More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_2686 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
610 aa  1211    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  58.05 
 
 
630 aa  603  1.0000000000000001e-171  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  57.88 
 
 
630 aa  601  1e-170  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  57.88 
 
 
630 aa  601  1e-170  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  57.72 
 
 
617 aa  598  1e-169  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  55.46 
 
 
570 aa  580  1e-164  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.79 
 
 
595 aa  571  1e-161  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12219  hypothetical protein  55.91 
 
 
645 aa  550  1e-155  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  54.84 
 
 
578 aa  548  1e-154  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.04 
 
 
605 aa  510  1e-143  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  52.72 
 
 
613 aa  498  1e-139  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.53 
 
 
609 aa  496  1e-139  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  50.77 
 
 
574 aa  486  1e-136  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  49.08 
 
 
574 aa  478  1e-133  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.39 
 
 
584 aa  464  1e-129  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3518  hypothetical protein  49.31 
 
 
585 aa  456  1e-127  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.663453  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.96 
 
 
631 aa  448  1.0000000000000001e-124  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  48.57 
 
 
603 aa  446  1.0000000000000001e-124  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  48.2 
 
 
601 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  49.48 
 
 
590 aa  448  1.0000000000000001e-124  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  46.53 
 
 
566 aa  448  1.0000000000000001e-124  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  46.88 
 
 
578 aa  445  1e-123  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  47.8 
 
 
584 aa  438  1e-121  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3286  hypothetical protein  48.34 
 
 
607 aa  427  1e-118  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.94891 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  46.86 
 
 
584 aa  418  9.999999999999999e-116  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  45.64 
 
 
616 aa  405  1e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  45.5 
 
 
601 aa  399  9.999999999999999e-111  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.66 
 
 
595 aa  384  1e-105  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1027  hypothetical protein  45.7 
 
 
590 aa  383  1e-105  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  42.41 
 
 
551 aa  337  3.9999999999999995e-91  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.41 
 
 
565 aa  200  6e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  40.77 
 
 
560 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.82 
 
 
462 aa  164  6e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1467  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.29 
 
 
475 aa  157  6e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230111  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  28.91 
 
 
457 aa  148  3e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.26 
 
 
453 aa  147  6e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.67 
 
 
449 aa  145  2e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.1 
 
 
481 aa  145  3e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.14 
 
 
476 aa  144  4e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.33 
 
 
463 aa  142  3e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  44.51 
 
 
1397 aa  140  6e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  33.67 
 
 
530 aa  140  7e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.56 
 
 
456 aa  139  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.3 
 
 
459 aa  138  2e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.24 
 
 
466 aa  138  3.0000000000000003e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  41.67 
 
 
1433 aa  137  4e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  46.88 
 
 
1449 aa  137  6.0000000000000005e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  40.41 
 
 
1390 aa  136  9e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  41.46 
 
 
1440 aa  136  9e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  46.88 
 
 
1449 aa  136  9e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  35.37 
 
 
1407 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.1 
 
 
453 aa  135  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  37.81 
 
 
379 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.45 
 
 
482 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.07 
 
 
530 aa  133  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.79 
 
 
470 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.45 
 
 
375 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.33 
 
 
375 aa  131  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  42.54 
 
 
1402 aa  131  3e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.67 
 
 
375 aa  131  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.67 
 
 
375 aa  131  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.54 
 
 
205 aa  131  5.0000000000000004e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.67 
 
 
375 aa  131  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.45 
 
 
398 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  43.79 
 
 
315 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.49 
 
 
392 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  43.23 
 
 
315 aa  128  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.58 
 
 
395 aa  128  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  43.79 
 
 
315 aa  127  6e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  43.79 
 
 
315 aa  127  7e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  43.14 
 
 
315 aa  127  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  37.44 
 
 
1465 aa  126  1e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  43.14 
 
 
315 aa  125  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  43.14 
 
 
315 aa  125  2e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.98 
 
 
378 aa  125  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  37.76 
 
 
1362 aa  125  2e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16210  excinuclease ABC, C subunit  27.17 
 
 
607 aa  125  2e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0283958  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0076  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.39 
 
 
442 aa  125  2e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2656  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.22 
 
 
456 aa  125  2e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.60887 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  43.14 
 
 
315 aa  125  2e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  40.66 
 
 
1527 aa  125  3e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.57 
 
 
934 aa  124  5e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.57 
 
 
934 aa  124  5e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  42.48 
 
 
315 aa  124  7e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  42.48 
 
 
315 aa  124  7e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  36.15 
 
 
1365 aa  124  7e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  37.57 
 
 
1447 aa  123  8e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  38.02 
 
 
1442 aa  122  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3006  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  36.16 
 
 
381 aa  121  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00547496  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3040  DNA polymerase/helicase  36.16 
 
 
381 aa  121  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476773  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1265  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  41.9 
 
 
929 aa  121  3e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00466144  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.03 
 
 
383 aa  121  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2940  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  35.78 
 
 
381 aa  121  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000147558  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  37.29 
 
 
934 aa  120  7e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  37.07 
 
 
934 aa  120  9e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  37.07 
 
 
934 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  37.29 
 
 
934 aa  120  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  37.07 
 
 
934 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  40.78 
 
 
934 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  36.13 
 
 
1367 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>