More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2037 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2037  MATE efflux family protein  100 
 
 		 461 aa  917    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.01185  hitchhiker  0.00138183 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2021  MATE efflux family protein  74.45 
 
 		 459 aa  674    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.068877  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2295  MATE efflux family protein  74.45 
 
 		 459 aa  673    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2226  MATE efflux family protein  75.76 
 
 		 459 aa  680    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00326481  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2494  MATE efflux family protein  80.45 
 
 		 458 aa  725    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.121522  hitchhiker  0.0012501 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2180  MATE efflux family protein  76.42 
 
 		 459 aa  682    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0347307  hitchhiker  0.00809884 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2334  MATE efflux family protein  75.98 
 
 		 459 aa  681    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0215455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1951  MATE efflux family protein  74.67 
 
 		 459 aa  680    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000663691  normal  0.290024 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2025  MATE efflux family protein  74.67 
 
 		 459 aa  679    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0331062  normal  0.321717 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2144  MATE efflux family protein  76.2 
 
 		 459 aa  683    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00844779  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2039  MATE efflux family protein  74.45 
 
 		 459 aa  678    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.017072  normal  0.0193468 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2268  MATE efflux family protein  80.67 
 
 		 452 aa  728    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.012169  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1761  MATE efflux family protein  77.93 
 
 		 453 aa  683    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.129666  normal  0.0637882 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2117  MATE efflux family protein  82.43 
 
 		 458 aa  732    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0110658  normal  0.0465778 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1702  MATE efflux family protein  73.26 
 
 		 453 aa  630  1e-179  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.125502  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2031  MATE efflux family protein  70.34 
 
 		 453 aa  610  1e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1750  multidrug efflux protein  53.24 
 
 		 457 aa  475  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000919244  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2579  multidrug efflux protein  53.24 
 
 		 457 aa  474  1e-132  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.966509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1783  multidrug efflux protein  52.21 
 
 		 457 aa  474  1e-132  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00383484 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1856  multidrug efflux protein  53.24 
 
 		 457 aa  474  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.372072  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2189  multidrug efflux protein  51.88 
 
 		 458 aa  462  1e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321419  hitchhiker  0.00000631963 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1680  multidrug efflux protein  51.21 
 
 		 457 aa  461  9.999999999999999e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1382  multidrug efflux protein  51.43 
 
 		 460 aa  458  9.999999999999999e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.13512  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02236  multidrug efflux protein  49.67 
 
 		 456 aa  452  1.0000000000000001e-126  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2675  multidrug efflux protein  50.89 
 
 		 457 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2391  multidrug efflux protein  51.78 
 
 		 457 aa  449  1e-125  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.346064  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1749  multidrug efflux protein  52.43 
 
 		 457 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000456858  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1712  multidrug efflux protein  50.67 
 
 		 457 aa  451  1e-125  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1521  multidrug efflux protein  52.43 
 
 		 457 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0251273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1918  multidrug efflux protein  52.43 
 
 		 457 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00462926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1535  multidrug efflux protein  52.43 
 
 		 457 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1558  multidrug efflux protein  52.43 
 
 		 457 aa  450  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554893  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01634  multidrug efflux protein NorM  51.77 
 
 		 457 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.900215  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1743  multidrug efflux protein  51.77 
 
 		 457 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000609014  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2376  multidrug efflux protein  51.77 
 
 		 457 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000568736  normal  0.0171948 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1966  multidrug efflux protein  51.77 
 
 		 457 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000267108 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01624  hypothetical protein  51.77 
 
 		 457 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1977  MATE efflux family protein  51.55 
 
 		 457 aa  444  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000001739  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1534  multidrug efflux protein  51.55 
 
 		 457 aa  445  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00445038  hitchhiker  0.00117159 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1861  multidrug efflux protein  51.55 
 
 		 457 aa  444  1e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000216071  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1877  multidrug efflux protein  51.55 
 
 		 457 aa  444  1e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000154294  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003524  multidrug efflux protein NorM  48.12 
 
 		 456 aa  439  9.999999999999999e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2915  multidrug resistance protein NorM  49.56 
 
 		 472 aa  438  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.706169  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2346  MATE efflux family protein  48.68 
 
 		 460 aa  434  1e-120  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458496 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1146  multidrug efflux protein  48.89 
 
 		 461 aa  427  1e-118  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.292586  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2538  MATE efflux family protein  48.08 
 
 		 454 aa  402  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3887  multi anti extrusion protein MatE  46.08 
 
 		 466 aa  389  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0845713 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02164  multidrug efflux protein NorA  44.59 
 
 		 457 aa  379  1e-104  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.193678  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4023  putative transporter  43.18 
 
 		 477 aa  362  1e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.343891  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46680  putative transporter  43.18 
 
 		 477 aa  362  1e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.013844  hitchhiker  0.0000129498 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0260  MATE efflux family protein  44.77 
 
 		 478 aa  359  5e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0811  multidrug efflux protein  46.04 
 
 		 425 aa  358  9e-98  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1907  MATE efflux family protein  44.57 
 
 		 457 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0742597  normal  0.100602 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2247  Na+-driven multidrug efflux pump  42.47 
 
 		 464 aa  347  3e-94  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1277  MATE efflux family protein  41.59 
 
 		 480 aa  347  3e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2403  MATE efflux family protein  43.2 
 
 		 475 aa  338  9e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29880  Multidrug efflux protein  43.81 
 
 		 459 aa  334  2e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.613777  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1356  MATE efflux family protein  39.29 
 
 		 461 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1225  multidrug efflux pump, NorM, MATE family  38.95 
 
 		 455 aa  300  4e-80  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000329619  normal  0.0233556 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1166  MATE efflux family protein  38.95 
 
 		 455 aa  300  5e-80  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0236579  normal  0.0144354 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1856  multidrug efflux protein  37.64 
 
 		 455 aa  297  3e-79  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.30191  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1656  MATE efflux family protein  37.36 
 
 		 456 aa  281  2e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.737178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2036  MATE efflux family protein  37.42 
 
 		 464 aa  280  5e-74  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000288761  decreased coverage  0.0000000485587 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1472  multidrug efflux protein  35.2 
 
 		 453 aa  278  2e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2909  multidrug efflux protein  37.5 
 
 		 449 aa  277  3e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000144905  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1295  multidrug efflux protein  35.2 
 
 		 453 aa  277  3e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0578421  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1402  multidrug efflux protein  35.2 
 
 		 453 aa  277  3e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1267  multidrug efflux protein  34.98 
 
 		 453 aa  276  6e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1501  multidrug efflux protein  34.75 
 
 		 454 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1304  multidrug efflux protein  35.43 
 
 		 452 aa  270  4e-71  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1269  multidrug efflux protein  34.98 
 
 		 453 aa  269  8.999999999999999e-71  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.801506  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3909  multidrug efflux protein  35.06 
 
 		 452 aa  268  2e-70  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1435  multidrug efflux protein  34.83 
 
 		 452 aa  265  8.999999999999999e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.602082  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1541  multidrug efflux protein  34.75 
 
 		 453 aa  258  1e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.1514  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1109  multidrug efflux protein  34 
 
 		 452 aa  257  3e-67  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.654532  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2429  multidrug efflux protein  36.96 
 
 		 455 aa  256  4e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0387  multidrug efflux protein  33.49 
 
 		 457 aa  254  3e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0273741  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3598  multidrug efflux protein  35.75 
 
 		 454 aa  245  9.999999999999999e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3309  MATE efflux family protein  35.49 
 
 		 479 aa  230  4e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1313  Na+-driven multidrug efflux pump  31.81 
 
 		 449 aa  229  6e-59  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0190769  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04042  multidrug efflux protein  33.49 
 
 		 441 aa  229  9e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2146  multidrug efflux protein  32.51 
 
 		 453 aa  219  5e-56  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2236  multidrug efflux protein  32.06 
 
 		 453 aa  218  2e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2122  multi anti extrusion protein MatE  31.38 
 
 		 450 aa  213  7.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000217461  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2369  MATE family protein  30.91 
 
 		 459 aa  211  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151607  normal  0.213094 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1746  MATE efflux family protein  31.66 
 
 		 451 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.325105  normal  0.141964 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1224  MATE efflux family protein  31.14 
 
 		 446 aa  205  1e-51  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000144559  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3585  MATE efflux family protein  30.65 
 
 		 472 aa  205  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1115  MATE efflux family protein  31.91 
 
 		 448 aa  206  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000487521  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1180  inner membrane transmembrane protein  31.64 
 
 		 448 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000781542  normal  0.19952 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5136  multi anti extrusion protein MatE  31.73 
 
 		 453 aa  201  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.114978  normal  0.944792 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1023  MATE efflux family protein  31.38 
 
 		 448 aa  201  3e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00302987  normal  0.449754 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6244  MATE efflux family protein  31.01 
 
 		 450 aa  201  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.813306  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1835  MATE efflux family protein  31.01 
 
 		 450 aa  201  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.967793  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0945  MATE efflux family protein  31.6 
 
 		 453 aa  199  6e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.228244  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09173  MATE efflux family protein  29.68 
 
 		 457 aa  198  2.0000000000000003e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1279  putative inner membrane transmembrane protein  31.49 
 
 		 459 aa  196  1e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0284384  normal  0.285043 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1773  MATE efflux family protein  32.28 
 
 		 451 aa  196  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2255  MATE efflux family protein  32.66 
 
 		 451 aa  195  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.643752  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2217  MATE efflux family protein  32.66 
 
 		 451 aa  195  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>