More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0421 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0421  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 350 aa  719    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 		 358 aa  155  7e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 		 358 aa  155  7e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3849  helix-turn-helix, Fis-type  28.4 
 
 		 352 aa  153  5e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4629  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 363 aa  149  6e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2010  AraC family transcriptional regulator  27.25 
 
 		 360 aa  141  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 365 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4713  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 345 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0488626  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 340 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1284  helix-turn-helix domain-containing protein  26.36 
 
 		 337 aa  134  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 337 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5229  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 339 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0958531  normal  0.127084 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5049  AraC family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 351 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3669  AraC family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 338 aa  129  6e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0267  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 		 335 aa  129  7.000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.128312  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 335 aa  129  8.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 375 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 347 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5154  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 339 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  26.14 
 
 		 343 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0307  AraC family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 335 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 339 aa  125  8.000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3717  AraC family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 335 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0218506 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13099  virulence-regulating transcriptional regulator VirS  25.23 
 
 		 340 aa  124  2e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0302  AraC family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 335 aa  124  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00847294 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5052  AraC family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 333 aa  123  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 332 aa  123  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3846  AraC family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 338 aa  122  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1606  AraC family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 358 aa  122  8e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000628  putative transcription regulator  27.08 
 
 		 333 aa  122  9e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2761  AraC family transcriptional regulator  23.71 
 
 		 350 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 335 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0523  helix-turn-helix domain-containing protein  24.92 
 
 		 390 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4632  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 335 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3048  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 342 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.428431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13768  AraC family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 353 aa  113  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4868  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 365 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.608166  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  23.67 
 
 		 347 aa  112  9e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  24.77 
 
 		 347 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  28.01 
 
 		 396 aa  110  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  24.19 
 
 		 346 aa  108  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  22.42 
 
 		 352 aa  107  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5495  AraC/XylS family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.143439  normal  0.457572 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 359 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3901  helix-turn-helix, AraC type  25.08 
 
 		 366 aa  106  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3167  AraC family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 343 aa  107  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2600  AraC family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 351 aa  106  7e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1198  AraC family transcriptional regulator  24.25 
 
 		 348 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.462338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1176  AraC family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 345 aa  101  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.214328 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 341 aa  100  3e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1446  transcriptional regulator, AraC family  24.46 
 
 		 344 aa  99.4  8e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4110  transcriptional regulator, AraC family  22.62 
 
 		 365 aa  99  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  23.12 
 
 		 341 aa  99  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4253  helix-turn-helix domain-containing protein  25.34 
 
 		 362 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.249278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6972  hypothetical protein  22.98 
 
 		 372 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  23.93 
 
 		 335 aa  98.2  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  25.57 
 
 		 335 aa  97.1  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 345 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  22.42 
 
 		 351 aa  97.1  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  26.1 
 
 		 345 aa  97.1  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  25.24 
 
 		 335 aa  96.3  6e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 347 aa  96.7  6e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2269  transcriptional regulator, AraC family  25.54 
 
 		 362 aa  96.3  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 376 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1134  AraC family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 369 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.955983  normal  0.648616 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4268  AraC family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 367 aa  94.7  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 336 aa  95.1  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 348 aa  95.1  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 343 aa  94.4  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  19.22 
 
 		 337 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  25.08 
 
 		 362 aa  94  4e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  24.47 
 
 		 356 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  22.56 
 
 		 356 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  24.92 
 
 		 338 aa  93.2  7e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  22.87 
 
 		 339 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2261  AraC family transcriptional regulator  21.88 
 
 		 327 aa  91.7  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  21.05 
 
 		 358 aa  91.7  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  26.3 
 
 		 345 aa  90.9  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  24.01 
 
 		 339 aa  90.5  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2512  AraC family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 343 aa  90.1  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477717  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2392  helix-turn-helix domain-containing protein  23.48 
 
 		 381 aa  90.1  5e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733232  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1998  transcriptional regulator, AraC family  22.46 
 
 		 334 aa  89.7  6e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1286  transcriptional regulator, AraC family  23.32 
 
 		 360 aa  89.7  7e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1582  AraC family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 367 aa  89.4  9e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8499  transcriptional regulator, AraC family  24.69 
 
 		 342 aa  89.4  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1593  helix-turn-helix domain-containing protein  21.15 
 
 		 335 aa  88.6  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 342 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0043  helix-turn-helix domain-containing protein  23 
 
 		 360 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  22.58 
 
 		 339 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  23.36 
 
 		 339 aa  87.4  4e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1260  Helix-turn-helix, AraC domain protein  24.25 
 
 		 339 aa  87  5e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0717392  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3195  Fis family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 374 aa  85.9  9e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 340 aa  85.1  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  23 
 
 		 353 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  26.18 
 
 		 353 aa  85.5  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  22.51 
 
 		 333 aa  85.5  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  23.26 
 
 		 343 aa  84.7  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  23.17 
 
 		 347 aa  84.7  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 342 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2508  AraC family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 353 aa  83.6  0.000000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>