231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0066 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0066  anti-sigma-factor antagonist  100 
 
 		 114 aa  230  6e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.517234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2906  anti-sigma-factor antagonist  56.07 
 
 		 107 aa  115  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.256971 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1501  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  56.07 
 
 		 115 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0151  anti-sigma-factor antagonist  56.07 
 
 		 107 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.458723 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0073  anti-sigma-factor antagonist  50 
 
 		 110 aa  111  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0167054 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4051  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  55.14 
 
 		 115 aa  103  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0820  anti-sigma-factor antagonist  48.31 
 
 		 121 aa  84.3  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1523  anti-sigma-factor antagonist  35.19 
 
 		 119 aa  77.8  0.00000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2976  anti-sigma factor antagonist  37.04 
 
 		 111 aa  74.3  0.0000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.467221  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1686  anti-sigma B factor antagonist  38.74 
 
 		 111 aa  73.6  0.0000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2660  anti-sigma-factor antagonist  36.36 
 
 		 111 aa  71.2  0.000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.144992  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0872  anti-sigma-factor antagonist  35.24 
 
 		 120 aa  68.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2101  anti-sigma-factor antagonist  34.86 
 
 		 111 aa  67.8  0.00000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1427  anti-anti-sigma factor  36.73 
 
 		 111 aa  67.8  0.00000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.473908  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1874  anti- anti-sigma regulatory factor  31.86 
 
 		 113 aa  67.8  0.00000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000307887  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2044  anti-sigma-factor antagonist  35.45 
 
 		 111 aa  67.4  0.00000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000100859  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1585  anti-sigma-factor antagonist  34.55 
 
 		 113 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.760541 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2619  anti-sigma-factor antagonist  34.91 
 
 		 142 aa  64.3  0.0000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.531415  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0483  anti-sigma-factor antagonist  36.54 
 
 		 122 aa  64.3  0.0000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0339513  hitchhiker  0.00320787 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0301  anti-sigma-factor antagonist  36.7 
 
 		 110 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2649  anti-sigma-factor antagonist  34.55 
 
 		 113 aa  63.9  0.0000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.779168  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4580  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  34.29 
 
 		 122 aa  63.5  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.81884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1975  anti-sigma-factor antagonist  32.41 
 
 		 113 aa  63.2  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.441965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0328  putative anti-sigma F factor antagonist  38.3 
 
 		 97 aa  62.4  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0035  anti-sigma-factor antagonist  32.46 
 
 		 116 aa  61.2  0.000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0920  anti-sigma-factor antagonist  36.05 
 
 		 115 aa  61.6  0.000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.548618  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5320  anti-sigma-factor antagonist  30.7 
 
 		 115 aa  61.2  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.232831 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0312  anti-sigma-factor antagonist  32.41 
 
 		 113 aa  61.2  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.123512 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1167  anti-sigma-factor antagonist  34.38 
 
 		 127 aa  60.8  0.000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000216807 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0122  anti-sigma factor antagonist  33.67 
 
 		 117 aa  60.5  0.000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.672861  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4302  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  31.48 
 
 		 113 aa  60.5  0.000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0371  anti-anti-sigma factor  32.41 
 
 		 112 aa  60.1  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.117703  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0182  anti-sigma-factor antagonist  35.19 
 
 		 112 aa  59.7  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.143145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1366  anti-anti-sigma regulatory factor, SpoIIAA  32.71 
 
 		 107 aa  58.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.528676  normal  0.641817 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1231  anti-sigma-factor antagonist  40 
 
 		 109 aa  59.3  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2440  anti-sigma-factor antagonist  34.62 
 
 		 111 aa  58.5  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1017  anti-sigma-factor antagonist  38.78 
 
 		 117 aa  57.8  0.00000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.128025  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2067  anti-sigma-factor antagonist  32.17 
 
 		 112 aa  57.8  0.00000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0407  anti-sigma-factor antagonist  36.96 
 
 		 113 aa  57.8  0.00000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0416  anti-sigma-factor antagonist  36.96 
 
 		 113 aa  57.8  0.00000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1178  anti-sigma-factor antagonist  34.26 
 
 		 109 aa  57.8  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.0000418281  normal  0.248441 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0395  anti-sigma-factor antagonist  36.96 
 
 		 113 aa  57.8  0.00000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.126622  normal  0.178954 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0115  anti-sigma-factor antagonist  34.55 
 
 		 110 aa  57.8  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5267  anti-sigma-factor antagonist  38.04 
 
 		 118 aa  57.4  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2983  anti-sigma-factor antagonist  32.41 
 
 		 111 aa  57.4  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1621  anti-sigma-factor antagonist  37.5 
 
 		 110 aa  57.4  0.00000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2833  anti-anti-sigma factor  38.68 
 
 		 111 aa  57  0.00000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1431  anti-anti-sigma factor family protein  34.44 
 
 		 114 aa  56.6  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3451  anti-sigma-factor antagonist  31.91 
 
 		 110 aa  56.6  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0199  anti-sigma-factor antagonist  25.93 
 
 		 110 aa  56.2  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1972  anti-sigma-factor antagonist  32.58 
 
 		 111 aa  56.6  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000507939  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2143  anti-sigma-factor antagonist  35.29 
 
 		 170 aa  56.2  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00880865  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1352  anti-sigma-factor antagonist  30.56 
 
 		 110 aa  56.2  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0187779  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1159  anti-sigma-factor antagonist  33.33 
 
 		 121 aa  55.5  0.0000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.562047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4828  anti-sigma-factor antagonist  30.61 
 
 		 117 aa  56.2  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8450  anti-sigma-factor antagonist  29.63 
 
 		 113 aa  55.5  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000560985 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1663  anti-anti-sigma factor family protein  30.77 
 
 		 108 aa  55.5  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.88575  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1836  anti-sigma-factor antagonist  43.75 
 
 		 117 aa  55.5  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4033  anti-sigma-factor antagonist  30.53 
 
 		 110 aa  55.1  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1681  anti-anti-sigma factor family protein  32.65 
 
 		 105 aa  55.1  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.506644 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3055  anti-sigma factor antagonist  40.58 
 
 		 151 aa  55.1  0.0000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2747  anti-sigma-factor antagonist  35 
 
 		 110 aa  55.1  0.0000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1453  anti-sigma-factor antagonist  28.57 
 
 		 123 aa  54.7  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0890138  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1334  anti-sigma-factor antagonist  32.61 
 
 		 110 aa  54.7  0.0000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0232359  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4413  anti-sigma-factor antagonist  38.1 
 
 		 111 aa  54.7  0.0000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0192298 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1117  anti-sigma-factor antagonist  36.67 
 
 		 117 aa  54.3  0.0000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.113154  normal  0.94353 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1838  anti-sigma-factor antagonist  33.64 
 
 		 115 aa  54.3  0.0000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.422336  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2459  anti-sigma-factor antagonist  37.31 
 
 		 117 aa  54.3  0.0000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00017667  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0792  anti-sigma-factor antagonist  34.78 
 
 		 112 aa  53.9  0.0000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3127  anti-sigma-factor antagonist  34.78 
 
 		 109 aa  54.3  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0062  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  28.44 
 
 		 116 aa  53.9  0.0000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0726506 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2762  anti-sigma-factor antagonist  35.58 
 
 		 111 aa  53.9  0.0000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000433544 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4032  anti-anti-sigma factor  38.1 
 
 		 151 aa  53.9  0.0000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.175492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2556  anti-sigma-factor antagonist  33.68 
 
 		 116 aa  53.1  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1422  anti-sigma-factor antagonist  37.11 
 
 		 250 aa  53.1  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2057  anti-anti-sigma factor  36.11 
 
 		 117 aa  53.1  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.313767  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0204  anti-sigma-factor antagonist  35.78 
 
 		 114 aa  52.8  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.930412  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2283  anti-sigma-factor antagonist  34.09 
 
 		 93 aa  52.8  0.000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.389876  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3767  anti-sigma-factor antagonist  33.33 
 
 		 117 aa  52.4  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0751293  unclonable  0.00000923115 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07000  anti-sigma-factor antagonist spoIIAA  43.28 
 
 		 120 aa  52  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0177  anti-sigma-factor antagonist  32.53 
 
 		 108 aa  52  0.000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3003  anti-sigma-factor antagonist  28.74 
 
 		 130 aa  51.6  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.354735 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1843  anti-sigma-factor antagonist  31.4 
 
 		 104 aa  51.2  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1869  anti-sigma-factor antagonist  31.4 
 
 		 104 aa  51.2  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.735453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2945  anti-sigma-factor antagonist  37.18 
 
 		 113 aa  51.2  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0135  anti-sigma F factor antagonist  32.41 
 
 		 117 aa  51.2  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.666066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4774  anti-sigma-factor antagonist  42.19 
 
 		 111 aa  50.8  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.558891  hitchhiker  0.00959736 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1430  anti-sigma-factor antagonist  35.14 
 
 		 121 aa  50.8  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0194  anti-sigma F factor antagonist  27.1 
 
 		 112 aa  50.8  0.000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3195  anti-sigma-factor antagonist  36.36 
 
 		 132 aa  50.4  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1829  anti-sigma-factor antagonist  47.37 
 
 		 117 aa  50.8  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.721407  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2163  anti-sigma-factor antagonist  28.83 
 
 		 111 aa  50.8  0.000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0395828  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3649  anti-sigma-factor antagonist  32.53 
 
 		 109 aa  50.4  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1015  anti-sigma-factor antagonist  39.39 
 
 		 107 aa  50.4  0.000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000155666  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0628  anti-sigma-factor antagonist  29.25 
 
 		 117 aa  50.4  0.000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1700  anti-sigma-factor antagonist  38.24 
 
 		 113 aa  50.1  0.000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.293305  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5225  anti-sigma-factor antagonist  33.04 
 
 		 157 aa  50.1  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0769527 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3722  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  36.05 
 
 		 129 aa  49.7  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.853614  normal  0.538424 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2451  anti-sigma-factor antagonist  29.47 
 
 		 100 aa  50.1  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2079  anti-sigma-factor antagonist  37.14 
 
 		 111 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.632413  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>