.48754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1305  XRE family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 287 aa  87  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2137  helix-turn-helix domain protein  29.89 
 
 		 283 aa  87  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.291672  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24740  Helix-turn-helix protein  33.83 
 
 		 293 aa  86.7  4e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.284325  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2441  transcriptional regulator, XRE family  33.93 
 
 		 275 aa  86.7  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0313  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 299 aa  86.7  4e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0524  hypothetical protein  24.91 
 
 		 276 aa  86.7  4e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2467  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 285 aa  86.3  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.615257 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  34.33 
 
 		 289 aa  85.9  7e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.359668 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4361  transcriptional regulator, XRE family  33.58 
 
 		 265 aa  85.5  8e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.10188 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2188  transcriptional regulator, XRE family  34.1 
 
 		 281 aa  85.1  0.000000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.371471  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4120  helix-turn-helix domain protein  34.07 
 
 		 313 aa  85.1  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.963126 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2622  XRE family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 304 aa  84.7  0.000000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2666  helix-turn-helix domain-containing protein  30.07 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.372203  normal  0.712859 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4541  helix-turn-helix domain-containing protein  32.3 
 
 		 307 aa  84.7  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1586  transcriptional regulator, XRE family  30.83 
 
 		 317 aa  84.3  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1003  putative transcriptional regulator, XRE family  33.46 
 
 		 291 aa  83.6  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0367  helix-turn-helix domain protein  33.71 
 
 		 284 aa  83.2  0.000000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1970  transcriptional regulator, XRE family  33.09 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.997663  normal  0.568144 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0716  hypothetical protein  35.79 
 
 		 260 aa  83.2  0.000000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3092  helix-turn-helix domain protein  32.32 
 
 		 287 aa  83.2  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>