More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3169 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3169  transcriptional regulator, IclR family  100 
 
 		 278 aa  555  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669044  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3689  IclR family transcriptional regulator  74.81 
 
 		 278 aa  399  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.909085 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4638  transcriptional regulator, IclR family  70.34 
 
 		 275 aa  363  1e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.214771  normal  0.0505557 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4506  transcriptional regulator, IclR family  70.34 
 
 		 275 aa  363  1e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0945557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0957  IclR family transcriptional regulator  62.73 
 
 		 295 aa  348  4e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3573  IclR family transcriptional regulator  68.7 
 
 		 285 aa  339  2.9999999999999998e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0802291  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3598  IclR family transcriptional regulator  70.04 
 
 		 274 aa  339  2.9999999999999998e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.213229  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4237  IclR family transcriptional regulator  54.51 
 
 		 286 aa  263  3e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4229  IclR family transcriptional regulator  51.66 
 
 		 318 aa  259  4e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.423697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7063  transcriptional regulator, IclR family  51.33 
 
 		 294 aa  258  6e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0179  IclR family transcriptional regulator  51.94 
 
 		 294 aa  256  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0951  IclR family transcriptional regulator  52.53 
 
 		 268 aa  255  7e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1301  IclR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 316 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0600  IclR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 316 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0614585  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1340  IclR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 316 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2490  IclR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 316 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0968  IclR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 316 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0323  IclR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 316 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1229  IclR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 316 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1505  IclR family transcriptional regulator  54.33 
 
 		 316 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.18867  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1101  IclR family transcriptional regulator  54.26 
 
 		 297 aa  251  1e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.250867 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4713  IclR family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 298 aa  248  7e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.171207 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3654  IclR family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 298 aa  248  7e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5587  IclR family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 298 aa  248  8e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152901 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4107  IclR family transcriptional regulator  52.24 
 
 		 314 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.903735  normal  0.0536886 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4572  IclR family transcriptional regulator  52.24 
 
 		 314 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000944679 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7055  transcriptional regulator, IclR family  52.22 
 
 		 324 aa  244  9e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.444053  normal  0.38621 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3980  IclR family transcriptional regulator  52.71 
 
 		 310 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0269788 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0171  IclR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 324 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0591  IclR family transcriptional regulator  53.17 
 
 		 284 aa  242  6e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.211243  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1332  IclR family transcriptional regulator  53.17 
 
 		 284 aa  242  6e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1311  IclR family transcriptional regulator  53.17 
 
 		 284 aa  242  6e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512593  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2498  IclR family transcriptional regulator  53.17 
 
 		 284 aa  242  6e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1238  IclR family transcriptional regulator  53.17 
 
 		 284 aa  242  6e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.159312  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0976  IclR family transcriptional regulator  53.17 
 
 		 284 aa  242  6e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0315  IclR family transcriptional regulator  53.17 
 
 		 284 aa  242  6e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.301467  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1497  IclR family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 284 aa  240  2e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4099  IclR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 285 aa  239  4e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.313873 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3988  IclR family transcriptional regulator  51.59 
 
 		 284 aa  239  5e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.245997  normal  0.0520052 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5595  IclR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 285 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.328221 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3662  IclR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 285 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.115277  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4705  IclR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 285 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0690054  normal  0.155835 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4564  IclR family transcriptional regulator  50.4 
 
 		 285 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  hitchhiker  0.000704701 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1109  IclR family transcriptional regulator  50 
 
 		 285 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0131457  normal  0.23204 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6032  IclR family transcriptional regulator  46.79 
 
 		 279 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3965  IclR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 264 aa  203  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0134  IclR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 268 aa  190  2e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272177  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3476  IclR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 261 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3600  regulatory protein, IclR  38.31 
 
 		 278 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.633228  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0818  IclR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 276 aa  149  4e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0589352  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13060  transcriptional regulator, IclR family  37.02 
 
 		 264 aa  138  1e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 268 aa  137  2e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6267  transcriptional regulator, IclR family  38.2 
 
 		 259 aa  132  5e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0876  IclR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  32.66 
 
 		 265 aa  130  2.0000000000000002e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8459  transcriptional regulator, IclR family  34.71 
 
 		 266 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2690  transcriptional regulator, IclR family  35.62 
 
 		 267 aa  128  1.0000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000551158  normal  0.164594 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3590  IclR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 267 aa  127  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7933  transcriptional regulator  37.85 
 
 		 267 aa  126  5e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.829715  normal  0.789852 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2760  IclR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 261 aa  125  6e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4454  Transcriptional regulator IclR  34.76 
 
 		 254 aa  125  8.000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.387789  normal  0.510417 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3551  IclR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 267 aa  125  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780381  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2874  transcriptional regulator, IclR family  33.47 
 
 		 267 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3947  IclR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 267 aa  125  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251831 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2294  transcriptional regulator, IclR family  31.66 
 
 		 265 aa  122  6e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1265  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 280 aa  122  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3768  IclR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 274 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4310  Pca regulon regulatory protein PcaR  32.89 
 
 		 280 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4014  regulatory proteins, IclR  32.89 
 
 		 280 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.604486  hitchhiker  0.00571873 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5569  IclR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 319 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.197648  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38230  Transcriptional regulator PcaR  32.75 
 
 		 279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 254 aa  120  3e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2267  IclR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 288 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.681093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0587  transcriptional regulator, IclR family  33.85 
 
 		 277 aa  119  4.9999999999999996e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0391803 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  28 
 
 		 272 aa  119  6e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 267 aa  119  7e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4271  IclR family transcriptional regulator family  31.8 
 
 		 284 aa  119  7e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0864  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  33.46 
 
 		 278 aa  119  7.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2287  transcriptional regulator, IclR family  35.29 
 
 		 267 aa  118  9e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.481002  normal  0.385963 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1174  transcriptional regulator, IclR family  32.62 
 
 		 263 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0480  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  30.33 
 
 		 261 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0382  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  30.33 
 
 		 261 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  30.47 
 
 		 254 aa  118  9.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4718  IclR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 275 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5247  IclR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 262 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0797  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  30.33 
 
 		 261 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2114  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  30.33 
 
 		 261 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.247685  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1491  IclR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 285 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1811  IclR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 285 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2514  IclR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 277 aa  116  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  33.07 
 
 		 277 aa  117  3e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3089  transcriptional regulator, IclR family  28.69 
 
 		 250 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1375  pca regulon regulatory protein  32.46 
 
 		 291 aa  115  5e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.162445 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4439  IclR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 291 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00103527 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  28.74 
 
 		 267 aa  116  5e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1228  IclR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 267 aa  116  5e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00154779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4348  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  32.46 
 
 		 291 aa  115  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.974938  normal  0.0336257 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0262  IclR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 275 aa  115  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3846  transcriptional regulator, IclR family  32.39 
 
 		 269 aa  115  6.9999999999999995e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>