169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0820 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0820  anti-sigma-factor antagonist  100 
 
 		 121 aa  240  3.9999999999999997e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2906  anti-sigma-factor antagonist  52.58 
 
 		 107 aa  96.3  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.256971 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1501  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  49.06 
 
 		 115 aa  92.8  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4051  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  53.26 
 
 		 115 aa  92.4  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0151  anti-sigma-factor antagonist  49.06 
 
 		 107 aa  92  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.458723 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0073  anti-sigma-factor antagonist  42.72 
 
 		 110 aa  87  9e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0167054 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0066  anti-sigma-factor antagonist  48.31 
 
 		 114 aa  84.3  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.517234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1874  anti- anti-sigma regulatory factor  40 
 
 		 113 aa  72.8  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000307887  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0328  putative anti-sigma F factor antagonist  41.25 
 
 		 97 aa  69.7  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1427  anti-anti-sigma factor  38.53 
 
 		 111 aa  69.3  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.473908  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1585  anti-sigma-factor antagonist  39 
 
 		 113 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.760541 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2649  anti-sigma-factor antagonist  39 
 
 		 113 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.779168  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1523  anti-sigma-factor antagonist  40 
 
 		 119 aa  65.5  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2660  anti-sigma-factor antagonist  40 
 
 		 111 aa  64.3  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.144992  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1686  anti-sigma B factor antagonist  43.75 
 
 		 111 aa  64.3  0.0000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2044  anti-sigma-factor antagonist  39 
 
 		 111 aa  64.3  0.0000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000100859  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2101  anti-sigma-factor antagonist  37.74 
 
 		 111 aa  62.4  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1352  anti-sigma-factor antagonist  30.77 
 
 		 110 aa  60.1  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0187779  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2976  anti-sigma factor antagonist  38.2 
 
 		 111 aa  59.3  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.467221  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0301  anti-sigma-factor antagonist  35.48 
 
 		 110 aa  58.2  0.00000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1334  anti-sigma-factor antagonist  29.81 
 
 		 110 aa  57.8  0.00000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0232359  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1167  anti-sigma-factor antagonist  32.26 
 
 		 127 aa  57.8  0.00000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000216807 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07000  anti-sigma-factor antagonist spoIIAA  31.68 
 
 		 120 aa  57  0.00000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1031  anti sigma b factor antagonist RsbV  29.81 
 
 		 112 aa  56.2  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4431  anti-sigma-factor antagonist  38.16 
 
 		 100 aa  55.8  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2665  anti-sigma-factor antagonist  32.58 
 
 		 138 aa  55.1  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4272  anti sigma b factor antagonist RsbV  28.85 
 
 		 112 aa  54.7  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0129629  hitchhiker  0.00320948 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0911  anti-sigma B factor antagonist (RsbV)  28.85 
 
 		 111 aa  54.3  0.0000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000190943  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0177  anti-sigma-factor antagonist  28.41 
 
 		 108 aa  53.9  0.0000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1084  anti sigma b factor antagonist RsbV  28.85 
 
 		 111 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0894  anti-sigma B factor antagonist  28.18 
 
 		 111 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0501  anti-sigma-factor antagonist  30.97 
 
 		 109 aa  53.9  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.868486 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1157  anti sigma b factor antagonist RsbV  28.85 
 
 		 112 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4033  anti-sigma-factor antagonist  32.29 
 
 		 110 aa  53.5  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0435  anti-sigma-factor antagonist  30.53 
 
 		 102 aa  53.5  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3451  anti-sigma-factor antagonist  34.34 
 
 		 110 aa  52.8  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2516  anti-sigma-factor antagonist  30.26 
 
 		 114 aa  52.4  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.206701 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5547  anti-sigma-factor antagonist  31.68 
 
 		 123 aa  52.4  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.483567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0920  anti-sigma-factor antagonist  33.75 
 
 		 115 aa  52  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.548618  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2619  anti-sigma-factor antagonist  32.14 
 
 		 142 aa  52  0.000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.531415  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2163  anti-sigma-factor antagonist  34.21 
 
 		 111 aa  52  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0395828  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1066  anti sigma b factor antagonist RsbV  27.88 
 
 		 112 aa  52  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.8531e-37 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4580  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  31.31 
 
 		 122 aa  51.6  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.81884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1231  anti-sigma-factor antagonist  37.1 
 
 		 109 aa  51.2  0.000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0901  anti-sigma-factor antagonist  27.88 
 
 		 112 aa  51.6  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1827  anti-sigma-factor antagonist  37.97 
 
 		 111 aa  51.2  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1836  anti-sigma-factor antagonist  32.26 
 
 		 117 aa  50.8  0.000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4184  anti-sigma F factor antagonist  27.88 
 
 		 116 aa  50.4  0.000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0744787  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1054  anti-sigma F factor antagonist  27.88 
 
 		 116 aa  50.4  0.000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0273887 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0407  anti-sigma-factor antagonist  36.36 
 
 		 113 aa  50.8  0.000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0416  anti-sigma-factor antagonist  36.36 
 
 		 113 aa  50.8  0.000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0395  anti-sigma-factor antagonist  36.36 
 
 		 113 aa  50.4  0.000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.126622  normal  0.178954 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0372  anti-sigma-factor antagonist  28.71 
 
 		 116 aa  50.1  0.000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1431  anti-anti-sigma factor family protein  32.1 
 
 		 114 aa  49.7  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2057  anti-anti-sigma factor  31.46 
 
 		 117 aa  49.7  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.313767  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0926  anti sigma b factor antagonist RsbV  26.92 
 
 		 111 aa  50.1  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0115  anti-sigma-factor antagonist  38.27 
 
 		 110 aa  50.1  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0990  anti sigma b factor antagonist RsbV  26.92 
 
 		 111 aa  50.1  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1681  anti-anti-sigma factor family protein  32.93 
 
 		 105 aa  49.7  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.506644 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3905  anti-sigma-factor antagonist  27.88 
 
 		 116 aa  49.7  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2518  anti-sigma-factor antagonist and sugar transfersase  40.96 
 
 		 350 aa  49.7  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1765  anti-sigma-factor antagonist  32.05 
 
 		 113 aa  49.3  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0182  anti-sigma-factor antagonist  37.33 
 
 		 112 aa  49.3  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.143145  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2079  anti-sigma-factor antagonist  29.47 
 
 		 111 aa  48.9  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.632413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1178  anti-sigma-factor antagonist  30.23 
 
 		 109 aa  49.3  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.0000418281  normal  0.248441 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2440  anti-sigma-factor antagonist  29.03 
 
 		 111 aa  49.3  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2462  anti-sigma-factor antagonist  29.51 
 
 		 142 aa  48.9  0.00002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1621  anti-sigma-factor antagonist  34.57 
 
 		 110 aa  48.9  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1117  anti-sigma-factor antagonist  37.76 
 
 		 117 aa  49.3  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.113154  normal  0.94353 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2762  anti-sigma-factor antagonist  36.78 
 
 		 111 aa  48.5  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000433544 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1567  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  30.77 
 
 		 112 aa  48.1  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.329396 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2671  anti-sigma-factor antagonist  33.75 
 
 		 119 aa  48.1  0.00004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2555  anti-sigma-factor antagonist  37.8 
 
 		 249 aa  48.1  0.00004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2983  anti-sigma-factor antagonist  26.88 
 
 		 111 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2672  anti-sigma-factor antagonist  30.53 
 
 		 122 aa  48.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4144  anti-sigma F factor antagonist  26.92 
 
 		 116 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.131803  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3985  anti-sigma F factor antagonist  26.92 
 
 		 116 aa  47.8  0.00005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.342658  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3815  anti-sigma F factor antagonist  26.92 
 
 		 116 aa  47.8  0.00005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3831  anti-sigma F factor antagonist  26.92 
 
 		 116 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4296  anti-sigma F factor antagonist  26.92 
 
 		 116 aa  47.8  0.00005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4207  anti-sigma F factor antagonist  26.92 
 
 		 116 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000263049  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0932  anti-sigma-factor antagonist  25.96 
 
 		 111 aa  47.8  0.00005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.554798  normal  0.118928 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4096  anti-sigma F factor antagonist  26.92 
 
 		 116 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.64366e-25 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1422  anti-sigma-factor antagonist  36.05 
 
 		 250 aa  47.8  0.00005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2773  anti-sigma-factor antagonist  26.92 
 
 		 116 aa  47.4  0.00006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.165938  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0347  anti-sigma-factor antagonist  24.58 
 
 		 117 aa  47.4  0.00006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1795  anti-anti-sigma regulatory factor, SpoIIAA  27.36 
 
 		 110 aa  47.4  0.00007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1843  anti-sigma-factor antagonist  31.25 
 
 		 104 aa  47  0.00008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1869  anti-sigma-factor antagonist  31.25 
 
 		 104 aa  47  0.00008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.735453  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1096  anti-sigma-factor antagonist  31.76 
 
 		 103 aa  47.4  0.00008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.927146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1498  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  29.57 
 
 		 113 aa  47  0.00009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4774  anti-sigma-factor antagonist  33.01 
 
 		 111 aa  47  0.00009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.558891  hitchhiker  0.00959736 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2252  anti-sigma-factor antagonist  26.53 
 
 		 116 aa  47  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2687  anti-sigma-factor antagonist  29.76 
 
 		 104 aa  46.2  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1015  anti-sigma-factor antagonist  33.75 
 
 		 107 aa  46.6  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000155666  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2764  anti-sigma factor antagonist  33.72 
 
 		 122 aa  45.4  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0683  anti-sigma-factor antagonist  26.51 
 
 		 117 aa  46.2  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.338606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0591  anti-sigma-factor antagonist  31.52 
 
 		 120 aa  45.8  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.249876  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2747  anti-sigma-factor antagonist  40 
 
 		 110 aa  45.8  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0663  anti-sigma-factor antagonist  26.51 
 
 		 117 aa  46.2  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>